「ナノボディ」の版間の差分
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<font size="+1">山形方人</font><br> | <font size="+1">山形方人</font><[[br]]> | ||
''Harvard University''<br> | ''Harvard University''<br> | ||
DOI：<selfdoi /> | DOI：<selfdoi /> 原稿受付日：2018年x月x日 原稿完成日：2018年x月x日<br> | ||
担当編集委員：[http://researchmap.jp/ | 担当編集委員：[http://researchmap.jp/]（ xx大学）<br> | ||
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英：nanobody 独：Nanobody, | |||
英：nanobody 独：Nanobody, Nanoantikörper 仏：nanobody 中：纳米抗体 西：nanoanticuerpo | |||
{{box|text= | {{box|text= | ||
最も一般的な免疫グロブリンIgGは重鎖と軽鎖からなっているが、ラクダ科や軟骨魚は重鎖のみでできた免疫グロブリンも持っている。この'''重鎖抗体'''は可変領域のみで抗原と結合でき、この小さな単一ドメインはナノボディ（または'''VHH'''）と呼ばれる。ナノボディは、それぞれアミノ酸配列が厳密に定義され、通常の抗体と同じように、免疫沈降法などの生化学的解析や免疫組織化学などに利用できる。また、細胞内でも抗原と結合できる'''細胞内抗体'''などとして機能的に発現させることで、さまざまな神経細胞を含めた細胞生物学的分析に応用可能である。診断や抗体医薬品への利用の可能性も高い。}} | |||
==単鎖抗体、重鎖抗体 、ナノボディ== | ==単鎖抗体、重鎖抗体 、ナノボディ== | ||
[[ファイル:nanobody1.jpg |サムネイル| | [[ファイル:nanobody1.jpg |サムネイル|250px|'''図1．抗体、重鎖抗体 、ナノボディ'''<br>ウサギ、マウスなどに見られる一般的な抗体は重鎖と軽鎖からなる複合体であり、研究、診断、治療などには、IgG、IgMなどの免疫グロブリンとその誘導体（Fab断片など）が広く用いられている]] | ||
ウサギ、マウスなどに見られる一般的な抗体は重鎖と軽鎖からなる複合体であり、研究、診断、治療などには、IgG、IgMなどの免疫グロブリンとその誘導体（Fab断片など）が広く用いられている（図１）。最も一般的な抗体分子IgGは、別々の可変領域（Variable region）ドメインを持った重鎖と軽鎖からなるヘテロダイマーが１つの抗原を認識し、重鎖の定常領域（Constant region）ドメインを介したジスルフィド結合で、もう一つの同じ重鎖と軽鎖 のヘテロダイマーと一緒になって、分子量150kDaほどのY字型のヘテロテトラマーとなっている。また目的に応じて、 抗原との結合能を維持した小型抗体分子、例えばFab（1つの軽鎖および半分の重鎖） のようなプロテアーゼ断片や、重鎖と軽鎖の可変領域ドメインを組換えDNA技術で人工的に接続することで、一本鎖の可変断片からなる'''単鎖抗体'''（single chain antibody）がしばしば利用されてきた<ref><[[pubmed]]>23495938</pubmed></ref>。 | |||
一方、1993年、ヒトコブラクダは、 例外的に軽鎖がない重鎖のみでできた特殊な抗体（重鎖抗体Heavy chain antibodies ）も持っていることが、Hamers-Castermanらによって報告された<ref><[[PubMed|pubmed]]>8502296</pubmed></ref>。 これは、現存するラクダ科（ヒトコブラクダ、フタコブラクダ、リャマ/グアナコ、アルパカ/ビクーニャ）の動物に共通して見られる抗体である。その後、 軟骨魚（サメ、ギンザメなど）でも類似した重鎖抗体の存在が確認された。 | |||
サメで見られる重鎖抗体は、IgNAR (new antigen receptor)と呼ばれ、１つの可変領域のドメイン（vNARと呼ばれる）が抗原と結合することができる。一方、ラクダ科の重鎖抗体では、その１つの可変領域ドメインはVHHと呼ばれる。他のポリペプチドの存在なしで抗原と結合する単鎖抗体であるVHHは、その分子量が通常のIgGの10分の1ほどの12-15kDaであり、nm単位の大きさであることから「ナノボディNanobody」と一般的に呼ばれている。 | |||
