「時計遺伝子」の版間の差分

　時計遺伝子は[[概日リズム]]生成の分子メカニズム関わる一群の遺伝子を指す。概日リズムは約24時間周期の生物リズムであり、以下の3つの特徴的な性質を示す<ref name=田澤2009>'''田澤 仁 (2009).'''<br>マメから生まれた生物時計―エルヴィン・ビュニングの物語、学会出版センター</ref> (1)。

　概日リズムの周期長などの性質は遺伝することから、概日リズムを生み出す仕組みは遺伝子によって規定されていると考えられた<ref name=田澤2009 /> (1)。1971年に[[ショウジョウバエ]]の概日リズム変異体[[period]] ([[per]])が報告され、その後、[[アカパンカビ]]の[[frequency]] ([[frq]]) 変異体、[[ハムスター]]の[[tau]]変異体、[[マウス]]の[[Clock]]変異体、[[シアノバクテリア]]の[[kai]]変異体群が報告された<ref name=岡村2004>'''岡村 均, 深田 吉孝 (2004).'''<br>時計遺伝子の分子生物学、シュプリンガーフェアラーク東京 </ref> (2)。そして、1984年にショウジョウバエper遺伝子がクローニングされ、続いて概日リズム変異体の原因遺伝子が続々と明らかになった<ref name=岡村2004/><ref name=海老原2012>'''海老原 史樹文, 吉村 崇 (2012).'''<br>時間生物学 化学同人.</ref> (2,3)。そのため、時計遺伝子という用語は、[[順遺伝学]]的な手法から概日リズム変異体の原因遺伝子が同定された際に、その原因遺伝子を指すために元々は使用された。

　その後、分子生物学的に概日リズムの生成に関与する遺伝子が数多く同定されたため、これら遺伝子を広義の時計遺伝子として扱うことがある<ref name=日本時間生物学会> [https://chronobiology.jp/TechnicalTerms.html 日本時間生物学会 時間生物学用語集]</ref> (4)。また、概日性の周期で発現リズムを示す遺伝子をccg (clock-controlled gene)と呼ぶこともある。

　時計遺伝子は、狭義では概日リズムを生成する仕組みのうち、[[振動体]]を構成する要素を指すという考え方がある<ref name=日本時間生物学会 /><ref name=Aronson1994><pubmed>8128244</pubmed></ref>(4,5)。概日リズムは概日振動体によって生み出され、出力系を介して生理的な表出リズム(overt rhythm)として観察される<ref name= Dunlap2003> Jay C. Dunlap, Jennifer J. Loros, Patricia J. Decoursey. (2003)<br>Chronobiology: Biological Timekeeping, Sinauer Associates Inc.</ref><ref name=Eskin1979><pubmed>499572</pubmed></ref>(6,7)。そのため、表出リズムを消失させる要因としては、振動体の構成要素が障害された場合と、出力系が障害された場合が考えられる。ある因子が振動体を構成する要素であるか否かは、以下のような検証によって確認することができる<ref name=Aronson1994><pubmed>8128244</pubmed></ref>(5)。

[[ファイル:Kon clock genes Fig.png|サムネイル|'''図. 転写翻訳を介したフィードバックループ'''<br>[[bHLH-PAS型転写因子]]CLOCK(あるいは[[Neuronal PAS Domain Protein 2]] ([[NPAS2]]))は[[Basic Helix-Loop-Helix ARNT Like 1]] ([[BMAL1]])とヘテロ二量体を形成し、[[E-box]]と呼ばれる[[DNAシスエレメント]]を介してPerや[[Cry]]遺伝子の転写を活性化する。翻訳されたPERやCRYタンパク質は複合体を形成し、細胞質から核に移行してCLOCK-BMAL1の転写活性化を抑制する。その結果、PerやCry遺伝子の発現レベルは概日リズムを示す。文献<ref>'''金 尚宏, 深田 吉孝 (2019).'''<br>生物時計と体のリズム. 学術の動向 24, 8-19</ref>44を元に改変)。]]

　[[哺乳類]]において、大部分の遺伝子発現リズムおよび生理リズムは、主に4種類の因子によって形成される転写翻訳フィードバックループ (transcription-translation feedback loop, TTFL)によって生み出されている<ref name=田澤2009 /><ref name=岡村2004/><ref name=海老原2012 /> (1-3)。4種類の因子とは、

　これらの遺伝子産物は遺伝的冗長性があるものが多く、PERはPer1, Per2およびPer3遺伝子、CRYはCry1およびCry2遺伝子、class I bHLH-PAS型転写因子はClockおよびNpas2遺伝子、class II bHLH-PAS型転写因子はBmal1 およびBmal2遺伝子にコードされている<ref name=田澤2009 /><ref name=岡村2004/><ref name=海老原2012 /> (1-3)。CLOCK(あるいはNPAS2)はBMAL1とヘテロ二量体を形成し、E-boxと呼ばれるDNAシスエレメントを介して[[Per1]]/[[Per2|2]]や[[Cry1]]/[[Cry2|2]]遺伝子の転写を活性化する。翻訳されたPER1/2やCRY1/2タンパク質は複合体を形成し、[[細胞質]]から[[核]]に移行してCLOCK-BMAL1の転写活性化を抑制する。その結果、Per1/2やCry1/2遺伝子の発現レベルは概日リズムを示す ('''図''')。これらの4因子による転写翻訳フィードバック機構をコアループと呼ぶ。

