「Gastrulation brain homeoboxファミリー」の版間の差分
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==Gastrulation brain homeoboxファミリーとは== | ==Gastrulation brain homeoboxファミリーとは== | ||
''[[Antp]]''クラスに分類される[[ホメオボックス遺伝子]]群の一つで<ref name=Holland2005><pubmed>16144637</pubmed></ref><ref name=Pollard2000><pubmed>10996074</pubmed></ref>、[[無脊椎動物]]、[[脊椎動物]]を問わず[[動物界]]に広く存在する('''表1''')。名称は、[[原腸形成]](gastrulation)期の[[アフリカツメガエル]]胚および発生初期の[[マウス]][[脳]]に発現が認められたことに由来する<ref name=Bulfone1993><pubmed>7687285</pubmed></ref><ref name=Frohman>'''Frohman, M.A.''' ''Personal communication.''</ref>。 | ''[[Antp]]''クラスに分類される[[ホメオボックス遺伝子]]群の一つで<ref name=Holland2005><pubmed>16144637</pubmed></ref><ref name=Pollard2000><pubmed>10996074</pubmed></ref>、[[無脊椎動物]]、[[脊椎動物]]を問わず[[動物界]]に広く存在する('''表1''')。名称は、[[原腸形成]](gastrulation)期の[[アフリカツメガエル]]胚および発生初期の[[マウス]][[脳]]に発現が認められたことに由来する<ref name=Bulfone1993><pubmed>7687285</pubmed></ref><ref name=Frohman>'''Frohman, M.A.'''''Personal communication.''</ref>。 | ||
[[縮重プライマー]]を用いた[[PCR]]により新たな''Hox'' | [[縮重プライマー]]を用いた[[PCR]]により新たな[[Hox型ホメオボックス遺伝子|''Hox''型ホメオボックス遺伝子]]の同定検索の過程で同定された。脊椎動物では二つのパラログ遺伝子、''[[Gbx1]]''と''[[Gbx2]]''が知られており、多くの種で原腸形成以降様々な領域で発現するが、特に脳で顕著である。研究の初期では、脊椎動物胚での[[中脳後脳境界]][[midbrain–hindbrain boundary]] ([[MHB]])の決定と[[峡部]]形成、[[中脳]]・[[小脳]]を誘導する[[オーガナイザー]]活性との関わりから注目を浴びたが、[[中枢神経系]]の発生を始めとして多様な局面で役割が明らかになりつつある。 | ||
なお、最初に報告されたのは[[ニワトリ]]''Gbx1''であり、当初''[[Chox7]]''<ref name=Fainsod1989><pubmed>2473919</pubmed></ref>と呼ばれ、引き続いてマウスでは''[[MMoxB]]''と命名された<ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref>。一方、''Gbx2''は、同定時には''[[MMoxA]]''<ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref>あるいは''[[Stra7]]''<ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref>と呼ばれていた。 | なお、最初に報告されたのは[[ニワトリ]]''Gbx1''であり、当初''[[Chox7]]''<ref name=Fainsod1989><pubmed>2473919</pubmed></ref>と呼ばれ、引き続いてマウスでは''[[MMoxB]]''と命名された<ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref>。一方、''Gbx2''は、同定時には''[[MMoxA]]''<ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref>あるいは''[[Stra7]]''<ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref>と呼ばれていた。 | ||
これまで、''Gbx1''、''Gbx2'' | これまで、''Gbx1''、''Gbx2''についてはヒトおよび主だった[[モデル動物|モデル脊椎動物]]で初期の研究が行われた('''表1''')。さらに、原始的脊椎動物である[[無顎類]]、脊椎動物と同じく[[脊索動物]]に属する[[頭索類]]<ref name=Holland2005><pubmed>16144637</pubmed></ref>、そして脊索動物とともに[[後口動物]]とされる[[半索動物]]<ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref><ref name=Lowe2003><pubmed>12837244</pubmed></ref>と[[棘皮動物]]<ref name=Mito1997><pubmed>9299226</pubmed></ref><ref name=Morris1997><pubmed>9409777</pubmed></ref>でも見出された。