==既知ナノボディの例== | |||
ナノボディの情報を系統的に収集してきている中国の南京にある東南大学の[http://ican.ils.seu.edu.cn iCAN (Institute Collection & Analysis of Nanobody)]には、2018年8月現在、約2400のナノボディ配列が登録されている。 | |||
図２に、ナノボディの１つとして構造が解かれた リャマ由来のGFPナノボディ (RCSBのPDBで3OGO, http://www.rcsb.org/structure/3OGO)、図３にはそのアミノ酸配列を示した。このGFPとGFPナノボディのKd値は約1nMである（Kubala et al., 2010)。 | |||
[[ファイル:nanobody2.jpg |サムネイル|250px|'''図2．リャマ由来のGFPナノボディ'''<br> RCSBのPDBで3OGO]] | |||
[[ファイル:nanobody3.jpg |サムネイル|250px|'''図3．リャマ由来のGFPナノボディのアミノ酸配列’’’<br>R1からFR4というフレームワーク領域(Framework regions）の中に超可変領域である相補性決定領域（Complementary determining regions）と呼ばれる３つのCDR1-3が見られる]] | |||
== | ==ナノボディの構造的な特徴== | ||
ナノボディは、通常120アミノ酸残基のポリペプチドである。基本的には、典型的な免疫グロブリンの可変領域の配列と類似しており、FR1からFR4というフレームワーク領域(Framework regions）の中に超可変領域である相補性決定領域（Complementary determining regions）と呼ばれる３つのCDR1-3が見られる（図３）。 | |||
しかしながら、通常の免疫グロブリンの可変領域とは異なる特徴が見られ、それがナノボディの長所ともなっている。第１に、通常の免疫グロブリンに比べて、FR2領域に親水性のアミノ酸残基が多く、ナノボディの水溶性の性質や安定性を高めている。第２に、 通常の免疫グロブリンの6つのCDR（重鎖3つ、軽鎖3つ）の代わりに3つのCDRのみで抗原と結合する。その結果、認識に必要な構造（paratope [[パラトープ]]）が小さいので、通常の免疫グロブリンが入り込めないような抗原の構造（epitope [[エピトープ]]）を認識できる可能性がある。（Genst et al., 2006）。第３に、通常の抗体より長いCDR1, CDR3ループを持つために、結合の親和性や特異性を高めることが可能となっている。これらの水溶性、構造的なコンパクトさ、そして超可変領域の配列の多様性が、ナノボディの利点となると考えられる。 | |||
==既知ナノボディの作製法== | |||
１つのナノボディは、120アミノ酸（cDNAとして360bp）ほどなので、クローニングなどに利用するための配列を付加しても500bp未満の長さに収めることができる。したがって、利用したい特定ナノボディのアミノ酸配列がわかっていれば、いくつかの民間会社が提供している長鎖DNAを化学合成するサービスなどを利用することで短期間のうちにcDNA配列が入手可能である。 | |||
多くの種類のナノボディは、目的別に発現ベクターにクローニングした後、 哺乳類細胞だけなく、 細菌、酵母、植物でも産生させることができる。哺乳類細胞では、抗体が本来利用される細胞外だけでなく、細胞内部でも発現させることが可能である（イントラボディ、下記参考）。ただし、ナノボディの配列はそれぞれ異なり、特徴的なジスルフィド結合の生成が結合力あるコンフォメーションを取るために必要な場合、細胞内や細菌などではうまくいかない可能性はある。ナノボディには90℃という高温でも失活しないものもあるように（van der Linden et al., 1999)、一般に安定性は高いが、これもそれぞれのナノボディの特性による。 | |||
==新規ナノボディの作製法== | |||
一般的な方法としては、重鎖抗体を産生する動物を飼育し、それを抗原で免疫することである。 比較的小型のリャマ Lama glamaのほかに、アルパカVicugna pacos、ヒトコブラクダCamelus dromedarius、ネコザメ Heterodontus francisci が免疫に利用されている。次に免疫動物から血液を採集し、その中にあるB細胞から、可変領域を含むcDNAライブラリーを作製、そのライブラリーを固定化した抗原を使った[[ファージディスプレイ]]などのパニングでスクリーニングすることで、cDNA配列を単離し、抗原に結合するナノボディ配列を知ることができる。(Pardon) | |||
