遺伝子多型 - 版の履歴

WikiSysop: /* ゲノムワイド関連解析 */

2019-07-31T14:13:14Z

ゲノムワイド関連解析

← 古い版		2019年7月31日 (水) 23:13時点における版
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	=== ゲノムワイド関連解析 ===		=== ゲノムワイド関連解析 ===
	~~ゲノムワイド関連解析（Genome~~ Wide Association Study; GWAS）も、もともとは遺伝的多型を用いた形質マッピングという研究分野から生まれたものであり、前述のようにさまざまな遺伝統計学的検討の結果、対象としてSNPを使用することとなった。		[[ゲノムワイド関連解析]]（Genome Wide Association Study; GWAS）も、もともとは遺伝的多型を用いた形質マッピングという研究分野から生まれたものであり、前述のようにさまざまな遺伝統計学的検討の結果、対象としてSNPを使用することとなった。

	連鎖解析とは異なり、遺伝的関連解析の原理は[[連鎖不平衡]]である。これを利用することにより、全ゲノムを調べたいからと言って全てのSNPを実験的に得る必要はない。なぜなら、連鎖不平衡（有限集団において、減衰した連鎖の影響が集団レベルで観察されることによりみられる近傍の遺伝的多型同士の相関関係）を考えると、相関の強い一群のSNPセットの中から数個のSNP（tagSNP）だけを得れば、そのtagSNPと連鎖不平衡にあるSNPについては見たも同然なのである。逆にいうと、あまり何も考えずSNP密度を増やしたからと行って解像度が高まるわけではない。したがって、遺伝的多型の中でもtagSNPであるかどうか、がGWASにおいては重要である。		連鎖解析とは異なり、遺伝的関連解析の原理は[[連鎖不平衡]]である。これを利用することにより、全ゲノムを調べたいからと言って全てのSNPを実験的に得る必要はない。なぜなら、連鎖不平衡（有限集団において、減衰した連鎖の影響が集団レベルで観察されることによりみられる近傍の遺伝的多型同士の相関関係）を考えると、相関の強い一群のSNPセットの中から数個のSNP（tagSNP）だけを得れば、そのtagSNPと連鎖不平衡にあるSNPについては見たも同然なのである。逆にいうと、あまり何も考えずSNP密度を増やしたからと行って解像度が高まるわけではない。したがって、遺伝的多型の中でもtagSNPであるかどうか、がGWASにおいては重要である。

2019年7月31日 (水) 14:08にWikiSysopによる

2019-07-31T14:08:02Z

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2019年7月31日 (水) 14:04にWikiSysopによる

2019-07-31T14:04:32Z

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2018年4月1日 (日) 00:38にWikiSysopによる

2018-04-01T00:38:35Z

← 古い版		2018年4月1日 (日) 09:38時点における版
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	担当編集委員：[https://researchmap.jp/tadafumikato 加藤忠史]（理化学研究所　脳科学総合研究センター）<br>		担当編集委員：[https://researchmap.jp/tadafumikato 加藤忠史]（理化学研究所　脳科学総合研究センター）<br>
	</div>		</div>
	英語名：genetic ~~polymorphism　　同義語：遺伝的多型、DNA多型~~
			英語名：genetic polymorphism　独：genetischer Polymorphismus　仏：polymorphisme génétique<br>同義語：遺伝的多型、DNA多型

