2012年1月4日（水）

Pubmed プラグイン利用時に表示が遅い

キャッシュ機能はキーワードを元に pubmed に問い合わせて得られた結果の pmid をキャッシュしているため，表示毎に<pubmed>...</pubmed>の数だけ通信が発生する．
対策として pubmed に問い合わせる前段階でキャッシュする機能を実装．
extensions/Pubmed/entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php

<?php

class entrez_eutils_nijc extends entrez_eutils_fcgi {
        // constructor
        function entrez_eutils_nijc() {
                parent::entrez_eutils_fcgi();
        }

        // override search2 method
        function search2($db, $term, $off=0, $limit=500) {
                global $wgPubmedCacheExpire;
                if (empty($this->_cache))
                        return parent::search2($db, $term, $off, $limit);
                $cache = new Cache();
                $cache->cachedir = $this->_cache;
                $filename = sprintf('esearch_%s', md5($term));
                $now = time();
                $expire = 604800; // 86400:1day, 604800:1 week
                if (isset($wgPubmedCacheExpire))
                        $expire = intval($wgPubmedCacheExpire);
                if ($cache->check($filename)) {
                        $data = $cache->load($filename);
                        if ($data['date'] + $expire >= $now)
                                return $data['value'];
                }
                $data = array(
                        'date' => $now,
                        'value' => parent::search2($db, $term, $off, $limit),
                );
                $cache->save($filename, $data);
                return $data['value'];
        }
}

extension/Pubmed/Pubmed.php

require_once("entrez.cl/entrez_eutil.class.php");
// NIJC:
require_once("entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php");
include("layout.inc.php");
...
        // NIJC:
        //$ncbi = new entrez_eutils_fcgi();
        $ncbi = new entrez_eutils_nijc();

LocalSettings.php

$wgPubmedCacheExpire = 604800; // 1week yo 12/1/4

Pubmed 文献の参考文献の際，参照番号の右に著者を表示したい

レイアウトテンプレートを修正
- extension/Pubmed/layouts/layout_ext.def

<b>##Authors##</b>
<p style=" border:none; outset none; margin:0em; padding:0em; background-color:#fff;">
##Title## <br>
<i>##Journal##</i>: ##Year##, ##Volume##(##Issue##);##Pages## ##PMID## ##WORLDCAT## ##DOI## <br>
</p>

2011年12月15日（木）

ページ毎に meta タグに入れるキーワードを設定したい

前日に作った拡張 AddKeywordsMetaTag にこの機能をマージ

<?php

$wgExtensionCredits['other'][] = array( 
  'name' => 'AddKeywordsMetaTag', 
  'status' => 'Experimental',
  'author' => 'Yoshihiro OKUMURA',
  'version' => '2.0',
  'url' => 'http://www.neuroinf.jp/',
  'description' => 'Add keywords into meta tag',
);
$wgHooks['OutputPageBeforeHTML'][] = 'wfAddKeywordsMetaTag';
$wgExtensionFunctions[] = 'wfAddKeywordsMetaTagParserHooks';
 
function wfAddKeywordsMetaTagParserHooks() {
  global $wgParser, $wgMessageCache;
  $wgParser->setHook( 'keywords', 'wfAddKeywordsMetaTagRender' );
  $wgMessageCache->addMessage(
    'metakeywordstag-missing-content', 
    'Error: <keywords> tag must contain a "content" attribute.'
  );
}
 
function wfAddKeywordsMetaTagRender($text, $params = array(), $parser) {
  // Short-circuit with error message if content is not specified.
  if (!isset($params['content'])) {
    return '<div class="errorbox">'.
           wfMsgForContent('metakeywordstag-missing-content').
           '</div>';
  }
  // Return encoded content
  return '<!-- META_KEYWORDS '.base64_encode($params['content']).' -->';
}
 
function wfAddKeywordsMetaTag(&$out, &$text) {
  global $wgTitle, $wgParser, $wgRequest, $action;
  if ($action !== 'edit' &&
      $action !== 'history' &&
      $action !== 'delete' &&
      $action !== 'watch') {
    // Mediawiki:Keywords
    $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, 'Keywords');
    $article = new Article($title);
    $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
    foreach ($keywords as $keyword) 
      if (!empty($keyword))
        $out->addKeyword($keyword);
    $namespaces = array(NS_MAIN, NS_USER, NS_PROJECT, NS_MEDIAWIKI);
    foreach ($namespaces as $namespace) {
      // Mediawiki::Keywords-$namespace
      if ($wgTitle->getNamespace() === $namespace) {
        $page = sprintf('Keywords-%u', $namespace);
        $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, $page);
        $article = new Article($title);
        $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
        foreach ($keywords as $keyword) 
          if (!empty($keyword))
            $out->addKeyword($keyword);
      }
    }
  }
  // part of MetaKeywordsTag.php
  if (preg_match_all('/<!-- META_KEYWORDS ([0-9a-zA-Z\\+\\/]+=*) -->/m', $text, $matches)) {
    $data = $matches[1];
    // Merge keyword data into OutputPage as meta tags
    foreach ($data aS $item) {
      $content = @base64_decode($item);
      $keywords = array_map('trim', explode(',', $content));
      foreach ($keywords as $keyword) 
        if (!empty($keyword))
          $out->addKeyword($keyword);
    }
  }
  return true;
}