このスクリーニングを効果的に行うための工夫が多数開発されてきている（Liuらの総説参考。）。ファージディスプレイの担体の工夫、グラム陽性バクテリア表面へのディスプレイ、酵母へのディスプレイ、[[mRNAディスプレイ]]、[[リボソームディスプレイ]]、細胞内での[[２ハイブリッドスクリーニング]]などが用いられてきている。 | |||
特に、最近、これらの方法を組み合わせることで、効率的に行う戦略が考案されている。Fridayらは、免疫動物の結合抗体を精製しその質量スペクトルの結果とファージディスプレイのハイスループットな配列決定を組み合わせる方法で、多数の蛍光タンパク質に結合するナノボディを報告した。Zimmermann は、リボソームディスプレイ、ファージディスプレイ、ELISAを組み合わせることで、短期間にナノボディ配列を得る戦略を報告している。また、McMahon らは、酵母ディスプレイを用いて、免疫動物を用いない合成ライブラリーをスクリーニングすることで親和性の高いナノボディ配列を得ることができることを示している。このような非免疫ライブラリーや合成ライブラリーを用いる方法については、まだ適用例が少なく、標準的な方法とされるものが存在しないというのが実情であろう。また、ある程度の抗原親和性を示すナノボディの配列を調整することで、[[親和性の成熟]]affinity maturationを行うこともできる。 | |||
==ナノボディの利用法== | |||
基本的には通常の「抗体」のように生化学的解析、免疫組織化学等に利用できる。しかし、ナノボディだけでは 通常の抗体と違い定常領域を欠いているため、何らかの修飾が必要である。このことはナノボディが抗体のように簡単に利用できないという不便さになっているが、修飾を実験に合わせて自在に工夫できるという利点でもある。また、定常領域のような余分な構造を持たないので、バックグラウンドを下げ感度や精度の高い解析が可能になるという利点もある。 | |||
====化学的カップリング==== | |||
免疫組織化学に最もよく用いられているのは、ナノボディをタンパク質として精製後、色素などを化学的にカップリングするという方法である。このような試薬は市販もされている（例、ChromoTek社）。最近、2次抗体の活性を持つナノボディが報告されている。ナノボディの多くは、大腸菌で活性あるものを大量産生、精製することができるので、一度、配列がわかれば、動物を使用する必要がなくなる。 | |||
化学的なカップリングなので、カップリングする分子を工夫することで、様々な可能性がある。一方、カップリング反応により、その活性を失うことも想定される。また、ナノボディが小さく、通常の抗体では入り込めない箇所に結合することで、Super resolution microscopyにおいても、アーチファクトが減少し、有用なツールになるはずである。 | |||
====RANbody==== | ====RANbody==== | ||
化学的カップリング反応は、しばしばナノボディの活性を消失させるが、実験的にも条件決定など必ずしも容易ではない。この問題を克服するために開発されたプラットフォームがRANbody（Receptor-and-Nanobody)である。RANbodyは、ナノボディを酵素（改良型西洋ワサビペルオキシダーゼHRP）、抗原性のあるニワトリ抗体IgY、多重エピトープタグなどと融合させたものである。プラスミドを293T細胞などの動物細胞に導入するだけで、培地中に放出されるので容易に利用できる。 | |||
====免疫沈降==== | |||
免疫沈降法では、ナノボディをアガロースや磁気ビーズなどの担体にカップリングすることで得られた担体（例、Nano-trap）が市販されている。多くのナノボディは大量に精製できるので、通常の抗体などのアフィニティクロマトグラフィ担体を作製するのと同じように利用できる。例えば、GSTなどとの融合タンパク質は、GSTを結合するグルタチン結合ゲルに容易に結合するので、免疫沈降法に有用である。 | |||
== | ====intrabody, Chromobody==== | ||
ナノボディの特徴は、組み換えタンパク質として、細胞内で機能的に発現することができることである。この方法は、一般にイントラボディIntrabody（細胞内ボディ、細胞内抗体）と呼ばれる。 | |||
=== | |||
