「ノンコーディングRNA」の版間の差分

{{box|text=　ノンコーディングRNAは、タンパク質へと[[翻訳]]される伝令RNA (messenger RNA, [[mRNA]])を除く全てのRNAの総称である。ノンコーディングRNAは、転移RNA（transfer RNA、[[tRNA]]）、リボソームRNA（ribosomal RNA、[[rRNA]]）、small nuclear RNA（snRNA、核内低分子RNA）、small nucleolar RNA（snoRNA、核小体低分子RNA）などの長い研究の歴史をもつ古典的ncRNA群と、1990年代以降に発見された[[miRNA]]などの機能性小分子RNA群、長鎖型ノンコーディングRNA(lncRNA)群に分類して論じられる。特に後者2つは、組織特異的な発現パターンを有することや発生、疾患との関わりが明らかになりつつあり、この分野の発展に大きく寄与している。}}

snRNP (small nuclear ribonucleoprotein)と呼ばれるリボ[[核酸]]タンパク質複合体を形成し、RNAスプライシング反応などに関わる核内に存在する低分子RNA。  

核小体低分子リボ核酸タンパク質複合体(snoRNPs:スノープス)を形成し、rRNAなどの化学的修飾に関与する一群の低分子RNA。主に核内の核小体に局在する。

*[[siRNA]] (small interfering RNA) :<br>

21-23塩基対からなる低分子二本鎖RNAであり、RISC (RNA-induced silencing complex)に取り込まれ[[RNAi]]（RNA interference:RNA干渉）と呼ばれる転写後遺伝子発現抑制機構に関わる。この現象は、ウイルス感染など外来性因子に対する生体防御機構として進化を遂げたと考えられ、[[植物]]において最初に発見された。

miRNAは、21-24塩基の小分子RNAで、AGO(Argonaute)とmiRISC(microRNA induced silencing complex)を形成し、特定の遺伝子のmRNAに対する相補的配列を認識し、その遺伝子の発現を抑制する。

miRNAよりも少し大きい26-31塩基の非コード小分子RNA群で、Piwiファミリータンパク質と相互作用するRNA群である。piRNA複合体(piRISCともいう)は、生殖細胞におけるレトロトランスポゾンなどの[[エピジェネティクス]]や転写後調節に関連する。

*sgRNA (single-guide RNA) :<br>

CRISPR（clustered regulatory intersoaced short palindromic repeat:クリスパー）座位より転写される小分子RNAであるcrRNA(CRISPR RNA)とTracrRNA(Trans-acting crRNA)を組み合わせたもの。[[細菌]]や古細菌にみられる、バクテリオファージなどの外来性核酸遺伝因子を排除するための獲得[[免疫]]系として機能する座位として見つかった。(その後の応用テクノロジーは、ゲノム編集の稿を参照)

X[[染色体]]の不活化に関わるncRNAであるXistは、長鎖型ノンコーディングRNA (long non-coding RNA: lncRNA)と略称が得られる以前より生物学的重要性が高く、ncRNA研究分野を牽引してきた分子である。このようなX染色体不活化は種を超えてncRNAが働き、クロマチン修飾因子との相互作用を介することで、遺伝子発現に対し抑制的に働いている。一方で、遺伝子発現の[[エンハンサー]]領域から転写されるlncRNA(eRNAとも呼ばれる;enhancer RNA)は、RNAポリメラーゼIIにより転写され近傍の遺伝子の発現をメディエーター複合体と強調することで転写を活性化するモデルが提唱されている。いずれにせよ、配列特異性や局在性、相互作用する分子群に応じて転写制御を正にも負にも制御していると考えられる。

lncRNAの中で、ある特定の核内構造体の形成および局在性を示す発現量の非常に高い分子群である。核内構造体には、古典的なリボソームの合成の場である核小体に加え核スペックル、パラスペックルなどがある。例えば発現量が非常に高いlncRNAであるMalat1やNeat1などが広く知られており、それぞれ核スペックル、パラスペックルの構成成分として、[[RNA結合タンパク質]]との結合を介した、転写制御やスプライシング制御への関与が指摘されている。lncRNAによる転写制御と同様に相互作用するRNA結合タンパク質に対するスポンジ効果(抑制)あるいは、機能の場の提供(協調活性化)の両方が想定されている。