	==遺伝子多型とは==		==遺伝子多型とは==
	ある集団において、一つの[[ゲノム]]上の場所または領域（[[座位]]、locus）に、二つかそれ以上の、頻度の高い異なる[[アレル]]（allele）が存在する状態を言う。		ある集団において、一つの[[ゲノム]]上の場所または領域（[[座位]]、locus）に、二つかそれ以上の、頻度の高い異なる[[アレル]]（allele）が存在する状態を言う。<ref group="注">　ゲノム上の場所や領域を座位と呼ぶ。遺伝的多型あるいは遺伝的バリアントは、個人間である座位のゲノム情報に違いがあるような状態を指す。慣用的には、遺伝的多型を示す座位を指して遺伝的多型と呼ぶこともある。<br>　ある一本の染色体（[[ハプロイド染色体]]）上のある遺伝的バリアントにおけるDNA配列情報のことをアレルと呼ぶ。ヒトのように二倍体生物の常染色体では、染色体が二本あるので、ある遺伝的多型に関して二つのアレルの組み合わせを持っている。このような同じ遺伝的多型上のアレルの組み合わせを[[遺伝型]] ([[genotype]])と呼ぶ。<br>　座位、遺伝的多型、アレルは、かつては「遺伝子座」「遺伝子多型」「対立遺伝子」とも呼ばれていた。しかしヒトゲノム配列を直接観察できるようになった現在では非遺伝子部位も含めた概念として捉える必要があるため、対象を遺伝子に限るように見えてしまうこれらの用語を用いるべきではない。<br>　遺伝的[[変異]]という呼称には議論がある。欧米においては[[mutant]]という表現を避けてvariantという用語を使用するようになっているが、これは個人が「mutantを持つ」ということにより差別を惹起することを防ぐためである。「変異」という言葉にはmutantと同様の含意があると考えられるから、避けるべきであると思われる。そこで本稿では、variantの訳語としては「バリアント」に統一した。<br>　これらの用語は、日本人類遺伝学会2009年用語改訂に基づいている。</ref>

	[[ヒト]]ゲノムが解読されていない時代には、遺伝的多型を用いて病気の原因遺伝子の探索が行われていた。遺伝的多型に「頻度の高い」という条件があるのは、このための要請である。本稿では、本辞典の性質にも鑑み、主にこの観点から遺伝的多型について述べる。ほかにも遺伝的多型は、[[wj:集団遺伝学\|集団遺伝学]]や[[wj:法医学\|法医学]]においても用いられる。		[[ヒト]]ゲノムが解読されていない時代には、遺伝的多型を用いて病気の原因遺伝子の探索が行われていた。遺伝的多型に「頻度の高い」という条件があるのは、このための要請である。本稿では、本辞典の性質にも鑑み、主にこの観点から遺伝的多型について述べる。ほかにも遺伝的多型は、[[wj:集団遺伝学\|集団遺伝学]]や[[wj:法医学\|法医学]]においても用いられる。
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	集団における頻度によって遺伝的バリアントを分類する別の方法としては、頻度5%以上を[[コモンバリアント]] common variant、0.5または1-5%を[[頻度の低いバリアント]] low frequency variant、0.5%または1%未満のものを[[レアバリアント]] rare variantと呼ぶ分類がある。これは、適応進化にもとづく選択圧によって頻度分類ごとに疾患リスク効果が異なる（レアバリアントのリスク効果は全体的に高い）ことと、遺伝的関連解析においては頻度とリスク効果によって検出力が異なることに着目した分類であり、現代ではこちらの分類が主流となっているだろう。		集団における頻度によって遺伝的バリアントを分類する別の方法としては、頻度5%以上を[[コモンバリアント]] common variant、0.5または1-5%を[[頻度の低いバリアント]] low frequency variant、0.5%または1%未満のものを[[レアバリアント]] rare variantと呼ぶ分類がある。これは、適応進化にもとづく選択圧によって頻度分類ごとに疾患リスク効果が異なる（レアバリアントのリスク効果は全体的に高い）ことと、遺伝的関連解析においては頻度とリスク効果によって検出力が異なることに着目した分類であり、現代ではこちらの分類が主流となっているだろう。

	== ~~用語の確認~~ ==		== 注釈 ==
	ゲノム上の場所や領域を[[座位]]と呼ぶ。遺伝的多型あるいは遺伝的バリアントは、個人間である座位のゲノム情報に違いがあるような状態を指す。慣用的には、遺伝的多型を示す座位を指して遺伝的多型と呼ぶこともある。		{{reflist\|group="注"}}
			==関連項目==
	ある一本の染色体（[[ハプロイド染色体]]）上のある遺伝的バリアントにおけるDNA配列情報のことを[[アレル]]と呼ぶ。ヒトのように二倍体生物の常染色体では、染色体が二本あるので、ある遺伝的多型に関して二つのアレルの組み合わせを持っている。このような同じ遺伝的多型上のアレルの組み合わせを[[遺伝型]] ([[genotype]])と呼ぶ。		* [[ゲノムワイド関連解析]]

	座位、遺伝的多型、アレルは、かつては「遺伝子座」「遺伝子多型」「対立遺伝子」とも呼ばれていた。しかしヒトゲノム配列を直接観察できるようになった現在では非遺伝子部位も含めた概念として捉える必要があるため、対象を遺伝子に限るように見えてしまうこれらの用語を用いるべきではない。