Chromobodyは、ナノボディをGFPなどの蛍光タンパク質と結合することで、標的分子に結合し、標的分子の染色や追跡が可能になる方法である。例えば、アクチンに対するナノボディをGFPと融合させ、それを細胞内で発現させれば、アクチンがナノボディを介してGFPで標識される。この融合する蛍光タンパク質を[[STORM]], PALMなどの[[高解像度顕微鏡]]に利用できるものとすれば、高解像度のバイオイメージングが可能になる。 | |||
また、分子の特殊なコンフォメーションや翻訳後修飾を認識するナノボディは、分子のコンフォメーションや翻訳後修飾のセンサーとして利用されてきている（Irannejad et al., 2013)。 | |||
====分子間相互作用研究への利用==== | |||
ナノボディは、分子間相互作用（[[PPI]])の研究ツールとしても有用である。１つの有力な方法は、イントラボディとして発現させ、FRET、LRETといったPPIを検出するための方法と組み合わせたバイオイメージングである。 | |||
また、特定のPPIを阻害するナノボディを細胞内で発現させたりすることも可能である。このような方法は、分子機能の研究において、タンパク質の数を調整するRNAiやゲノム編集による変異とは違ったアプローチになりうる。 | |||
==ナノボディー以外の組み換え結合体== | ==ナノボディー以外の組み換え結合体== | ||
免疫グロブリンに由来するナノボディ以外に、免疫グロブリン以外に見られるタンパク質のドメインを用いて、新たな組み換え結合体を作製する方法もあり、このような組み換え結合体はナノボディと同様な利用法が可能であろう。 | |||
フィブロネクチン中の代表的なモチーフであるtype IIIリピートは、免疫グロブリンドメインと構造が類似しており、これを他の分子に結合する免疫グロブリンのように改変することが可能であり、この方法は、'''モノボディ'''（monobody）と名付けられている（Koide e tal., 2013)。 ジスルフィド結合によって構造が左右されないので、 細胞内での還元状態の環境でも利用できる。例えば、Arnoldのグループによって開発された'''FingR'''は、[[PSD]]95やゲフィリンといったシナプスタンパク質を認識することができる（Gross et al. 2013)。 | |||
免疫グロブリンを利用しない組み換え結合体には、このほかにも、アンキリンリピートを利用した'''DARPins'''（Designed ankyrin repeat proteins)などの方法がある(Helma et al., 2015; Plückthun2015)。 | |||
== | ==抗体利用の再現性== | ||
近年、生物医学系の研究では、論文発表された実験結果の一部が容易に再現できないとされる問題がしばしば指摘されている。抗体の利用は、この再現性問題のもっとも重要な要因の１つであるとされる。例えば、ウサギなどのポリクローン抗体は、多数の異なる抗体分子を含んだポリクローン抗体という性格上、免疫した動物などバッチごとの差が大きい。また、モノクローン抗体は、ハイブリドーマを増殖させることで、永遠に同じものを得ることができるはずであるが、市販抗体は予期せず販売中止になったり、ハイブリドーマ細胞は極低温で維持しなくてはならず、災害や研究者の都合により失われてしまうこともある。ナノボディは、アミノ酸配列で定義されるので質は同じであり、DNAという形で安価で長期保存が可能である。また DNAが失われても、アミノ酸配列から容易に再生できるので、抗体の利用周辺の再現性問題の解決の一助として注目されている。 | |||
==ナノボディの応用== | |||
抗体同様に診断への利用とともに、抗体医薬品として、感染症、がん、神経系疾患治療などへの利用が期待される。 特に、ベルギーのAblynx社が開発した 後天性血栓性血小板減少性紫斑病を対象とした抗VonWillebrand因子ナノボディであるcaplacizumabは、 III相試験で良好な結果が得られており、まもなく発売予定であるとみられる。 | |||
==参考文献== | ==参考文献== | ||
<references/> | <references/> | ||
2018年8月6日 (月) 23:38時点における版
英：nanobody 独：Nanobody, Nanoantikörper 仏：nanobody 中：纳米抗体 西：nanoanticuerpo
