利用者:Nijcadmin

2012年1月4日（水）

Pubmed プラグイン利用時に表示が遅い

• キャッシュ機能はキーワードを元に pubmed に問い合わせて得られた結果の pmid をキャッシュしているため，表示毎に<pubmed>...</pubmed>の数だけ通信が発生する．
• 対策として pubmed に問い合わせる前段階でキャッシュする機能を実装．
• extensions/Pubmed/entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php

<?php

class entrez_eutils_nijc extends entrez_eutils_fcgi {
        // constructor
        function entrez_eutils_nijc() {
                parent::entrez_eutils_fcgi();
        }

        // override search2 method
        function search2($db, $term, $off=0, $limit=500) {
                global $wgPubmedCacheExpire;
                if (empty($this->_cache))
                        return parent::search2($db, $term, $off, $limit);
                $cache = new Cache();
                $cache->cachedir = $this->_cache;
                $filename = sprintf('esearch_%s', md5($term));
                $now = time();
                $expire = 604800; // 86400:1day, 604800:1 week
                if (isset($wgPubmedCacheExpire))
                        $expire = intval($wgPubmedCacheExpire);
                if ($cache->check($filename)) {
                        $data = $cache->load($filename);
                        if ($data['date'] + $expire >= $now)
                                return $data['value'];
                }
                $data = array(
                        'date' => $now,
                        'value' => parent::search2($db, $term, $off, $limit),
                );
                $cache->save($filename, $data);
                return $data['value'];
        }
}

• extension/Pubmed/Pubmed.php

require_once("entrez.cl/entrez_eutil.class.php");
// NIJC:
require_once("entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php");
include("layout.inc.php");
...
        // NIJC:
        //$ncbi = new entrez_eutils_fcgi();
        $ncbi = new entrez_eutils_nijc();

• LocalSettings.php

$wgPubmedCacheExpire = 604800; // 1week yo 12/1/4

Pubmed 文献の参考文献の際，参照番号の右に著者を表示したい

• レイアウトテンプレートを修正
  • extension/Pubmed/layouts/layout_ext.def

<b>##Authors##</b>
<p style=" border:none; outset none; margin:0em; padding:0em; background-color:#fff;">
##Title## <br>
<i>##Journal##</i>: ##Year##, ##Volume##(##Issue##);##Pages## ##PMID## ##WORLDCAT## ##DOI## <br>
</p>

2011年12月14日（水）

FCKEditor を使うと図のキャプションが消える．

• 参照

使用前 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb|テスト]]
使用後 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb]]

• extensions/FCKeditor/FCKeditorSkin.body.php を上記を参考に以下のように修正

// NIJC:
//if (isset($fp['alt']) && !empty($fp['alt']) && $fp['alt'] != "Image:" . $orginal) {
//        $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['alt'])."\" ";
if (isset($fp['caption']) && !empty($fp['caption']) && $fp['caption'] != "Image:" . $orginal) {
        $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['caption'])."\" ";
}

keywords meta タグを入れたい

• extension/AddKeywordsMetaTag.php を作ってみた．

<?php

$wgExtensionCredits['other'][] = array( 
  'name' => 'AddKeywordsMetaTag', 
  'status' => 'Experimental',
  'author' => 'Yoshihiro OKUMURA',
  'version' => '1.0',
  'url' => 'http://www.neuroinf.jp/',
  'description' => 'Mediawiki:Keywords ページの内容を keywords meta タグとして出力します．',
);
$wgHooks['OutputPageBeforeHTML'][] = 'wfAddKeywordsMetaTag';
 
function wfAddKeywordsMetaTag(&$out, &$text) {
 global $wgTitle, $wgParser, $wgRequest, $action;
  if ($action !== 'edit' &&
      $action !== 'history' &&
      $action !== 'delete' &&
      $action !== 'watch') {
    // Mediawiki:Keywords
    $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, 'Keywords');
    $article = new Article($title);
    $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
    foreach ($keywords as $keyword) 
      if (!empty($keyword))
        $out->addKeyword($keyword);
    $namespaces = array(NS_MAIN, NS_USER, NS_PROJECT, NS_MEDIAWIKI);
    foreach ($namespaces as $namespace) {
      // Mediawiki::Keywords-$namespace
      if ($wgTitle->getNamespace() === $namespace) {
        $page = sprintf('Keywords-%u', $namespace);
        $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, $page);
        $article = new Article($title);
        $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
        foreach ($keywords as $keyword) 
          if (!empty($keyword))
            $out->addKeyword($keyword);
      }
    }
  }
  return true;
}

2011年12月12日（月）

FCKEditor を使うとwikipediaへのリンクが符号化される．

使用前 [[wikipedia:jp:理化学研究所|理化学研究所]]
使用後 [[wikipedia:jp:%E7%90%86%E5%8C%96%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80|理化学研究所]]

• extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正

if (a.className == 'extiw')
{
        a.href = a.title ;
        // NIJC:
        // a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.href ) ;
        a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.title ) ;
}

2011年12月7日（水）

metaタグ index,follow の制御が効かない．

• 承認モジュール ApprovedRevs 由来の問題 参考
• includes/Article.php を以下のように修正

// NIJC:
//if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() ) {
if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() == intval( @$_GET['oldid'] ) ) {
        # Non-articles (special pages etc), and old revisions
        return array( 'index'  => 'noindex',
                      'follow' => 'nofollow' );
} elseif ( $wgOut->isPrintable() ) {

2011年6月15日 (水)

設定変更

• URLが http://www.bsd.neuroinf.jp/ でも接続できるように
• ドキュメントのライセンスをCC-BY-ND Japanに変更

2011年6月7日 (火)

サーバ準備

• ホスト名: bsd.neuroinf.jp (仮)
• OS: Linux CentOS 5.6 x86_64

MediaWiki 導入

• MediaWiki 1.16.5 インストール
  • 言語は日本語(ja)を利用
  • ドキュメントのライセンスを無難なセンでCC-BY-SA Japanに設定 (仮)
• Short_URL 設定
• ロゴ画像設置(仮)
  • これをベースに文字を入れ替えたものに

$wgLogo             = "$wgScriptPath/images/BSD-Logo.png";

• 画像アップロードの設定

$wgEnableUploads       = true;
$wgUploadPath          = "{$wgScriptPath}/images";
$wgUploadDirectory     = "{$IP}/images";
$wgUseImageMagick      = true;
$wgImageMagickConvertCommand = "/usr/bin/convert";

• 数式への対応
  • このあたりを参考に

$wgUseTeX           = true;
$wgTexvc            = "/usr/bin/texvc116";
$wgMathPath         = "{$wgUploadPath}/math";
$wgMathDirectory    = "{$wgUploadDirectory}/math";
$wgTmpDirectory     = "{$wgUploadDirectory}/tmp";

• 匿名ユーザの「新規アカウント作成」と「ページの編集」はとりあえず無効に

$wgGroupPermissions['*']['createaccount'] = false;
$wgGroupPermissions['*']['edit'] = false;

UMIN の既存データの複製

• https://center3.umin.ac.jp/umin-wiki/mw_bsd/index.php/メインページ のデータをこのサイトへ貼り付け

TODO

• Extensions の選定と設置
  • Youtube 等の動画貼り付け
  • 査読
  • 等々