　Per1/2二重欠損マウス、Cry1/2二重欠損マウス、Clock/Npas2二重欠損マウス、あるいはBmal1欠損マウスは、行動リズムの消失や遺伝子発現リズムの消失が引き起こされる<ref name=Bunger2000><pubmed>11163178</pubmed></ref><ref name=Zheng2001><pubmed>11389837</pubmed></ref><ref name=DeBruyne2007><pubmed>17417633</pubmed></ref><ref name=vanderHorst1999><pubmed>10217146</pubmed></ref>(8-11)。そのため、これら因子は概日性の生理リズムを生成する必須因子である。転写を介した[[フィードバックループ]]は[[動物]]、[[菌類]]、[[植物]]において遺伝子発現リズムを生成するメカニズムとして共通している。一方、これらの生物系統の間で、概日リズムの生成に関わる転写関連因子の配列相同性は限定的であるため、転写を介したフィードバックループは各生物界で独立に進化したと考えられている<ref name=岡村2004/> (2)。

# ROR-response element (RORE)配列を介したBmal1遺伝子の制御<br>[[視交叉上核]]において主観的夜 (circadian time 16; CT16)に発現ピークを示すBmal1などの遺伝子の上流にはRORE配列が存在する<ref name=Ueda2002><pubmed>12152080</pubmed></ref><ref name=Ueda2005><pubmed>15665827</pubmed></ref>(12,13)。RORE配列には転写抑制因子としてREV-ERBαおよび[[REV-ERBβ]]、転写活性化因子として[[RAR Related Orphan Receptorα|RAR Related Orphan Receptor (ROR)α]]、[[RORβ]]、[[RORγ]]が作用することが報告されている。

# D-boxを介したPer1/2遺伝子の制御<br>Per1/2遺伝子の上流には[[D-box]]が存在する。D-boxには[[転写抑制因子]]として[[E4 promoter Binding Protein 4]] ([[E4BP4]])、[[転写活性化因子]]として[[D-Box Binding PAR BZIP Transcription Factor]] ([[DBP]]), [[Hepatic leukemia factor]] ([[HLF]]), [[Thyrotroph embryonic factor]] ([[TEF]])が結合することが報告されている<ref name=Ueda2005 /><ref name=Mitsui2001><pubmed>11316793</pubmed></ref>(13,14)。

# 転写因子[[Deleted in esophageal cancer]] (DEC)1/2によるE-box配列の制御<br>上記のCLOCK-BMAL1による制御に加え、E-boxには転写抑制因子として[[DEC1]]/[[DEC2|2]]が結合することが報告されている<ref name=Ueda2005 /><ref name=Honma2002><pubmed>12397359</pubmed></ref> (13,15)。

　転写を介したフィードバックループが概日性の遺伝子発現リズムを生み出す基本骨格であることは広く受け入れられているが<ref name=田澤2009 /><ref name=岡村2004/><ref name=海老原2012 /> (1-3)、動物においてその仕組みが概日性の振動体を構成するか否かに関しては、上記の『[[時計遺伝子#概日振動体の構成要素|概日振動体の構成要素]]』'''1-5.'''の基準において、実験的な検証と議論が続いている<ref name=Lakin-Thomas2006><pubmed>16603673</pubmed></ref>(16)。基準'''5.'''に関して、概日リズムに関わる転写関連因子を一定に発現した場合に、表出リズムが消失するか否かの検証実験が報告されている。ショウジョウバエにおいて、per遺伝子を欠損した個体において、per遺伝子を一定に発現させて遺伝子補完を行った場合でも、行動リズムは観察される<ref name=Yang2001><pubmed>11239435</pubmed></ref>(17)。また、哺乳類の細胞においてCRY1/2タンパク質を一定に発現させたり、あるいは[[ラット]]においてPer1 [[mRNA]]を一定に発現させても、概日リズムは観察される<ref name=Fan2007><pubmed>17583506</pubmed></ref><ref name=Numano2006><pubmed>16537451</pubmed></ref>(18, 19)。

　2011年、[[ヒト]][[赤血球]]において[[ペルオキシレドキシン]]というタンパク質の酸化還元状態が概日リズムを示すことが報告された<ref name=ONeill2011><pubmed>21270888</pubmed></ref>(20)。赤血球には核がないため、本報告は転写を介したフィードバックループに依存しない振動機構が存在することを示唆するものであった。その後、Cry1/2欠損やPer1/2欠損、Bmal1欠損マウスにおいても、細胞レベルにおいては遺伝子やタンパク質の発現リズムが観察されることが報告されている<ref name=Ono2013><pubmed>23575670</pubmed></ref><ref name=Maywood2013><pubmed>23690615</pubmed></ref><ref name=Ko2010><pubmed>20967239</pubmed></ref><ref name=Ray2020><pubmed>32054765</pubmed></ref>(21-24)。

