9,444
回編集
「コピー数変化」の版間の差分
細
編集の要約なし
細編集の要約なし |
細編集の要約なし |
||
| 17行目: | 17行目: | ||
通常１Kb以上の長さで、90%以上の相同性を持つ配列はlow copy repeats (LCRs) またはsegmental duplications (SDs）と定義される<ref name=ref9><pubmed>20059347</pubmed></ref>。このような配列はヒトハプロイドゲノムに3.6 %存在するとされる<ref name=ref10><pubmed>11381028</pubmed></ref>。特に10 kb以上の長さで97%以上の相同性を持つ場合LCRs領域では、ゲノム不安定性が高まり、組み換えが起こりやすくなるため欠失、重複、挿入、転座、逆位によるゲノム再構成 (genomic rearrangement) が生じやすい。これらのゲノム再編成を生じるメカニズムとして、生体内では主に以下の3つが考えられている<ref name=ref11><pubmed>19014668</pubmed></ref>。 | 通常１Kb以上の長さで、90%以上の相同性を持つ配列はlow copy repeats (LCRs) またはsegmental duplications (SDs）と定義される<ref name=ref9><pubmed>20059347</pubmed></ref>。このような配列はヒトハプロイドゲノムに3.6 %存在するとされる<ref name=ref10><pubmed>11381028</pubmed></ref>。特に10 kb以上の長さで97%以上の相同性を持つ場合LCRs領域では、ゲノム不安定性が高まり、組み換えが起こりやすくなるため欠失、重複、挿入、転座、逆位によるゲノム再構成 (genomic rearrangement) が生じやすい。これらのゲノム再編成を生じるメカニズムとして、生体内では主に以下の3つが考えられている<ref name=ref11><pubmed>19014668</pubmed></ref>。 | ||
#NAHR (non-allelic homologous recombination)<br> | #NAHR (non-allelic homologous recombination) （図1）<br> | ||
#NHEJ (non-homologous end joining)<br> | #NHEJ (non-homologous end joining) （図2）<br> | ||
#FoSTeS (fork stalling and template switching)<br> | #FoSTeS (fork stalling and template switching) （図3）<br> | ||
== CNVの検出方法 == | == CNVの検出方法 == | ||
| 29行目: | 29行目: | ||
[[image:4ArrayCGH.png|thumb|300px|'''図4．アレイCGH'''<br>比較ゲノムハイブリダイゼーション法(ComparativeGenomicHybridization:CGH)は全ゲノムを大正にDNAコピー数変化を調べるための効率的な方法。<br>Agilento社HPより一部改変引用]] | [[image:4ArrayCGH.png|thumb|300px|'''図4．アレイCGH'''<br>比較ゲノムハイブリダイゼーション法(ComparativeGenomicHybridization:CGH)は全ゲノムを大正にDNAコピー数変化を調べるための効率的な方法。<br>Agilento社HPより一部改変引用]] | ||
Array | Array CGHとは、オリゴヌクレオチドあるいはプラズミドDNAにクローン化したヒトゲノムの一部（プローブ）をチップ上に配置したアレイを基盤とする。コピー数変化を調べたい検体DNAと対照とするDNAをそれぞれ異なる波長の蛍光色素で標識をする。標識した２つのDNAを同量混合させ、アレイ上のプローブと競合的にハイブリダイズさせる。プローブに結合した検体DNAと対照DNAの蛍光シグナルの強度の比から検体DNAと対照DNAコピー数の比を算出することができる。具体的には、両試料でコピー数が等しい場合は同等のシグナル強度を示し、片方の試料に染色体の欠失あるいは重複があれば異なったシグナル強度を示す。（図4） | ||
=== SNP array=== | === SNP array=== | ||
| 35行目: | 35行目: | ||
[[image:5SNParray.png|thumb|300px|'''図5．SNP array'''<br>検体DNAを断片化した後に蛍光色素で標識し、熱変性条件下でチップと反応させる]] | [[image:5SNParray.png|thumb|300px|'''図5．SNP array'''<br>検体DNAを断片化した後に蛍光色素で標識し、熱変性条件下でチップと反応させる]] | ||
2004年頃Affymetrix社の一塩基多型（SNP）解析用arrayでコピー数解析ができるようになった。このアレイはreference genomeを必要とせず、疾患のゲノムだけで解析が可能である。アレイ上には対立遺伝子の25-merのプローブがあり、既知のSNPサイトに対して異なる塩基（例えばCもしくはT）を搭載している。相補的な配列を持つラベル化された検体DNAがプローブに結合する際、SNPサイトにミスマッチが存在すると結合しにくくなり、シグナルは弱くなる。最近のSNPアレイを用いるとgenotypeも同時に検出が可能で、更にアリルピーク(Genotype: 2 copyの場合 AA/AB/BB, 3 copyの場合 AAA/AAB/ABB/BBB, 1 copyの場合A/B) | 2004年頃Affymetrix社の一塩基多型（SNP）解析用arrayでコピー数解析ができるようになった。このアレイはreference genomeを必要とせず、疾患のゲノムだけで解析が可能である。アレイ上には対立遺伝子の25-merのプローブがあり、既知のSNPサイトに対して異なる塩基（例えばCもしくはT）を搭載している。相補的な配列を持つラベル化された検体DNAがプローブに結合する際、SNPサイトにミスマッチが存在すると結合しにくくなり、シグナルは弱くなる。最近のSNPアレイを用いるとgenotypeも同時に検出が可能で、更にアリルピーク(Genotype: 2 copyの場合 AA/AB/BB, 3 copyの場合 AAA/AAB/ABB/BBB, 1 copyの場合A/B) を見ることで情報性が付加されたコピー数変化としてとらえることが可能となり信頼性が増した。（図5） | ||
=== 定量PCR法（quantitative real time polymerace chain reaction: qPCR）=== | === 定量PCR法（quantitative real time polymerace chain reaction: qPCR）=== | ||