最も一般的な免疫グロブリンIgGは重鎖と軽鎖からなっているが、ラクダ科や軟骨魚は重鎖のみでできた免疫グロブリンも持っている。この重鎖抗体は可変領域のみで抗原と結合でき、この小さな単一ドメインはナノボディ（またはVHH）と呼ばれる。ナノボディは、それぞれアミノ酸配列が厳密に定義され、通常の抗体と同じように、免疫沈降法などの生化学的解析や免疫組織化学などに利用できる。また、細胞内でも抗原と結合できる細胞内抗体などとして機能的に発現させることで、さまざまな神経細胞を含めた細胞生物学的分析に応用可能である。診断や抗体医薬品への利用の可能性も高い。
単鎖抗体、重鎖抗体 、ナノボディ
ウサギ、マウスなどに見られる一般的な抗体は重鎖と軽鎖からなる複合体であり、研究、診断、治療などには、IgG、IgMなどの免疫グロブリンとその誘導体（Fab断片など）が広く用いられている（図１）。最も一般的な抗体分子IgGは、別々の可変領域（Variable region）ドメインを持った重鎖と軽鎖からなるヘテロダイマーが１つの抗原を認識し、重鎖の定常領域（Constant region）ドメインを介したジスルフィド結合で、もう一つの同じ重鎖と軽鎖 のヘテロダイマーと一緒になって、分子量150kDaほどのY字型のヘテロテトラマーとなっている。また目的に応じて、 抗原との結合能を維持した小型抗体分子、例えばFab（1つの軽鎖および半分の重鎖） のようなプロテアーゼ断片や、重鎖と軽鎖の可変領域ドメインを組換えDNA技術で人工的に接続することで、一本鎖の可変断片からなる単鎖抗体（single chain antibody）がしばしば利用されてきた[1]。
一方、1993年、ヒトコブラクダは、 例外的に軽鎖がない重鎖のみでできた特殊な抗体（重鎖抗体Heavy chain antibodies ）も持っていることが、Hamers-Castermanらによって報告された[2]。 これは、現存するラクダ科（ヒトコブラクダ、フタコブラクダ、リャマ/グアナコ、アルパカ/ビクーニャ）の動物に共通して見られる抗体である。その後、 軟骨魚（サメ、ギンザメなど）でも類似した重鎖抗体の存在が確認された。
サメで見られる重鎖抗体は、IgNAR (new antigen receptor)と呼ばれ、１つの可変領域のドメイン（vNARと呼ばれる）が抗原と結合することができる。一方、ラクダ科の重鎖抗体では、その１つの可変領域ドメインはVHHと呼ばれる。他のポリペプチドの存在なしで抗原と結合する単鎖抗体であるVHHは、その分子量が通常のIgGの10分の1ほどの12-15kDaであり、nm単位の大きさであることから「ナノボディNanobody」と一般的に呼ばれている。
既知ナノボディの例
ナノボディの情報を系統的に収集してきている中国の南京にある東南大学のiCAN (Institute Collection & Analysis of Nanobody)には、2018年8月現在、約2400のナノボディ配列が登録されている。
図２に、ナノボディの１つとして構造が解かれた リャマ由来のGFPナノボディ (RCSBのPDBで3OGO, http://www.rcsb.org/structure/3OGO)、図３にはそのアミノ酸配列を示した。このGFPとGFPナノボディのKd値は約1nMである（Kubala et al., 2010)。
ナノボディの構造的な特徴
ナノボディは、通常120アミノ酸残基のポリペプチドである。基本的には、典型的な免疫グロブリンの可変領域の配列と類似しており、FR1からFR4というフレームワーク領域(Framework regions）の中に超可変領域である相補性決定領域（Complementary determining regions）と呼ばれる３つのCDR1-3が見られる（図３）。
しかしながら、通常の免疫グロブリンの可変領域とは異なる特徴が見られ、それがナノボディの長所ともなっている。第１に、通常の免疫グロブリンに比べて、FR2領域に親水性のアミノ酸残基が多く、ナノボディの水溶性の性質や安定性を高めている。第２に、 通常の免疫グロブリンの6つのCDR（重鎖3つ、軽鎖3つ）の代わりに3つのCDRのみで抗原と結合する。その結果、認識に必要な構造（paratope パラトープ）が小さいので、通常の免疫グロブリンが入り込めないような抗原の構造（epitope エピトープ）を認識できる可能性がある。（Genst et al., 2006）。第３に、通常の抗体より長いCDR1, CDR3ループを持つために、結合の親和性や特異性を高めることが可能となっている。これらの水溶性、構造的なコンパクトさ、そして超可変領域の配列の多様性が、ナノボディの利点となると考えられる。
既知ナノボディの作製法
１つのナノボディは、120アミノ酸（cDNAとして360bp）ほどなので、クローニングなどに利用するための配列を付加しても500bp未満の長さに収めることができる。したがって、利用したい特定ナノボディのアミノ酸配列がわかっていれば、いくつかの民間会社が提供している長鎖DNAを化学合成するサービスなどを利用することで短期間のうちにcDNA配列が入手可能である。
