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== よく用いられる遺伝学的手法 ==
　遺伝子機能を解析する際には、遺伝子機能を欠失させたときにどのような影響（[[wj:表現型|表現型]]）がでるのか、逆に遺伝子を本来発現していない時間や場所（組織や細胞）に強制的に発現させたときにどのような影響がでるのかを調べるのが一般的である。以下に、ショウジョウバエにおいてこれらの解析がどのように達成されているのかを歴史的背景も含め概説する。また、クローン解析と呼ばれる特定の組織や細胞のみに変異を誘導する手法についても解説する。

=== 機能欠失型変異 ===
　古典的には、[[突然変異体]]の解析により遺伝子機能の解析が行われた。[[wikipedia:ja:クリスティアーネ・ニュスライン＝フォルハルト|Nusslein-Volhard]]と[[wikipedia:ja:エリック・ヴィーシャウス|Wieschaus]]が行った胚発生に関わる遺伝子の系統的解析<ref name=ref04><pubmed>6776413</pubmed></ref>に代表されるように、X線や化学物質を用いて人工的に変異を誘導し、大量の変異体のなかから着目する表現型を示すものを探す[[順遺伝学的手法]]（forward genetics）は[[動物]]発生や行動の解析において大きな威力を発揮した。

　1980年代初頭には[[トランスポゾン]][[P因子]]を用いることで、個体への遺伝子導入が可能になるとともに<ref name=ref05><pubmed>6289436</pubmed></ref>、突然変異の原因遺伝子のクローニングが一挙に進んだ<ref name=ref01 />　<ref name=ref06><pubmed>15738961 </pubmed></ref>。さらに2000年頃に完了した[[wikipedia:ja:ゲノム|ゲノム]]解読後<ref name=ref07><pubmed>10731132</pubmed></ref>、P因子挿入部位のマッピングが進み、現在では60%以上の遺伝子についてデータベースを[[検索]]するだけでP因子挿入の変異体を得ることができる<ref name=ref06 /> <ref name=ref08><pubmed>24653003</pubmed></ref> [http://flybase.org]。さらに再転移法を用いて近傍のP因子から欠失変異体を得ることができるので、P因子を頼りに大多数の遺伝子の機能欠失体を得ることが可能となっている<ref name=ref06 /> <ref name=ref08 />。

　また、[[RNAi]]による遺伝子機能[[ノックダウン]]を可能にする系統（UAS-RNAi）もほとんどすべての遺伝子について利用可能である<ref name=ref06 /> <ref name=ref08 /> [http://www.flyrnai.org/up-torr/]。RNAiの場合、遺伝子機能を完全には阻害することができないという問題がある一方で、下記の[[Gal4-UASシステム]]と組み合わせることで、特定の細胞においてのみ遺伝子機能を阻害できるという利点がある<ref name=ref06 /> <ref name=ref08 /> <ref name=ref09><pubmed>22017985 </pubmed></ref>。一方、[[マウス]]で用いられる[[相同組み替え]]のように特定の遺伝子を狙って欠失変異体を作成する手法は長年存在せず、遺伝学モデルとしての弱点のひとつであったが、組換え酵素[[FLP]]を利用して相同組換えを誘導する系がその後開発された<ref name=ref09 />。さらにごく最近では[[ゲノム編集]]を用いることで、より効率的に変異体を作成することが可能となっている<ref name=ref08 /> <ref name=ref010><pubmed>24002648 </pubmed></ref>。

=== 機能獲得型変異 ===
　当初は発現制御領域（エンハンサーやプロモーター）の下流に解析したい遺伝子をつないだコンストラクトを、[[P因子転換法]]を用いて個体に導入することで[[強制発現]]を誘導していたが、現在ではGal4-UASシステムを用いるのが一般的である<ref name=ref01 /> <ref name=ref09 />。[[Gal4]]は[[wikipedia:ja:酵母|酵母]]由来の[[転写因子]]で、[[UAS配列]]に結合し下流の遺伝子の発現を活性化させる。このシステムの最大の特徴は、「発現場所」を決めるGal4系統と、「何を発現するか」を決めるUAS系統を独立に作成し、これらを交配した子孫において表現型を解析することにある(binary expression system)。これにより致死性の変異の解析を可能にするとともに、多様な組み合わせでの強制発現が効率良く行えるようになった。発現制御領域に結合したコンストラクトや[[エンハンサー・トラップ法]]を用いることで、様々な組織や細胞で特異的にGal4を発現する系統が多数作成されており[http://flweb.janelia.org/cgi-bin/flew.cgi]、ストックセンター等から入手可能である<ref name=ref09 />。

　同様に多くの遺伝子の上流にUASをもつ系統が作成されストックセンターから入手可能である[http://flybase.org] <ref name=ref09 />。また[[緑色蛍光タンパク質]]Green Fluorescent Protein（[[GFP]]）、[[カルシウムインジケーター]][[GCaMP]]、[[光感受性チャネル]][[Channelrhodopsin2]]など様々な分子ツールを発現するためのUAS系統についても共通の財産として研究者間で共有されている<ref name=ref09 />。また、[[LexAシステム]](大腸菌由来のDNA結合タンパク質LexAとその標的DNA配列lexAopによるGal4-UASと独立なbinary expression system)など他の発現系を併用することで、複数の遺伝子やレポーターを独立に別の細胞群において発現させることも可能である<ref name=ref09 />。

=== クローン解析（モザイク解析） ===
　一部の細胞もしくは[[細胞系譜]]のみに変異をもたらすことにより、致死性の変異の表現型を調べたり、特異的な遺伝子機能を解析したりすることができる<ref name=ref01 />。例えば、個体全体を変異体にした場合に脳が形成されないような場合でも、特定の神経細胞のみに変異をもたらすことで遺伝子の細胞自律的な機能を調べることができる。個体内で細胞ごとに遺伝型が異なりモザイク的になるので、モザイク解析とも呼ばれる。クローン解析の歴史は古く発生学の研究に大きな貢献をした。

　以前はX線などを用いたが、現在では組換え酵素flippase（FLP）とその標的配列（flippase recognition target、[[FRT]]）を利用して体細胞組換えを誘発することでクローンを作成するのが一般的である<ref name=ref01 /> <ref name=ref09 />。さらに[[MARCM法|MARCM(Mosaic analysis with a repressible cell marker)法]]と呼ばれる手法は、変異体クローンのみにおいてGFP等のマーカーを発現させることにより、その細胞形態を可視化することを可能にする<ref name=ref09 />。クローン解析は、変異体の解析のみならず、神経細胞の形態（特に[[軸索]]や樹状突起の配線パターン）を解析するのにも有効である<ref name=ref09 />。最近では、[[Brainbow法]]と組み合わせることで、多数のクローンを異なった色で可視化する手法も開発されている<ref name=ref09 />。