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=== 機能欠失型変異 ===
　古典的には、[[突然変異体]]の解析により遺伝子機能の解析が行われた。[[wikipedia:ja:クリスティアーネ・ニュスライン＝フォルハルト|Nusslein-Volhard]]と[[wikipedia:ja:エリック・ヴィーシャウス|Wieschaus]]が行った胚発生に関わる遺伝子の系統的解析<ref name=ref04><pubmed>6776413</pubmed></ref>に代表されるように、X線や化学物質を用いて人工的に変異を誘導し、大量の変異体のなかから着目する表現型を示すものを探す[[順遺伝学的手法]]（forward genetics）は[[動物]]発生や行動の解析において大きな威力を発揮した。

　1980年代初頭には[[トランスポゾン]][[P因子]]を用いることで、個体への遺伝子導入が可能になるとともに<ref name=ref05><pubmed>6289436</pubmed></ref>、突然変異の原因遺伝子のクローニングが一挙に進んだ<ref name=ref01 />　<ref name=ref06><pubmed>15738961 </pubmed></ref>。さらに2000年頃に完了した[[wikipedia:ja:ゲノム|ゲノム]]解読後<ref name=ref07><pubmed>10731132</pubmed></ref>、P因子挿入部位のマッピングが進み、現在では60%以上の遺伝子についてデータベースを[[検索]]するだけでP因子挿入の変異体を得ることができる<ref name=ref06 /> <ref name=ref08><pubmed>24653003</pubmed></ref> [http://flybase.org]。さらに再転移法を用いて近傍のP因子から欠失変異体を得ることができるので、P因子を頼りに大多数の遺伝子の機能欠失体を得ることが可能となっている<ref name=ref06 /> <ref name=ref08 />。

　また、[[RNAi]]による遺伝子機能[[ノックダウン]]を可能にする系統（UAS-RNAi）もほとんどすべての遺伝子について利用可能である<ref name=ref06 /> <ref name=ref08 /> [http://www.flyrnai.org/up-torr/]。RNAiの場合、遺伝子機能を完全には阻害することができないという問題がある一方で、下記の[[Gal4-UASシステム]]と組み合わせることで、特定の細胞においてのみ遺伝子機能を阻害できるという利点がある<ref name=ref06 /> <ref name=ref08 /> <ref name=ref09><pubmed>22017985 </pubmed></ref>。一方、[[マウス]]で用いられる[[相同組み替え]]のように特定の遺伝子を狙って欠失変異体を作成する手法は長年存在せず、遺伝学モデルとしての弱点のひとつであったが、組換え酵素[[FLP]]を利用して相同組換えを誘導する系がその後開発された<ref name=ref09 />。さらにごく最近では[[ゲノム編集]]を用いることで、より効率的に変異体を作成することが可能となっている<ref name=ref08 /> <ref name=ref010><pubmed>24002648 </pubmed></ref>。