多くの種類のナノボディは、目的別に発現ベクターにクローニングした後、 哺乳類細胞だけなく、 細菌、酵母、植物でも産生させることができる。哺乳類細胞では、抗体が本来利用される細胞外だけでなく、細胞内部でも発現させることが可能である（イントラボディ、下記参考）。ただし、ナノボディの配列はそれぞれ異なり、特徴的なジスルフィド結合の生成が結合力あるコンフォメーションを取るために必要な場合、細胞内や細菌などではうまくいかない可能性はある。ナノボディには90℃という高温でも失活しないものもあるように（van der Linden et al., 1999)、一般に安定性は高いが、これもそれぞれのナノボディの特性による。
新規ナノボディの作製法
一般的な方法としては、重鎖抗体を産生する動物を飼育し、それを抗原で免疫することである。 比較的小型のリャマ Lama glamaのほかに、アルパカVicugna pacos、ヒトコブラクダCamelus dromedarius、ネコザメ Heterodontus francisci が免疫に利用されている。次に免疫動物から血液を採集し、その中にあるB細胞から、可変領域を含むcDNAライブラリーを作製、そのライブラリーを固定化した抗原を使ったファージディスプレイなどのパニングでスクリーニングすることで、cDNA配列を単離し、抗原に結合するナノボディ配列を知ることができる。(Pardon)
このスクリーニングを効果的に行うための工夫が多数開発されてきている（Liuらの総説参考。）。ファージディスプレイの担体の工夫、グラム陽性バクテリア表面へのディスプレイ、酵母へのディスプレイ、mRNAディスプレイ、リボソームディスプレイ、細胞内での２ハイブリッドスクリーニングなどが用いられてきている。
特に、最近、これらの方法を組み合わせることで、効率的に行う戦略が考案されている。Fridayらは、免疫動物の結合抗体を精製しその質量スペクトルの結果とファージディスプレイのハイスループットな配列決定を組み合わせる方法で、多数の蛍光タンパク質に結合するナノボディを報告した。Zimmermann は、リボソームディスプレイ、ファージディスプレイ、ELISAを組み合わせることで、短期間にナノボディ配列を得る戦略を報告している。また、McMahon らは、酵母ディスプレイを用いて、免疫動物を用いない合成ライブラリーをスクリーニングすることで親和性の高いナノボディ配列を得ることができることを示している。このような非免疫ライブラリーや合成ライブラリーを用いる方法については、まだ適用例が少なく、標準的な方法とされるものが存在しないというのが実情であろう。また、ある程度の抗原親和性を示すナノボディの配列を調整することで、親和性の成熟affinity maturationを行うこともできる。
ナノボディの利用法
基本的には通常の「抗体」のように生化学的解析、免疫組織化学等に利用できる。しかし、ナノボディだけでは 通常の抗体と違い定常領域を欠いているため、何らかの修飾が必要である。このことはナノボディが抗体のように簡単に利用できないという不便さになっているが、修飾を実験に合わせて自在に工夫できるという利点でもある。また、定常領域のような余分な構造を持たないので、バックグラウンドを下げ感度や精度の高い解析が可能になるという利点もある。
化学的カップリング
免疫組織化学に最もよく用いられているのは、ナノボディをタンパク質として精製後、色素などを化学的にカップリングするという方法である。このような試薬は市販もされている（例、ChromoTek社）。最近、2次抗体の活性を持つナノボディが報告されている。ナノボディの多くは、大腸菌で活性あるものを大量産生、精製することができるので、一度、配列がわかれば、動物を使用する必要がなくなる。
化学的なカップリングなので、カップリングする分子を工夫することで、様々な可能性がある。一方、カップリング反応により、その活性を失うことも想定される。また、ナノボディが小さく、通常の抗体では入り込めない箇所に結合することで、Super resolution microscopyにおいても、アーチファクトが減少し、有用なツールになるはずである。
RANbody
化学的カップリング反応は、しばしばナノボディの活性を消失させるが、実験的にも条件決定など必ずしも容易ではない。この問題を克服するために開発されたプラットフォームがRANbody（Receptor-and-Nanobody)である。RANbodyは、ナノボディを酵素（改良型西洋ワサビペルオキシダーゼHRP）、抗原性のあるニワトリ抗体IgY、多重エピトープタグなどと融合させたものである。プラスミドを293T細胞などの動物細胞に導入するだけで、培地中に放出されるので容易に利用できる。
