脳科学辞典

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ヒストン脱メチル化酵素 (ソースを閲覧)

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→‎JmjCドメイン含有タンパク質ファミリー
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===JmjCドメイン含有タンパク質ファミリー===
===JmjCドメイン含有タンパク質ファミリー===
　JmjC domain-containing protein familyは共通してJmjCドメインを持つが、各々が保持する他のドメインや構造から、さらにいくつかのサブファミリーに分類される<ref name=Klose2006><pubmed>16983801</pubmed></ref>（ref 9）。酵素活性を持たない、もしくは報告されていないものが存在するが、ここでは酵素活性を持つものについて、各サブファミリーの構造<ref name=Klose2006><pubmed>16983801</pubmed></ref>（ref 9）や各酵素が標的とするヒストン修飾を表にまとめた。
　共通してJmjCドメインを持つが、各々が保持する他のドメインや構造から、さらにいくつかのサブファミリーに分類される<ref name=Klose2006><pubmed>16983801</pubmed></ref>（ref 9）。酵素活性を持たない、もしくは報告されていないものが存在するが、ここでは酵素活性を持つものについて、各サブファミリーの構造<ref name=Klose2006><pubmed>16983801</pubmed></ref>（ref 9）や各酵素が標的とするヒストン修飾を表にまとめた。