細胞質長鎖lncRNAには、実際は予期せぬ小分子ペプチドの産生も否定できないこと、および細胞質型lncRNA自体が機能的に解析されている代表例は少ない。一方で、最近存在が認められたスプライシング過程で産生される環状RNA(CircRNA)は、発現量も高く環状のためRNA発現の安定性も担保されることから、細胞質においてmiRNAスポンジとして働くことで、特定のmiRNAの機能抑制に働くとの報告がある。また同じような考え方で、ceRNA (competing endogenous RNA)とは、概念的であるが、miRNAと標的mRNAの相互作用およびその制御において、標的mRNA以外の別のmRNAが競合因子(ceRNA)としてmiRNA-mRNA相互作用に干渉するという機構として提唱されている。

　miRNA同様、lncRNAもまた、様々な階層における遺伝子発現制御に関わり神経機能に関わっていることが分かっている。その中でBC1 RNAは、発見からの歴史が長いが、ここでの分類では細胞質型lncRNAにあたる。BC1RNAは、代謝型[[グルタミン酸受容体]]mGluRを介した翻訳制御を抑制すること、またBC1 RNAの欠損マウスでは、てんかん様症状を呈するなどが報告されている<ref name=ref13><pubmed>19675232</pubmed></ref>。HAR1Fは、ヒトと[[チンパンジー]]のゲノム間で塩基置換率の高いHAR(human accelerated region)領域の中でも特に塩基置換率の高い部位より、産生されるlncRNAである。興味深いことにHAR1Fは、ヒトの胎児期の大脳皮質の[[リーリン]]陽性の[[カハールレチウス細胞]]で特異的に発現していることから、ヒトに至る進化の過程における[[大脳皮質の発生]]と高次機能獲得との関わりについて注目を集めているが、今のところ機能未知のままである<ref name=ref14><pubmed>    16915236</pubmed></ref>。核内構造体関連lncRNAの中で、Pnkyは、神経幹細胞においてスプライシング因子PTBP1と相互作用し、遺伝子発現制御を担い神経分化を調節していることが報告されている<ref name=ref15><pubmed>25800779</pubmed></ref>。このlncRNAは、PTBP1に対してスプライシング活性に協調機能として働いていることが示唆されている。神経分化に必須なneurogenin1遺伝子の発現調節に関わるエンハンサー領域から転写されるeRNA(エンハンサーRNA)であるutNgn1がneurogeni1遺伝子自身の転写を正に制御するlncRNAであることが報告されている<ref name=ref16><pubmed>23027973</pubmed></ref>。

　ヒト胎児由来の[[神経前駆細胞]]を用いたin vitroの解析において、LINE1の転移が起こることが見出されている。おそらく、piRNAがこの転移を制御し、個々の神経細胞における遺伝子発現制御に対し、挿入部位依存性のモザイク性の獲得を可能とさせ、脳の多様性形成に関与することが示唆された<ref name=ref3 /> <ref name=ref17><pubmed>19657334</pubmed></ref>。特に統合失調症をはじめとした[[精神疾患]]患者群において優位なLINE1のコピー数の増大が認められるなど、精神疾患の病態におけるLINE-1の関与が注目されている。実際、統合失調症の大きな遺伝性リスクとされる22番染色体(22q11)欠失を持つ患者由来[[iPS細胞]]から分化させた神経細胞を用いた解析においてLINE-1のコピー数の増大が確認されている<ref name=ref18><pubmed>24389010</pubmed></ref>。

　古典的RNAに分類されているncRNAの中でも、神経機能に関与するものも存在する。HBII-52は、乳児期早期の重度の筋緊張低下と[[摂食障害]]を示すPrader-Willi症候群(PWS)の責任領域にから発現するsnoRNAで、[[セロトニン受容体]]2c遺伝子の選択的スプライシングを制御することから、病態との関連が注目されている<ref name=ref19><pubmed>16357227</pubmed></ref>。