　ハムスターの行動リズムの短周期化を引き起こすtau変異の原因遺伝子として、[[カゼインキナーゼ]]1ε([[カゼインキナーゼ|CK1ε]])が報告されている<ref name=Lowrey2000><pubmed>10775102</pubmed></ref>(25)。CK1εは[[カゼインキナーゼ|CK1δ]]とともに、概日リズムの周期制御や温度補償性に関わり、CK1ε/δの低分子阻害剤は培養細胞における転写リズムの周期を延長する(26)。CK1ε/δのin vitroの基質としては、PER2がよく解析されている<ref name=Lowrey2000 /><ref name=Isojima2009><pubmed>19805222</pubmed></ref> (25,26)。 また、CK1εによるPER2のリン酸化は、[[ユビキチンE3リガーゼ]] [[β-transducin repeat containing]] ([[β-TrCP]]) に認識され、PER2は[[ユビキチン化]]された後に[[プロテアソーム]]によって分解される<ref name=田澤2009 /><ref name=岡村2004/><ref name=海老原2012 /> (1-3)。

　CRYタンパク質レベルは[[ユビキチンリガーゼ]][[F-box/LRR-repeat protein 3]] ([[FBXL3]])や[[F-box and leucine rich repeat protein 21]] ([[FBXL21]])により制御されている<ref name=Hirano2013><pubmed>23452856</pubmed></ref><ref name=Yoo2013><pubmed>23452855</pubmed></ref>(27,28)。FBXL3の欠損マウスは約28時間の行動リズムを示し、FBXL3とFBXL21の二重欠損マウスは行動リズムが消失する。

　[[Casein Kinase 2]] (CK2) はショウジョウバエにおいて、長周期性を示す変異体として同定され<ref name=Lin2002><pubmed>12447397</pubmed></ref>(29)、哺乳類の培養細胞においてもリズム周期や振幅の制御に関わることが報告されている<ref name=Tamaru2009><pubmed>19330005</pubmed></ref><ref name=Tsuchiya2009><pubmed>19491384</pubmed></ref> (30,31)。CK2の基質としては、BMAL1やPER2が報告されている。

　[[Glycogen synthase kinase 3]] ([[GSK3]]) の活性抑制によりショウジョウバエの行動リズムは長周期化し<ref name=Martinek2001><pubmed>11440719</pubmed></ref>(32)、Gsk3βヘテロ欠損マウスも行動リズムが長周期となる(33)。GSK3βの基質としては、PER2や[[REV-ERBα]]などが報告されている<ref name=Martinek2001><pubmed>11440719</pubmed></ref><ref name=Lavoie2013><pubmed>23919927</pubmed></ref><ref name=Yin2006><pubmed>16484495</pubmed></ref>(32-34)。

　[[Ca2+/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼII|Ca²⁺/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼII]] ([[CaMKII]])は哺乳類の細胞において転写リズムの振幅制御および温度補償性に関わり、[[CaMKIIα]]のキナーゼ活性欠失マウスにおいては行動リズムの長周期化やリズム消失が観察される<ref name=Kon2014><pubmed>24831701</pubmed></ref>(35)。CaMKIIの基質としては[[サイクリックAMP応答配列結合タンパク質]] ([[cAMP response element binding protein]], [[CREB]])やCLOCKが報告されている<ref name=Kon2014><pubmed>24831701</pubmed></ref><ref name=Yokota2001><pubmed>11299324</pubmed></ref>(35,36)。

　転写を介したフィードバックループを構成する転写関連因子は動物界、菌界、植物界で異なるのに対し、CK1やCK2, GSK-3β、CaMKIIなどの[[リン酸化酵素]]は[[真核生物]]で生物界を超えて役割が保存されている<ref name=O'Neill2011><pubmed>21270895</pubmed></ref><ref name=Uehara2019><pubmed>31097584</pubmed></ref><ref name=Mehra2009><pubmed>19450520</pubmed></ref><ref name=Wang2021><pubmed>34182778</pubmed></ref><ref name=Kon2021><pubmed>33931447</pubmed></ref>(37-41)。

　原核生物である[[シアノバクテリア]]では、概日振動体は[[Kaiタンパク質]]群によって形成される<ref name=岡村2004/><ref name=海老原2012 /> (2,3)。シアノバクテリアは恒暗条件では[[光合成]]が抑制されるため[[転写]]・[[翻訳]]を含めた細胞内の様々な活性が著しく低下するが、このように転写がほとんど起こらない恒暗条件においても[[KaiC]]タンパク質のリン酸化リズムは安定に継続する<ref name=Tomita2005><pubmed>15550625</pubmed></ref>(42)。さらに、精製した[[KaiA]], [[KaiB]] およびKaiCタンパク質を[[ATP]]と共に混合することにより、KaiCタンパク質のリン酸化リズムを試験管内で再構成できることが示されている<ref name=Nakajima2005><pubmed>15831759</pubmed></ref>(43)。