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= 2012年1月13日（金）=
351-0198　埼玉県和光市広沢２−１
=== FCKEditor で ref タグの中の他のタグもエスケープされてしまう ===
<pre>
使用前：<ref><pubmed>12345</pubmed><br></ref>
使用後：<ref><pubmed>12345</pubmed>&amp;lt;br&amp;gt;</ref>
</pre>
* pubmed タグは11日にエスケープ対象外の対策済みだが他のタグもエスケープしないようにしてしまえばよい．
* extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正
<syntaxhighlight lang="php">
case 'fck_mw_ref' :
        var refName = htmlNode.getAttribute( 'name' ) ;


        stringBuilder.push( '<ref' ) ;
国立研究開発法人理化学研究所脳神経科学研究センター 　


        if ( refName && refName.length > 0 )
神経情報基盤開発ユニット
                stringBuilder.push( ' name="' + refName + '"' ) ;


        if ( htmlNode.innerHTML.length == 0 )
システム担当：今泉，奥村
                stringBuilder.push( ' />' ) ;
        else
        {
                stringBuilder.push( '>' ) ;
                // NIJC:
                stringBuilder.push( htmlNode.textContent || htmlNode.innerText ) ;
                stringBuilder.push( '</ref>' ) ;
        }
        return ;
</syntaxhighlight>
 
= 2012年1月12日（木）=
=== FCKEditor で syntaxhighlight タグが壊れる ===
* extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正
<syntaxhighlight lang="php">
case 'fck_mw_source' :
        var refLang = htmlNode.getAttribute( 'lang' ) ;
        // NIJC:
        var refTag = 'source';
        var refSyntaxHighlight = htmlNode.getAttribute( 'syntaxhighlight' ) ;
        if ( refSyntaxHighlight && refSyntaxHighlight == 'true' )
                refTag = 'syntaxhighlight';
        //stringBuilder.push( '<source' ) ;
        stringBuilder.push( '<' + refTag );
        stringBuilder.push( ' lang="' + refLang + '"' ) ;
        stringBuilder.push( '>' ) ;
        stringBuilder.push( FCKTools.HTMLDecode(htmlNode.innerHTML).replace(/fckLR/g,'\r\n') ) ;
        //stringBuilder.push( '</source>' ) ;
        stringBuilder.push( '</' + refTag + '>' ) ;
        return ;
</syntaxhighlight>
* extensions/FCKeditor/FCKeditorParser.body.php を以下のように修正
<syntaxhighlight lang="php">
        // NIJC:
        case 'syntaxhighlight':
                $params['syntaxhighlight'] = 'true';
                $output = $this->fck_wikiTag('source', $content, $params);
                break;
        case 'source':
                $output = $this->fck_wikiTag('source', $content, $params);
                break;
</syntaxhighlight>
 
= 2012年1月11日（水）=
=== FCKEditor で ref タグの中の pubmed タグがエスケープされてしまう ===
<pre>
使用前：<ref><pubmed>12345</pubmed></ref>
使用後：<ref>&amp;lt;pubmed&amp;gt;12345&amp;lt;/pubmed&amp;gt;</ref>
</pre>
* extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正
<syntaxhighlight lang="php">
case 'fck_mw_ref' :
        var refName = htmlNode.getAttribute( 'name' ) ;
 
        stringBuilder.push( '<ref' ) ;
 
        if ( refName && refName.length > 0 )
                stringBuilder.push( ' name="' + refName + '"' ) ;
 
        if ( htmlNode.innerHTML.length == 0 )
                stringBuilder.push( ' />' ) ;
        else
        {
                stringBuilder.push( '>' ) ;
                // NIJC:
                //stringBuilder.push( htmlNode.innerHTML ) ;
                var refInnerHTML = htmlNode.innerHTML.replace( /&lt;pubmed&gt;/g, '<pubmed>' ).replace( /&lt;\/pubmed&gt;/g, '</pubmed>' ) ;
                stringBuilder.push( refInnerHTML ) ;
                stringBuilder.push( '</ref>' ) ;
        }
        return ;
</syntaxhighlight>
 