また、[[前後軸]]を持つ[[多細胞動物]]のもう一つの主要系統である[[前口動物]]でも、[[節足動物]]([[ショウジョウバエ]])(''[[unplugged]]'',''[[unpg]]'')<ref name=Chiang1995></ref>、[[軟体動物]]<ref name=Mesías-Gansbiller2012><pubmed>22245384</pubmed></ref><ref name=Focareta2014><pubmed>25286399</pubmed></ref><ref name=Wollesen2017><pubmed>28710480</pubmed></ref>、[[環形動物]]で同定された<ref name=Lee2003><pubmed>12718333</pubmed></ref><ref name=Steinmetz2011><pubmed>21210944</pubmed></ref>。さらに近年、[[左右相称動物]]のみならず、[[放射相称動物]]である[[刺胞動物]]でも存在が知られるようになった<ref name=He2023><pubmed>37315559</pubmed></ref>。なお、これら無脊椎動物では''Gbx1''と''Gbx2''への[[遺伝子重複]]は確認されていない('''表1''')。意外なことに、脊椎動物に最も近縁とされ、原始的形質を保持する脊索動物の[[尾索類]]([[ホヤ]]、''[[Ciona]]'')のゲノムでは見出されておらず<ref name=Wada2003><pubmed>12736825</pubmed></ref>、この系統では二次的に喪失したと考えられる。 | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+ 表1.動物界における ''Gbx'' 遺伝子の分布 | |+ 表1.動物界における''Gbx''遺伝子の分布 | ||
! 対称性 !! 大グループ !! 門 !! 遺伝子 !! 種名(一般名と学名)<ref group=" | ! 対称性 !! 大グループ !! 門 !! 遺伝子 !! 種名(一般名と学名)<ref group="脚注1 -">''Gbx''遺伝子の存在と配列が記載された主要動物群。ただし、モデル動物を除いてPCRによる同定のみのものが多い。</ref> !! 出典 | ||
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| 放射相称動物 || || 刺胞動物 || ''Gbx'' || [[イソギンチャクモドキ]](''Nematostella vectensis'') || <ref name=He2023><pubmed>37315559</pubmed></ref> | | 放射相称動物 || || 刺胞動物 ||''Gbx''|| [[イソギンチャクモドキ]](''Nematostella vectensis'') || <ref name=He2023><pubmed>37315559</pubmed></ref> | ||
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|rowspan="9"| 左右相称動物 ||rowspan="3"| 前口動物 || 節足動物 || ''Gbx'' || [[キイロショウジョウバエ]](''Drosophila melanogaster'') || <ref name=Chiang1995><pubmed>8582298</pubmed></ref> | |rowspan="9"| 左右相称動物 ||rowspan="3"| 前口動物 || 節足動物 ||''Gbx''|| [[キイロショウジョウバエ]](''Drosophila melanogaster'') || <ref name=Chiang1995><pubmed>8582298</pubmed></ref> | ||
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|軟体動物 || ''Gbx'' || 二枚貝類(5種)、[[ヒザラガイ]](''[[Acanthochitona crinita]]'')、[[サンゴノヒモ]](''[[Wirenia argentea]]'')、[[カリフォルニアヤリイカ]](''[[Loligo opalescens]]'')、[[ヨーロッパコウイカ]](''[[Sepia officinalis]]'')|| <ref name=Focareta2014><pubmed>25286399</pubmed></ref><ref name=Lee2003><pubmed>12718333</pubmed></ref><ref name=Mesias-Gansbiller2012><pubmed>22245384</pubmed></ref><ref name=Wollesen2017><pubmed>28710480</pubmed></ref> | |軟体動物 ||''Gbx''|| 二枚貝類(5種)、[[ヒザラガイ]](''[[Acanthochitona crinita]]'')、[[サンゴノヒモ]](''[[Wirenia argentea]]'')、[[カリフォルニアヤリイカ]](''[[Loligo opalescens]]'')、[[ヨーロッパコウイカ]](''[[Sepia officinalis]]'')|| <ref name=Focareta2014><pubmed>25286399</pubmed></ref><ref name=Lee2003><pubmed>12718333</pubmed></ref><ref name=Mesias-Gansbiller2012><pubmed>22245384</pubmed></ref><ref name=Wollesen2017><pubmed>28710480</pubmed></ref> | ||