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!  !! 遺伝子名 !! 標的 !! 遺伝子発現の組織特異性（ref 10） !! 構造 （ref 8, 9）
!  !! 遺伝子名 !! 標的 !! 遺伝子発現の組織特異性（ref 10） !! 構造<ref name=Fang2013 /><ref name=Klose2006 />（ref 8, 9)
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!rowspan="3"|リジン特異的脱メチル化酵素<br>(lysine specific demethylase, LSD)ファミリー  
!rowspan="3"|リジン特異的脱メチル化酵素<br>(lysine specific demethylase, LSD)ファミリー
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|'''LSD1 (KDM1A)''' || H3K4/K9me1, me2 || 低 (多くの組織で発現している) ||
|'''LSD1 (KDM1A)''' || H3K4/K9me1, me2 || 低 (多くの組織) ||[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table1.png|フレームなし]]
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|'''LSD2 (KDM1B)''' ||H3K4me1, me2<br>H3K9me1, me2|| 低 (多くの組織で発現している) ||
|'''LSD2 (KDM1B)''' ||H3K4me1, me2<br>H3K9me1, me2|| 低 (多くの組織) ||[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table2.png|フレームなし]]
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!rowspan="25"|Jumonji (JmjC)ドメイン含有タンパク質ファミリー
!rowspan="21"|Jumonji (JmjC)ドメイン含有タンパク質ファミリー
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|| '''FBXL11 (KDM2A)''' || H3K36me2 || 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"|'''FBXL11 (KDM2A)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K36me2 || style="background-color:#fff;"|低 (多くの組織) ||style="background-color:#fff;"rowspan="2"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table3.png|フレームなし]]
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|'''FBXL10 (KDM2B)''' ||H3K36me1, me2<br>H3K4me3|| 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"|'''FBXL10 (KDM2B)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K36me1, me2<br>H3K4me3||style="background-color:#fff;"| 低 (多くの組織)  
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|'''JMJD1A (KDM3A)''' || H3K9me1, me2 || 低 (多くの組織で発現している) ||
|'''JMJD1A (KDM3A)''' || H3K9me1, me2 || 低 (多くの組織) ||rowspan="3"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table4.png|フレームなし]]
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|'''JMJD1B (KDM3B)''' || H3K9me2 || 低 (多くの組織で発現している) || 
|'''JMJD1B (KDM3B)''' || H3K9me2 || 低 (多くの組織)  
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|'''HR''' || H3K9me2,me1 || 食道、皮膚で高発現している || 
|'''HR''' || H3K9me2,me1 || 食道、皮膚で高発現
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|'''JMJD2A (KDM4A)''' ||H3K9/K36me3<br>H1.4K26me3|| 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"|'''JMJD2A (KDM4A)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K9/K36me3<br>H1.4K26me3|| style="background-color:#fff;"|低 (多くの組織) ||style="background-color:#fff;"rowspan="4"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table5.png|フレームなし]]
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|'''JMJD2B (KDM4B)''' ||H3K9/K36 me3<br>H1.4K26me3|| 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"|'''JMJD2B (KDM4B)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K9/K36 me3<br>H1.4K26me3||style="background-color:#fff;"| 低 (多くの組織)
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|'''JMJD2C (KDM4C)''' ||H3K9/K36me3<br>H1.4K26me3|| 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"|'''JMJD2C (KDM4C)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K9/K36me3<br>H1.4K26me3|| style="background-color:#fff;"|低 (多くの組織)
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|'''JMJD2D (KDM4D)''' ||H3K9me2, me3<br>H1.4K26me2,me3|| 精巣で高発現している ||
|style="background-color:#fff;"|'''JMJD2D (KDM4D)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K9me2, me3<br>H1.4K26me2,me3||style="background-color:#fff;"|精巣で高発現
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|'''JARID1A (KDM5A, RBP2)''' || H3K4me2, me3 || 腸管で高発現している ||
|'''JARID1A (KDM5A, RBP2)''' || H3K4me2, me3 || 腸管で高発現 ||rowspan="4"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table6.png|フレームなし]]
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| '''JARID1B (KDM5B, PLU1)''' || H3K4me1, me2, me3 || 精巣で高発現している ||
| '''JARID1B (KDM5B, PLU1)''' || H3K4me1, me2, me3 || 精巣で高発現
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| '''JARID1C (KDM5C, SMCX)''' || H3K4me2, me3 || 低 (多くの組織で発現している) ||
| '''JARID1C (KDM5C, SMCX)''' || H3K4me2, me3 || 低 (多くの組織)
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| '''JARID1D (KDM5D, SMCY)''' || H3K4me2, me3 || 低 (多くの組織で発現している) ||
| '''JARID1D (KDM5D, SMCY)''' || H3K4me2, me3 || 低 (多くの組織)
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| '''UTX (KDM6A)''' || H3K27me2, me3 || 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"|'''UTX (KDM6A)''' ||style="background-color:#fff;"| H3K27me2, me3 ||style="background-color:#fff;"| 低 (多くの組織) ||style="background-color:#fff;"rowspan="2"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table7.png|フレームなし|中央]]
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| '''JMJD3 (KDM6B)''' || H3K27me2, me3 || 低 (多くの組織で発現している) ||
|style="background-color:#fff;"| '''JMJD3 (KDM6B)''' ||style="background-color:#fff;"| H3K27me2, me3 ||style="background-color:#fff;"| 低 (多くの組織)
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| '''KIAA1718 (KDM7A)''' ||H3K9me1,me2<br>H3K27me2<br>H4K20me1|| 低 (多くの組織で発現している) ||
| '''KIAA1718 (KDM7A)''' ||H3K9me1,me2<br>H3K27me2<br>H4K20me1|| 低 (多くの組織) ||rowspan="3"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table8.png|フレームなし|中央]]
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| '''PHF8 (KDM7B)''' ||H3K9me2,me1<br>H3K27me2<br>H4K20me1|| 精巣上体で高発現している ||
| '''PHF8 (KDM7B)''' ||H3K9me2,me1<br>H3K27me2<br>H4K20me1|| 精巣上体で高発現
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| '''PHF2 (KDM7C)''' || H3K9me2,me1 || 低 (多くの組織で発現している) ||
| '''PHF2 (KDM7C)''' || H3K9me2,me1 || 低 (多くの組織)
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| '''JMJD5 (KDM8)''' || H3K36me2 || 肝臓で高発現している ||
|style="background-color:#fff;"| '''JMJD5 (KDM8)''' ||style="background-color:#fff;"|H3K36me2 ||style="background-color:#fff;"|肝臓で高発現 ||style="background-color:#fff;"rowspan="2"|[[ファイル:Nakashima Histon Demethylase table9.png|フレームなし|中央]]
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| '''NO66''' ||H3K4me1, me3<br>H3K36me3, me2|| 低 (多くの組織で発現している)||
|style="background-color:#fff;"|'''NO66''' ||style="background-color:#fff;"|H3K4me1, me3<br>H3K36me3, me2||style="background-color:#fff;"|低 (多くの組織)
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