= 2012年1月4日（水）=
=== SyntaxHighlight GeSHi の導入 ===
* http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:SyntaxHighlight_GeSHi のインストール
 
=== Pubmed プラグイン利用時に表示が遅い ===
* キャッシュ機能はキーワードを元に pubmed に問い合わせて得られた結果の pmid をキャッシュしているため，表示毎に<nowiki><pubmed>...</pubmed></nowiki>の数だけ通信が発生する．
* 対策として pubmed に問い合わせる前段階でキャッシュする機能を実装．
* extensions/Pubmed/entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php
<syntaxhighlight lang="php">
<?php
 
class entrez_eutils_nijc extends entrez_eutils_fcgi {
        // constructor
        function entrez_eutils_nijc() {
                parent::entrez_eutils_fcgi();
        }
 
        // override search2 method
        function search2($db, $term, $off=0, $limit=500) {
                global $wgPubmedCacheExpire;
                if (empty($this->_cache))
                        return parent::search2($db, $term, $off, $limit);
                $cache = new Cache();
                $cache->cachedir = $this->_cache;
                $filename = sprintf('esearch_%s', md5($term));
                $now = time();
                $expire = 604800; // 86400:1day, 604800:1 week
                if (isset($wgPubmedCacheExpire))
                        $expire = intval($wgPubmedCacheExpire);
                if ($cache->check($filename)) {
                        $data = $cache->load($filename);
                        if ($data['date'] + $expire >= $now)
                                return $data['value'];
                }
                $data = array(
                        'date' => $now,
                        'value' => parent::search2($db, $term, $off, $limit),
                );
                $cache->save($filename, $data);
                return $data['value'];
        }
}
</syntaxhighlight>
* extension/Pubmed/Pubmed.php
<syntaxhighlight lang="php">
require_once("entrez.cl/entrez_eutil.class.php");
// NIJC:
require_once("entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php");
include("layout.inc.php");
...
        // NIJC:
        //$ncbi = new entrez_eutils_fcgi();
        $ncbi = new entrez_eutils_nijc();
 
</syntaxhighlight>
* LocalSettings.php
<syntaxhighlight lang="php">
$wgPubmedCacheExpire = 604800; // 1week yo 12/1/4
</syntaxhighlight>
 
=== Pubmed 文献の参考文献の際，参照番号の右に著者を表示したい ===
* レイアウトテンプレートを修正
** extension/Pubmed/layouts/layout_ext.def
<pre>
<b>##Authors##</b>
<p style=" border:none; outset none; margin:0em; padding:0em; background-color:#fff;">
##Title## <br>
<i>##Journal##</i>: ##Year##, ##Volume##(##Issue##);##Pages## ##PMID## ##WORLDCAT## ##DOI## <br>
</p>
</pre>
 
= 2011年12月15日（木）=
=== ページ毎に meta タグに入れるキーワードを設定したい ===
* 前日に作った拡張 AddKeywordsMetaTag に [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:MetaKeywordsTag この機能] をマージ
<syntaxhighlight lang="php">
<?php
 