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|環形動物 || ''Gbx'' || [[ユムシ]](''[[Urechis caupo]]'')、[[ツリミミズ]](''[[Lumbricus sp.]]'')、[[イソツルヒゲゴカイ]](''[[Platynereis dumerilii]]'') || <ref name=Lee2003><pubmed>12718333</pubmed></ref><ref name=Steinmetz2011><pubmed>21210944</pubmed></ref> | |環形動物 ||''Gbx''|| [[ユムシ]](''[[Urechis caupo]]'')、[[ツリミミズ]](''[[Lumbricus sp.]]'')、[[イソツルヒゲゴカイ]](''[[Platynereis dumerilii]]'') || <ref name=Lee2003><pubmed>12718333</pubmed></ref><ref name=Steinmetz2011><pubmed>21210944</pubmed></ref> | ||
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|rowspan="6" | 後口動物 || [[棘皮動物]] || ''Gbx'' || [[ウニ]]の一種(''[[Holopneustes purpurescens]]'')、[[ヒトデ]]の一種(''[[Asterina minor]]'') || <ref name=Mito1997><pubmed>9299226</pubmed></ref><ref name=Morris1997><pubmed>9409777</pubmed></ref> | |rowspan="6" | 後口動物 || [[棘皮動物]] ||''Gbx''|| [[ウニ]]の一種(''[[Holopneustes purpurescens]]'')、[[ヒトデ]]の一種(''[[Asterina minor]]'') || <ref name=Mito1997><pubmed>9299226</pubmed></ref><ref name=Morris1997><pubmed>9409777</pubmed></ref> | ||
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|半索動物 || ''Gbx'' || [[ギボシムシ]](''Saccoglossus kowalevskii'') || <ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref><ref name=Lowe2003><pubmed>12837244</pubmed></ref> | |半索動物 ||''Gbx''|| [[ギボシムシ]](''Saccoglossus kowalevskii'') || <ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref><ref name=Lowe2003><pubmed>12837244</pubmed></ref> | ||
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|頭索動物 || ''Gbx'' || [[ナメクジウオ]](''Branchiostoma floridae'') || <ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref><ref name=Holland2005><pubmed>16144637</pubmed></ref> | |頭索動物 ||''Gbx''|| [[ナメクジウオ]](''Branchiostoma floridae'') || <ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref><ref name=Holland2005><pubmed>16144637</pubmed></ref> | ||
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|rowspan="3"|脊椎動物|| ''Gbx'' || [[ヤツメウナギ]](''Petromyzon marinus'') || <ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref> | |rowspan="3"|脊椎動物||''Gbx''|| [[ヤツメウナギ]](''Petromyzon marinus'') || <ref name=Bouillet1995><pubmed>8601031</pubmed></ref> | ||
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|''Gbx1''<ref group=" | |''Gbx1''<ref group="脚注1 -">''Xenopus''の''gbx1''については現時点ではゲノム配列からの予測に留まっている(2026年3月時点)。</ref> || [[ヒト]](''Homo sapiens'')、[[マウス]](''Mus musculus'')、[[ニワトリ]](''Gallus gallus'') || ヒト<ref name=Matsui1993a><pubmed>8097731</pubmed></ref>、マウス<ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref><ref name=Waters2003><pubmed>12799077</pubmed></ref>、ニワトリ<ref name=Fainsod1989><pubmed>2473919</pubmed></ref><ref name=Obinata2001><pubmed>11162634</pubmed></ref>、[[ゼブラフィッシュ]]<ref name=Kikuta2003><pubmed>14579382</pubmed></ref><ref name=Rhinn2003><pubmed>12963112</pubmed></ref> | ||