	~~遺伝的~~[[変異]]という呼称には議論がある。欧米においては[[mutant]]という表現を避けてvariantという用語を使用するようになっているが、これは個人が「mutantを持つ」ということにより差別を惹起することを防ぐためである。「変異」という言葉にはmutantと同様の含意があると考えられるから、避けるべきであると思われる。そこで本稿では、variantの訳語としては「バリアント」に統一した。

	~~これらの用語は、日本人類遺伝学会2009年用語改訂に基づいている。~~

	== 参考文献 ==		== 参考文献 ==
	<references/>		<references/>

WikiSysop: /* 用語の確認 */

2018-04-01T00:27:29Z

用語の確認

← 古い版		2018年4月1日 (日) 09:27時点における版
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	== 用語の確認 ==		== 用語の確認 ==
	ゲノム上の場所や領域を座位と呼ぶ。遺伝的多型あるいは遺伝的バリアントは、個人間である座位のゲノム情報に違いがあるような状態を指す。慣用的には、遺伝的多型を示す座位を指して遺伝的多型と呼ぶこともある。		ゲノム上の場所や領域を[[座位]]と呼ぶ。遺伝的多型あるいは遺伝的バリアントは、個人間である座位のゲノム情報に違いがあるような状態を指す。慣用的には、遺伝的多型を示す座位を指して遺伝的多型と呼ぶこともある。

	ある一本の染色体（[[ハプロイド染色体]]）上のある遺伝的バリアントにおけるDNA配列情報のことをアレルと呼ぶ。ヒトのように二倍体生物の常染色体では、染色体が二本あるので、ある遺伝的多型に関して二つのアレルの組み合わせを持っている。このような同じ遺伝的多型上のアレルの組み合わせを[[遺伝型]][[genotype]]と呼ぶ。		ある一本の染色体（[[ハプロイド染色体]]）上のある遺伝的バリアントにおけるDNA配列情報のことを[[アレル]]と呼ぶ。ヒトのように二倍体生物の常染色体では、染色体が二本あるので、ある遺伝的多型に関して二つのアレルの組み合わせを持っている。このような同じ遺伝的多型上のアレルの組み合わせを[[遺伝型]] ([[genotype]])と呼ぶ。
	座位、遺伝的多型、アレルは、かつては「遺伝子座」「遺伝子多型」「対立遺伝子」とも呼ばれていた。しかしヒトゲノム配列を直接観察できるようになった現在では非遺伝子部位も含めた概念として捉える必要があるため、対象を遺伝子に限るように見えてしまうこれらの用語を用いるべきではない。
			座位、遺伝的多型、アレルは、かつては「遺伝子座」「遺伝子多型」「対立遺伝子」とも呼ばれていた。しかしヒトゲノム配列を直接観察できるようになった現在では非遺伝子部位も含めた概念として捉える必要があるため、対象を遺伝子に限るように見えてしまうこれらの用語を用いるべきではない。

	遺伝的[[変異]]という呼称には議論がある。欧米においては[[mutant]]という表現を避けてvariantという用語を使用するようになっているが、これは個人が「mutantを持つ」ということにより差別を惹起することを防ぐためである。「変異」という言葉にはmutantと同様の含意があると考えられるから、避けるべきであると思われる。そこで本稿では、variantの訳語としては「バリアント」に統一した。		遺伝的[[変異]]という呼称には議論がある。欧米においては[[mutant]]という表現を避けてvariantという用語を使用するようになっているが、これは個人が「mutantを持つ」ということにより差別を惹起することを防ぐためである。「変異」という言葉にはmutantと同様の含意があると考えられるから、避けるべきであると思われる。そこで本稿では、variantの訳語としては「バリアント」に統一した。
	~~これらの用語は、日本人類遺伝学会2009年用語改訂に基づいている。~~
			これらの用語は、日本人類遺伝学会2009年用語改訂に基づいている。