$wgExtensionCredits['other'][] = array(
  'name' => 'AddKeywordsMetaTag',
  'status' => 'Experimental',
  'author' => 'Yoshihiro OKUMURA',
  'version' => '2.0',
  'url' => 'http://www.neuroinf.jp/',
  'description' => 'Add keywords into meta tag',
);
$wgHooks['OutputPageBeforeHTML'][] = 'wfAddKeywordsMetaTag';
$wgExtensionFunctions[] = 'wfAddKeywordsMetaTagParserHooks';
function wfAddKeywordsMetaTagParserHooks() {
  global $wgParser, $wgMessageCache;
  $wgParser->setHook( 'keywords', 'wfAddKeywordsMetaTagRender' );
  $wgMessageCache->addMessage(
    'metakeywordstag-missing-content',
    'Error: &lt;keywords&gt; tag must contain a &quot;content&quot; attribute.'
  );
}
function wfAddKeywordsMetaTagRender($text, $params = array(), $parser) {
  // Short-circuit with error message if content is not specified.
  if (!isset($params['content'])) {
    return '<div class="errorbox">'.
          wfMsgForContent('metakeywordstag-missing-content').
          '</div>';
  }
  // Return encoded content
  return '<!-- META_KEYWORDS '.base64_encode($params['content']).' -->';
}
function wfAddKeywordsMetaTag(&$out, &$text) {
  global $wgTitle, $wgParser, $wgRequest, $action;
  if ($action !== 'edit' &&
      $action !== 'history' &&
      $action !== 'delete' &&
      $action !== 'watch') {
    // Mediawiki:Keywords
    $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, 'Keywords');
    $article = new Article($title);
    $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
    foreach ($keywords as $keyword)
      if (!empty($keyword))
        $out->addKeyword($keyword);
    $namespaces = array(NS_MAIN, NS_USER, NS_PROJECT, NS_MEDIAWIKI);
    foreach ($namespaces as $namespace) {
      // Mediawiki::Keywords-$namespace
      if ($wgTitle->getNamespace() === $namespace) {
        $page = sprintf('Keywords-%u', $namespace);
        $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, $page);
        $article = new Article($title);
        $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
        foreach ($keywords as $keyword)
          if (!empty($keyword))
            $out->addKeyword($keyword);
      }
    }
  }
  // part of MetaKeywordsTag.php
  if (preg_match_all('/<!-- META_KEYWORDS ([0-9a-zA-Z\\+\\/]+=*) -->/m', $text, $matches)) {
    $data = $matches[1];
    // Merge keyword data into OutputPage as meta tags
    foreach ($data aS $item) {
      $content = @base64_decode($item);
      $keywords = array_map('trim', explode(',', $content));
      foreach ($keywords as $keyword)
        if (!empty($keyword))
          $out->addKeyword($keyword);
    }
  }
  return true;
}
</syntaxhighlight>
 
= 2011年12月14日（水）=
=== FCKEditor を使うと図のキャプションが消える．===
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension_talk:FCKeditor_%28Official%29#disappearing_thumbnail_captions 参照]
<pre>
使用前 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb|テスト]]
使用後 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb]]
</pre>
* extensions/FCKeditor/FCKeditorSkin.body.php を上記を参考に以下のように修正
<syntaxhighlight lang="php">
// NIJC:
//if (isset($fp['alt']) && !empty($fp['alt']) && $fp['alt'] != "Image:" . $orginal) {
//        $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['alt'])."\" ";
if (isset($fp['caption']) && !empty($fp['caption']) && $fp['caption'] != "Image:" . $orginal) {
        $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['caption'])."\" ";
}
</syntaxhighlight>
 
=== keywords meta タグを入れたい ===
* extension/AddKeywordsMetaTag.php を作ってみた．
<syntaxhighlight lang="php">
<?php
 
$wgExtensionCredits['other'][] = array(
  'name' => 'AddKeywordsMetaTag',
  'status' => 'Experimental',
  'author' => 'Yoshihiro OKUMURA',
  'version' => '1.0',
  'url' => 'http://www.neuroinf.jp/',
  'description' => 'Mediawiki:Keywords ページの内容を keywords meta タグとして出力します．',
);
$wgHooks['OutputPageBeforeHTML'][] = 'wfAddKeywordsMetaTag';
function wfAddKeywordsMetaTag(&$out, &$text) {
global $wgTitle, $wgParser, $wgRequest, $action;
  if ($action !== 'edit' &&
      $action !== 'history' &&
      $action !== 'delete' &&
      $action !== 'watch') {
    // Mediawiki:Keywords
    $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, 'Keywords');
    $article = new Article($title);
    $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
    foreach ($keywords as $keyword)
      if (!empty($keyword))
        $out->addKeyword($keyword);
    $namespaces = array(NS_MAIN, NS_USER, NS_PROJECT, NS_MEDIAWIKI);
    foreach ($namespaces as $namespace) {
      // Mediawiki::Keywords-$namespace
      if ($wgTitle->getNamespace() === $namespace) {
        $page = sprintf('Keywords-%u', $namespace);
        $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, $page);
        $article = new Article($title);
        $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
        foreach ($keywords as $keyword)
          if (!empty($keyword))
            $out->addKeyword($keyword);
      }
    }
  }
  return true;
}
</syntaxhighlight>
 