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|''Gbx2'' || ヒト、マウス、ニワトリ、[[アフリカツメガエル]](''Xenopus laevis'')、ゼブラフィッシュ(''Danio rerio'') ||ヒト<ref name=Chapman1995><pubmed>7758585</pubmed></ref><ref name=Lin1996><pubmed>8838315</pubmed></ref><ref name=Matsui1993b><pubmed> 7903253 </pubmed></ref>、マウス<ref name=Bulfone1993><pubmed>7687285</pubmed></ref><ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref>、ニワトリ<ref name=Kowenz-Leutz1997><pubmed>9346236</pubmed></ref><ref name=Niss1998><pubmed>9767154</pubmed></ref>、アフリカツメガエル<ref name=von_Bubnoff1996><pubmed>8652408</pubmed></ref><ref name=Tour2001><pubmed>11684099</pubmed></ref>、ゼブラフィッシュ<ref name=Kikuta2003><pubmed>14579382</pubmed></ref><ref name=Rhinn2003><pubmed>12963112</pubmed></ref><ref name=Su2002></ref> | |''Gbx2''|| ヒト、マウス、ニワトリ、[[アフリカツメガエル]](''Xenopus laevis'')、ゼブラフィッシュ(''Danio rerio'') ||ヒト<ref name=Chapman1995><pubmed>7758585</pubmed></ref><ref name=Lin1996><pubmed>8838315</pubmed></ref><ref name=Matsui1993b><pubmed> 7903253 </pubmed></ref>、マウス<ref name=Bulfone1993><pubmed>7687285</pubmed></ref><ref name=Murtha1991><pubmed>1720547</pubmed></ref>、ニワトリ<ref name=Kowenz-Leutz1997><pubmed>9346236</pubmed></ref><ref name=Niss1998><pubmed>9767154</pubmed></ref>、アフリカツメガエル<ref name=von_Bubnoff1996><pubmed>8652408</pubmed></ref><ref name=Tour2001><pubmed>11684099</pubmed></ref>、ゼブラフィッシュ<ref name=Kikuta2003><pubmed>14579382</pubmed></ref><ref name=Rhinn2003><pubmed>12963112</pubmed></ref><ref name=Su2002></ref> | ||
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<references group=" | <references group="脚注1 -" /> | ||
[[ファイル:Yamasu Gbx family Fig1.jpg|サムネイル|'''図1. Gbxタンパク質の構造と保存配列'''<br>'''A.''' Gbxタンパク質の構造の模式図。代表としてヒトGBX1とGBX2について、アミノ酸の位置を下に示す。CD1配列と非保存領域配列の範囲はGBX2についてのみ上に直線で示されている。<br>'''B.''' 脊椎動物のGbx2とGbx1、ショウジョウバエのUnpgとAntp各々のホメオドメインのアラインメント。<br>'''C.''' Gbx2とGbx1のNCR配列のアラインメント。典型的なPro-rich配列はGbx2のみだが、Pro-rich様配列(下線部)がGbx2とGbx1の両者で見られる。<br>'''D.''' Gbx2とGbx1のCD3配列のアラインメント。 h, m, z;各々ヒト、マウス、ゼブラフィッシュを示す。右に最上段の配列との一致度(%)を示す。ただし、非保存領域についてはGbx2で見られるN末側のPro-rich配列を考慮していない。]] | [[ファイル:Yamasu Gbx family Fig1.jpg|サムネイル|'''図1. Gbxタンパク質の構造と保存配列'''<br>'''A.'''Gbxタンパク質の構造の模式図。代表としてヒトGBX1とGBX2について、アミノ酸の位置を下に示す。CD1配列と非保存領域配列の範囲はGBX2についてのみ上に直線で示されている。<br>'''B.'''脊椎動物のGbx2とGbx1、ショウジョウバエのUnpgとAntp各々のホメオドメインのアラインメント。<br>'''C.'''Gbx2とGbx1のNCR配列のアラインメント。典型的なPro-rich配列はGbx2のみだが、Pro-rich様配列(下線部)がGbx2とGbx1の両者で見られる。<br>'''D.'''Gbx2とGbx1のCD3配列のアラインメント。 h, m, z;各々ヒト、マウス、ゼブラフィッシュを示す。右に最上段の配列との一致度(%)を示す。ただし、非保存領域についてはGbx2で見られるN末側のPro-rich配列を考慮していない。]] | ||
== 構造== | == 構造== | ||