	== 参考文献 ==		== 参考文献 ==
	<references/>		<references/>

WikiSysop: /* 連鎖解析 */

2018-04-01T00:25:41Z

連鎖解析

← 古い版		2018年4月1日 (日) 09:25時点における版
31行目:		31行目:
	== 解析 ==		== 解析 ==
	=== 連鎖解析 ===		=== 連鎖解析 ===
	遺伝的多型を用いて形質マッピングをする代表的手法が[[連鎖解析]]Linkage analysisである。これは、同じ染色体で近傍に位置する遺伝的多型は、その両者の距離に依存し親から子へと同じ染色体上のアレルの組み合わせ（[[ハプロタイプ]]）として伝達されやすいという生物学的原理（遺伝的連鎖）に基づく。交配実験が可能なショウジョウバエなどにおいては、実験的連鎖解析が可能である。しかしヒトにおいては、作為的な家系を作り出すことは不可能であるため、家系を調べて統計学的に解析する。具体的には、ある家系のデータを手にした時、「ある遺伝的多型マーカーが病気の原因バリアントと連鎖している」という仮説と、「連鎖していない」という仮説のそれぞれにもとづいて、そうだったとき現在調べた家系データを得るとした尤もらしさ（[[尤度]]likelihood）を比較する。「ある遺伝的多型マーカーが病気の原因バリアントと連鎖している」という仮説の尤もらしさが統計学的に有意に高いとするならば、その遺伝的多型マーカーは原因バリアントの近傍にあると推測する。そうだとわかれば遺伝子クローニング技術などによりその領域を調べるのである。それによりHuntingtin遺伝子<ref><pubmed>8458085</pubmed></ref>14やBRCA1<ref><pubmed>7545954</pubmed></ref>15/BRCA2<ref><pubmed>8524414</pubmed></ref>16遺伝子が発見された。		遺伝的多型を用いて形質マッピングをする代表的手法が[[連鎖解析]] (linkage analysis)である。これは、同じ染色体で近傍に位置する遺伝的多型は、その両者の距離に依存し親から子へと同じ染色体上のアレルの組み合わせ（[[ハプロタイプ]]）として伝達されやすいという生物学的原理（遺伝的連鎖）に基づく。交配実験が可能なショウジョウバエなどにおいては、実験的連鎖解析が可能である。しかしヒトにおいては、作為的な家系を作り出すことは不可能であるため、家系を調べて統計学的に解析する。具体的には、ある家系のデータを手にした時、「ある遺伝的多型マーカーが病気の原因バリアントと連鎖している」という仮説と、「連鎖していない」という仮説のそれぞれにもとづいて、そうだったとき現在調べた家系データを得るとした尤もらしさ（[[尤度]] （ゆうど; likelihood））を比較する。「ある遺伝的多型マーカーが病気の原因バリアントと連鎖している」という仮説の尤もらしさが統計学的に有意に高いとするならば、その遺伝的多型マーカーは原因バリアントの近傍にあると推測する。そうだとわかれば遺伝子クローニング技術などによりその領域を調べるのである。それにより[[ハンチンチン]]遺伝子<ref><pubmed>8458085</pubmed></ref>14やBRCA1<ref><pubmed>7545954</pubmed></ref>15/BRCA2<ref><pubmed>8524414</pubmed></ref>16遺伝子が発見された。

	現在でも連鎖解析と[[エクソームシークエンス]]を組み合わせた研究が報告される。遺伝統計学的に厳格な理論を背景としているため、その輝きはまだ色あせてはいない。		現在でも連鎖解析と[[エクソームシークエンス]]を組み合わせた研究が報告される。遺伝統計学的に厳格な理論を背景としているため、その輝きはまだ色あせてはいない。

