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2012年1月4日 (水) 19:09時点における版
2012年1月4日（水）
Pubmed プラグイン利用時に表示が遅い
- キャッシュ機能はキーワードを元に pubmed に問い合わせて得られた結果の pmid をキャッシュしているため，表示毎に<pubmed>...</pubmed>の数だけ通信が発生する．
- 対策として pubmed に問い合わせる前段階でキャッシュする機能を実装．
- extensions/Pubmed/entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php
<?php
class entrez_eutils_nijc extends entrez_eutils_fcgi {
// constructor
function entrez_eutils_nijc() {
parent::entrez_eutils_fcgi();
}
// override search2 method
function search2($db, $term, $off=0, $limit=500) {
global $wgPubmedCacheExpire;
if (empty($this->_cache))
return parent::search2($db, $term, $off, $limit);
$cache = new Cache();
$cache->cachedir = $this->_cache;
$filename = sprintf('esearch_%s', md5($term));
$now = time();
$expire = 604800; // 86400:1day, 604800:1 week
if (isset($wgPubmedCacheExpire))
$expire = intval($wgPubmedCacheExpire);
if ($cache->check($filename)) {
$data = $cache->load($filename);
if ($data['date'] + $expire >= $now)
return $data['value'];
}
$data = array(
'date' => $now,
'value' => parent::search2($db, $term, $off, $limit),
);
$cache->save($filename, $data);
return $data['value'];
}
}
- extension/Pubmed/Pubmed.php
require_once("entrez.cl/entrez_eutil.class.php");
// NIJC:
require_once("entrez.cl/entrez_eutil_nijc.class.php");
include("layout.inc.php");
...
// NIJC:
//$ncbi = new entrez_eutils_fcgi();
$ncbi = new entrez_eutils_nijc();
- LocalSettings.php
$wgPubmedCacheExpire = 604800; // 1week yo 12/1/4
Pubmed 文献の参考文献の際，参照番号の右に著者を表示したい
- レイアウトテンプレートを修正
- extension/Pubmed/layouts/layout_ext.def
<b>##Authors##</b> <p style=" border:none; outset none; margin:0em; padding:0em; background-color:#fff;"> ##Title## <br> <i>##Journal##</i>: ##Year##, ##Volume##(##Issue##);##Pages## ##PMID## ##WORLDCAT## ##DOI## <br> </p>
2011年12月14日（水）
FCKEditor を使うと図のキャプションが消える．
使用前 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb|テスト]] 使用後 [[Image:Differentialdisplay.jpg|thumb]]
- extensions/FCKeditor/FCKeditorSkin.body.php を上記を参考に以下のように修正
// NIJC:
//if (isset($fp['alt']) && !empty($fp['alt']) && $fp['alt'] != "Image:" . $orginal) {
// $ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['alt'])."\" ";
if (isset($fp['caption']) && !empty($fp['caption']) && $fp['caption'] != "Image:" . $orginal) {
$ret .= "alt=\"".htmlspecialchars($fp['caption'])."\" ";
}
keywords meta タグを入れたい
- extension/AddKeywordsMetaTag.php を作ってみた．
<?php
$wgExtensionCredits['other'][] = array(
'name' => 'AddKeywordsMetaTag',
'status' => 'Experimental',
'author' => 'Yoshihiro OKUMURA',
'version' => '1.0',
'url' => 'http://www.neuroinf.jp/',
'description' => 'Mediawiki:Keywords ページの内容を keywords meta タグとして出力します．',
);
$wgHooks['OutputPageBeforeHTML'][] = 'wfAddKeywordsMetaTag';
function wfAddKeywordsMetaTag(&$out, &$text) {
global $wgTitle, $wgParser, $wgRequest, $action;
if ($action !== 'edit' &&
$action !== 'history' &&
$action !== 'delete' &&
$action !== 'watch') {
// Mediawiki:Keywords
$title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, 'Keywords');
$article = new Article($title);
$keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
foreach ($keywords as $keyword)
if (!empty($keyword))
$out->addKeyword($keyword);
$namespaces = array(NS_MAIN, NS_USER, NS_PROJECT, NS_MEDIAWIKI);
foreach ($namespaces as $namespace) {
// Mediawiki::Keywords-$namespace
if ($wgTitle->getNamespace() === $namespace) {
$page = sprintf('Keywords-%u', $namespace);
$title = Title::MakeTitle(NS_MEDIAWIKI, $page);
$article = new Article($title);
$keywords = array_map('trim', explode(',', $article->getRawText()));
foreach ($keywords as $keyword)
if (!empty($keyword))
$out->addKeyword($keyword);
}
}
}
return true;
}
2011年12月12日（月）
FCKEditor を使うとwikipediaへのリンクが符号化される．
使用前 [[wikipedia:jp:理化学研究所|理化学研究所]] 使用後 [[wikipedia:jp:%E7%90%86%E5%8C%96%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80|理化学研究所]]
- extensions/FCKeditor/plugins/mediawiki/fckplugin.js を以下のように修正
if (a.className == 'extiw')
{
a.href = a.title ;
// NIJC:
// a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.href ) ;
a.setAttribute( '_fcksavedurl', a.title ) ;
}
2011年12月7日（水）
metaタグ index,follow の制御が効かない．
- 承認モジュール ApprovedRevs 由来の問題 参考
- includes/Article.php を以下のように修正
// NIJC:
//if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() ) {
if ( $this->getID() === 0 || $this->getOldID() == intval( @$_GET['oldid'] ) ) {
# Non-articles (special pages etc), and old revisions
return array( 'index' => 'noindex',
'follow' => 'nofollow' );
} elseif ( $wgOut->isPrintable() ) {
2011年6月15日 (水)
設定変更
- URLが http://www.bsd.neuroinf.jp/ でも接続できるように
- ドキュメントのライセンスをCC-BY-ND Japanに変更
2011年6月7日 (火)
サーバ準備
- ホスト名: bsd.neuroinf.jp (仮)
- OS: Linux CentOS 5.6 x86_64
MediaWiki 導入
- MediaWiki 1.16.5 インストール
- 言語は日本語(ja)を利用
- ドキュメントのライセンスを無難なセンでCC-BY-SA Japanに設定 (仮)
- Short_URL 設定
- ロゴ画像設置(仮)
- これをベースに文字を入れ替えたものに
$wgLogo = "$wgScriptPath/images/BSD-Logo.png";
- 画像アップロードの設定
$wgEnableUploads = true;
$wgUploadPath = "{$wgScriptPath}/images";
$wgUploadDirectory = "{$IP}/images";
$wgUseImageMagick = true;
$wgImageMagickConvertCommand = "/usr/bin/convert";
- 数式への対応
- このあたりを参考に
$wgUseTeX = true;
$wgTexvc = "/usr/bin/texvc116";
$wgMathPath = "{$wgUploadPath}/math";
$wgMathDirectory = "{$wgUploadDirectory}/math";
$wgTmpDirectory = "{$wgUploadDirectory}/tmp";
- 匿名ユーザの「新規アカウント作成」と「ページの編集」はとりあえず無効に
$wgGroupPermissions['*']['createaccount'] = false; $wgGroupPermissions['*']['edit'] = false;
UMIN の既存データの複製
- https://center3.umin.ac.jp/umin-wiki/mw_bsd/index.php/メインページ のデータをこのサイトへ貼り付け
TODO
- Extensions の選定と設置
- Youtube 等の動画貼り付け
- 査読
- 等々