免疫沈降
免疫沈降法では、ナノボディをアガロースや磁気ビーズなどの担体にカップリングすることで得られた担体（例、Nano-trap）が市販されている。多くのナノボディは大量に精製できるので、通常の抗体などのアフィニティクロマトグラフィ担体を作製するのと同じように利用できる。例えば、GSTなどとの融合タンパク質は、GSTを結合するグルタチン結合ゲルに容易に結合するので、免疫沈降法に有用である。
intrabody, Chromobody
ナノボディの特徴は、組み換えタンパク質として、細胞内で機能的に発現することができることである。この方法は、一般にイントラボディIntrabody（細胞内ボディ、細胞内抗体）と呼ばれる。
Chromobodyは、ナノボディをGFPなどの蛍光タンパク質と結合することで、標的分子に結合し、標的分子の染色や追跡が可能になる方法である。例えば、アクチンに対するナノボディをGFPと融合させ、それを細胞内で発現させれば、アクチンがナノボディを介してGFPで標識される。この融合する蛍光タンパク質をSTORM, PALMなどの高解像度顕微鏡に利用できるものとすれば、高解像度のバイオイメージングが可能になる。
また、分子の特殊なコンフォメーションや翻訳後修飾を認識するナノボディは、分子のコンフォメーションや翻訳後修飾のセンサーとして利用されてきている（Irannejad et al., 2013)。
分子間相互作用研究への利用
ナノボディは、分子間相互作用（PPI)の研究ツールとしても有用である。１つの有力な方法は、イントラボディとして発現させ、FRET、LRETといったPPIを検出するための方法と組み合わせたバイオイメージングである。
また、特定のPPIを阻害するナノボディを細胞内で発現させたりすることも可能である。このような方法は、分子機能の研究において、タンパク質の数を調整するRNAiやゲノム編集による変異とは違ったアプローチになりうる。
ナノボディー以外の組み換え結合体
免疫グロブリンに由来するナノボディ以外に、免疫グロブリン以外に見られるタンパク質のドメインを用いて、新たな組み換え結合体を作製する方法もあり、このような組み換え結合体はナノボディと同様な利用法が可能であろう。
フィブロネクチン中の代表的なモチーフであるtype IIIリピートは、免疫グロブリンドメインと構造が類似しており、これを他の分子に結合する免疫グロブリンのように改変することが可能であり、この方法は、モノボディ（monobody）と名付けられている（Koide e tal., 2013)。 ジスルフィド結合によって構造が左右されないので、 細胞内での還元状態の環境でも利用できる。例えば、Arnoldのグループによって開発されたFingRは、PSD95やゲフィリンといったシナプスタンパク質を認識することができる（Gross et al. 2013)。
免疫グロブリンを利用しない組み換え結合体には、このほかにも、アンキリンリピートを利用したDARPins（Designed ankyrin repeat proteins)などの方法がある(Helma et al., 2015; Plückthun2015)。
抗体利用の再現性
近年、生物医学系の研究では、論文発表された実験結果の一部が容易に再現できないとされる問題がしばしば指摘されている。抗体の利用は、この再現性問題のもっとも重要な要因の１つであるとされる。例えば、ウサギなどのポリクローン抗体は、多数の異なる抗体分子を含んだポリクローン抗体という性格上、免疫した動物などバッチごとの差が大きい。また、モノクローン抗体は、ハイブリドーマを増殖させることで、永遠に同じものを得ることができるはずであるが、市販抗体は予期せず販売中止になったり、ハイブリドーマ細胞は極低温で維持しなくてはならず、災害や研究者の都合により失われてしまうこともある。ナノボディは、アミノ酸配列で定義されるので質は同じであり、DNAという形で安価で長期保存が可能である。また DNAが失われても、アミノ酸配列から容易に再生できるので、抗体の利用周辺の再現性問題の解決の一助として注目されている。
ナノボディの応用
抗体同様に診断への利用とともに、抗体医薬品として、感染症、がん、神経系疾患治療などへの利用が期待される。 特に、ベルギーのAblynx社が開発した 後天性血栓性血小板減少性紫斑病を対象とした抗VonWillebrand因子ナノボディであるcaplacizumabは、 III相試験で良好な結果が得られており、まもなく発売予定であるとみられる。