Junko kurahashi: /* ゲノムワイド関連解析 */

2018-03-30T04:02:31Z

ゲノムワイド関連解析

← 古い版		2018年3月30日 (金) 13:02時点における版
44行目:		44行目:
	とはいえ、エクソームシークエンスと比べるとSNPアレイは非遺伝子領域をきちんとカバーするし、WGSと比べるとSNPアレイはいまでもかなり安価である。CNVについては、結局SNPと連鎖不平衡にあるという評価であり、全ゲノムCNVを調べなくとも、GWASが検出した有意SNP周囲のCNVを探索（ファインマッピング）すれば足りそうだ。さらに、[[LDスコア回帰法]]<ref><pubmed>25642630</pubmed></ref>20のような最新の手法においては、たとえWGSの数千万バリアントの解析結果があったとしても、そこからわざわざ100万のtagSNPに結果を減らした方が遺伝統計学的に安定した妥当な結果を得られることが示されたり、あるいはWGSを元にしたシミュレーション解析によれば、WGS解析はSNPアレイを用いたGWASに対して、多因子形質マッピングにおけるアドバンテージはほとんどないとの推定がなされている（imputationをした場合<ref><pubmed>26323059</pubmed></ref>21）。遺伝統計学・量的遺伝学の界隈においては、SNPの役割はいまだ少しも減るところがない。		とはいえ、エクソームシークエンスと比べるとSNPアレイは非遺伝子領域をきちんとカバーするし、WGSと比べるとSNPアレイはいまでもかなり安価である。CNVについては、結局SNPと連鎖不平衡にあるという評価であり、全ゲノムCNVを調べなくとも、GWASが検出した有意SNP周囲のCNVを探索（ファインマッピング）すれば足りそうだ。さらに、[[LDスコア回帰法]]<ref><pubmed>25642630</pubmed></ref>20のような最新の手法においては、たとえWGSの数千万バリアントの解析結果があったとしても、そこからわざわざ100万のtagSNPに結果を減らした方が遺伝統計学的に安定した妥当な結果を得られることが示されたり、あるいはWGSを元にしたシミュレーション解析によれば、WGS解析はSNPアレイを用いたGWASに対して、多因子形質マッピングにおけるアドバンテージはほとんどないとの推定がなされている（imputationをした場合<ref><pubmed>26323059</pubmed></ref>21）。遺伝統計学・量的遺伝学の界隈においては、SNPの役割はいまだ少しも減るところがない。

	集団における頻度によって遺伝的バリアントを分類する別の方法としては、頻度5%以上を[[コモンバリアント]]common variant、0.5または1-5%を[[頻度の低いバリアント]]low frequency variant、0.5%または1%未満のものを[[レアバリアント]]rare variantと呼ぶ分類がある。これは、適応進化にもとづく選択圧によって頻度分類ごとに疾患リスク効果が異なる（レアバリアントのリスク効果は全体的に高い）ことと、遺伝的関連解析においては頻度とリスク効果によって検出力が異なることに着目した分類であり、現代ではこちらの分類が主流となっているだろう。		集団における頻度によって遺伝的バリアントを分類する別の方法としては、頻度5%以上を[[コモンバリアント]] common variant、0.5または1-5%を[[頻度の低いバリアント]] low frequency variant、0.5%または1%未満のものを[[レアバリアント]] rare variantと呼ぶ分類がある。これは、適応進化にもとづく選択圧によって頻度分類ごとに疾患リスク効果が異なる（レアバリアントのリスク効果は全体的に高い）ことと、遺伝的関連解析においては頻度とリスク効果によって検出力が異なることに着目した分類であり、現代ではこちらの分類が主流となっているだろう。

	== 用語の確認 ==		== 用語の確認 ==

2018年3月30日 (金) 03:54にJunko kurahashiによる

2018-03-30T03:54:06Z

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2018年3月28日 (水) 06:17にJunko kurahashiによる

2018-03-28T06:17:00Z

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Junko kurahashi: /* 遺伝子多型とは */

2018-03-28T06:00:44Z

遺伝子多型とは

← 古い版		2018年3月28日 (水) 15:00時点における版
8行目:		8行目:

	==遺伝子多型とは==		==遺伝子多型とは==
	ある集団において、一つの[[ゲノム]]~~上の場所または領域（座位、locus）に、二つかそれ以上の、頻度の高い異なるアレル（allele）が存在する状態を言う。~~		ある集団において、一つの[[ゲノム]]上の場所または領域（[[座位]]、locus）に、二つかそれ以上の、頻度の高い異なる[[アレル]]（allele）が存在する状態を言う。

	[[ヒト]]ゲノムが解読されていない時代には、遺伝的多型を用いて病気の原因遺伝子の探索が行われていた。遺伝的多型に「頻度の高い」という条件があるのは、このための要請である。本稿では、本辞典の性質にも鑑み、主にこの観点から遺伝的多型について述べる。ほかにも遺伝的多型は、集団遺伝学や法医学においても用いられる。		[[ヒト]]ゲノムが解読されていない時代には、遺伝的多型を用いて病気の原因遺伝子の探索が行われていた。遺伝的多型に「頻度の高い」という条件があるのは、このための要請である。本稿では、本辞典の性質にも鑑み、主にこの観点から遺伝的多型について述べる。ほかにも遺伝的多型は、集団遺伝学や法医学においても用いられる。