= 2011年12月12日（月）=
=== FCKEditor を使うとwikipediaへのリンクが符号化される． ===
<pre>
使用前 [[wikipedia:jp:理化学研究所|理化学研究所]]
使用後 [[wikipedia:jp:%E7%90%86%E5%8C%96%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80|理化学研究所]]
</pre>
* extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正
<syntaxhighlight lang="javascript">
if (a.className == 'extiw')
{
        a.href = a.title ;
        // NIJC:
        // a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.href ) ;
        a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.title ) ;
}
</syntaxhighlight>
 
= 2011年12月7日（水）=
=== metaタグ index,follow の制御が効かない． ===
* 承認モジュール ApprovedRevs 由来の問題 [https://bugzilla.wikimedia.org/show_bug.cgi?id=29859 参考]
* includes/Article.php を以下のように修正
<syntaxhighlight lang="php">
// NIJC:
//if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() ) {
if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() == intval( @$_GET['oldid'] ) ) {
        # Non-articles (special pages etc), and old revisions
        return array( 'index'  => 'noindex',
                      'follow' => 'nofollow' );
} elseif ( $wgOut->isPrintable() ) {
</syntaxhighlight>
 
= 2011年6月15日 (水) =
== 設定変更 ==
* URLが http://www.bsd.neuroinf.jp/ でも接続できるように
* ドキュメントのライセンスを[http://creativecommons.org/licenses/by-nd/2.1/jp/ CC-BY-ND Japan]に変更
 
= 2011年6月7日 (火) =
 
== サーバ準備 ==
* ホスト名: bsd.neuroinf.jp (仮)
* OS: Linux CentOS 5.6 x86_64
 
== MediaWiki 導入 ==
* [http://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki MediaWiki] 1.16.5 インストール
** 言語は日本語(ja)を利用
** ドキュメントのライセンスを無難なセンで[http://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.1/jp/ CC-BY-SA Japan]に設定 (仮)
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Short_URL Short_URL] 設定
* ロゴ画像設置(仮)
** [http://www.iconfinder.com/icondetails/23662/128/accessories_dictionary_icon これ]をベースに文字を入れ替えたものに
<syntaxhighlight lang="php">
$wgLogo            = "$wgScriptPath/images/BSD-Logo.png";
</syntaxhighlight>
* 画像アップロードの設定
<syntaxhighlight lang="php">
$wgEnableUploads      = true;
$wgUploadPath          = "{$wgScriptPath}/images";
$wgUploadDirectory    = "{$IP}/images";
$wgUseImageMagick      = true;
$wgImageMagickConvertCommand = "/usr/bin/convert";
</syntaxhighlight>
* 数式への対応
** [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Running_MediaWiki_on_Fedora このあたり]を参考に
<syntaxhighlight lang="php">
$wgUseTeX          = true;
$wgTexvc            = "/usr/bin/texvc116";
$wgMathPath        = "{$wgUploadPath}/math";
$wgMathDirectory    = "{$wgUploadDirectory}/math";
$wgTmpDirectory    = "{$wgUploadDirectory}/tmp";
</syntaxhighlight>
* 匿名ユーザの「新規アカウント作成」と「ページの編集」はとりあえず無効に
<syntaxhighlight lang="php">
$wgGroupPermissions['*']['createaccount'] = false;
$wgGroupPermissions['*']['edit'] = false;
</syntaxhighlight>
 
== UMIN の既存データの複製 ==
* https://center3.umin.ac.jp/umin-wiki/mw_bsd/index.php/メインページ のデータをこのサイトへ貼り付け
 
== TODO ==
* Extensions の選定と設置
** Youtube 等の動画貼り付け
** 査読
** 等々

2020年3月31日 (火) 15:18時点における最新版

351-0198　埼玉県和光市広沢２−１

国立研究開発法人理化学研究所脳神経科学研究センター 　

神経情報基盤開発ユニット

システム担当：今泉，奥村

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