2011年12月14日（水）

FCKEditor を使うと図のキャプションが消える．

参照

使用前 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb|テスト]]
使用後 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb]]

extensions/FCKeditor/FCKeditorSkin.body.php を上記を参考に以下のように修正

// NIJC:
//if (isset($fp['alt']) && !empty($fp['alt']) && $fp['alt'] != "Image:" . $orginal) {
//        $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['alt'])."\" ";
if (isset($fp['caption']) && !empty($fp['caption']) && $fp['caption'] != "Image:" . $orginal) {
        $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['caption'])."\" ";
}

keywords meta タグを入れたい

extension/AddKeywordsMetaTag.php を作ってみた．

<?php

$wgExtensionCredits['other'][] = array( 
  'name' => 'AddKeywordsMetaTag', 
  'status' => 'Experimental',
  'author' => 'Yoshihiro OKUMURA',
  'version' => '1.0',
  'url' => 'http://www.neuroinf.jp/',
  'description' => 'Mediawiki:Keywords ページの内容を keywords meta タグとして出力します．',
);
$wgHooks['OutputPageBeforeHTML'][] = 'wfAddKeywordsMetaTag';
 
function wfAddKeywordsMetaTag(&$out, &$text) {
 global $wgTitle, $wgParser, $wgRequest, $action;
  if ($action !== 'edit' &&
      $action !== 'history' &&
      $action !== 'delete' &&
      $action !== 'watch') {
    // Mediawiki:Keywords
    $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, 'Keywords');
    $article = new Article($title);
    $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
    foreach ($keywords as $keyword) 
      if (!empty($keyword))
        $out->addKeyword($keyword);
    $namespaces = array(NS_MAIN, NS_USER, NS_PROJECT, NS_MEDIAWIKI);
    foreach ($namespaces as $namespace) {
      // Mediawiki::Keywords-$namespace
      if ($wgTitle->getNamespace() === $namespace) {
        $page = sprintf('Keywords-%u', $namespace);
        $title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, $page);
        $article = new Article($title);
        $keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
        foreach ($keywords as $keyword) 
          if (!empty($keyword))
            $out->addKeyword($keyword);
      }
    }
  }
  return true;
}

2011年12月12日（月）

FCKEditor を使うとwikipediaへのリンクが符号化される．

使用前 [[wikipedia:jp:理化学研究所|理化学研究所]]
使用後 [[wikipedia:jp:%E7%90%86%E5%8C%96%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80|理化学研究所]]

extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正

if (a.className == 'extiw')
{
        a.href = a.title ;
        // NIJC:
        // a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.href ) ;
        a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.title ) ;
}

2011年12月7日（水）

metaタグ index,follow の制御が効かない．

承認モジュール ApprovedRevs 由来の問題参考
includes/Article.php を以下のように修正

// NIJC:
//if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() ) {
if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() == intval( @$_GET['oldid'] ) ) {
        # Non-articles (special pages etc), and old revisions
        return array( 'index'  => 'noindex',
                      'follow' => 'nofollow' );
} elseif ( $wgOut->isPrintable() ) {

2011年6月15日 (水)

設定変更

URLが http://www.bsd.neuroinf.jp/ でも接続できるように
ドキュメントのライセンスをCC-BY-ND Japanに変更

2011年6月7日 (火)

サーバ準備

ホスト名: bsd.neuroinf.jp (仮)
OS: Linux CentOS 5.6 x86_64

MediaWiki 導入

MediaWiki 1.16.5 インストール
- 言語は日本語(ja)を利用
- ドキュメントのライセンスを無難なセンでCC-BY-SA Japanに設定 (仮)
Short_URL 設定
ロゴ画像設置(仮)
- これをベースに文字を入れ替えたものに

$wgLogo             = "$wgScriptPath/images/BSD-Logo.png";

画像アップロードの設定

$wgEnableUploads       = true;
$wgUploadPath          = "{$wgScriptPath}/images";
$wgUploadDirectory     = "{$IP}/images";
$wgUseImageMagick      = true;
$wgImageMagickConvertCommand = "/usr/bin/convert";

数式への対応
- このあたりを参考に

$wgUseTeX           = true;
$wgTexvc            = "/usr/bin/texvc116";
$wgMathPath         = "{$wgUploadPath}/math";
$wgMathDirectory    = "{$wgUploadDirectory}/math";
$wgTmpDirectory     = "{$wgUploadDirectory}/tmp";

匿名ユーザの「新規アカウント作成」と「ページの編集」はとりあえず無効に

$wgGroupPermissions['*']['createaccount'] = false;
$wgGroupPermissions['*']['edit'] = false;

UMIN の既存データの複製

https://center3.umin.ac.jp/umin-wiki/mw_bsd/index.php/メインページのデータをこのサイトへ貼り付け

TODO

Extensions の選定と設置
- Youtube 等の動画貼り付け
- 査読
- 等々

Nijcadmin

目次

2012年1月4日（水）

Pubmed プラグイン利用時に表示が遅い

Pubmed 文献の参考文献の際，参照番号の右に著者を表示したい

2011年12月15日（木）

ページ毎に meta タグに入れるキーワードを設定したい

2011年12月14日（水）

FCKEditor を使うと図のキャプションが消える．

keywords meta タグを入れたい

2011年12月12日（月）

FCKEditor を使うとwikipediaへのリンクが符号化される．

2011年12月7日（水）

metaタグ index,follow の制御が効かない．

2011年6月15日 (水)

設定変更

2011年6月7日 (火)

サーバ準備

MediaWiki 導入

UMIN の既存データの複製

TODO