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「PDZドメインタンパク質」の版間の差分
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PDZドメインタンパク質とリガンドタンパク質との結合は、αBの最初のアミノ酸残基とリガンドタンパク質のC末端から3番目の位置（C(-2））のアミノ酸残基との相互作用によっている<ref name=ref2 />。そのため、リガンドタンパク質のC(-2)に位置するアミノ酸の種類によって、それと結合するPDZドメインタンパク質の分類が行われている。 | PDZドメインタンパク質とリガンドタンパク質との結合は、αBの最初のアミノ酸残基とリガンドタンパク質のC末端から3番目の位置（C(-2））のアミノ酸残基との相互作用によっている<ref name=ref2 />。そのため、リガンドタンパク質のC(-2)に位置するアミノ酸の種類によって、それと結合するPDZドメインタンパク質の分類が行われている。 | ||
クラス Iには、PSD-95などが含まれ、C(-2)には、[[セリン]]または[[スレオニン]]が存在している。 | |||
クラス IIには、[[PICK1]]などが含まれ、C(-2)には、[[wikipedia:ja:疎水性アミノ酸|疎水性アミノ酸]]残基が存在している。クラス IIIには、[[nNOS]]などが含まれ、C(-2)には、[[グルタミン酸]]や[[アルギニン酸]]といった負の電荷をもつアミノ酸が存在する。 | |||
C(-2)の位置のアミノ酸も重要であるが、その一つN末端側のC(-3)の位置のアミノ酸も、PDZドメインタンパク質とリガンドタンパク質との特異的な結合において重要である事がわかっている。 | C(-2)の位置のアミノ酸も重要であるが、その一つN末端側のC(-3)の位置のアミノ酸も、PDZドメインタンパク質とリガンドタンパク質との特異的な結合において重要である事がわかっている。 | ||
{| class="wikitable | {| class="wikitable" | ||
|+ 表1．PDZドメインの分類 | |+ 表1．PDZドメインの分類 | ||
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! Class!! C末端配列!! リガンドタンパク質!! PDZドメインタンパク質 | ! Class!! C末端配列!! リガンドタンパク質!! PDZドメインタンパク質 | ||
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| '''Class I''' | |colspan="4" | '''Class I''' | ||
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| rowspan="3" | X-S/T-X-V | | rowspan="3" | X-S/T-X-V | ||
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| Shank | | Shank | ||
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| '''Class II''' | |colspan="4" | '''Class II''' | ||
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| rowspan="4" | X-φ-X-φ | | rowspan="4" | X-φ-X-φ | ||
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| CASK | | CASK | ||
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| '''Class III''' | |colspan="4" | '''Class III''' | ||
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| X-D-X-V | | X-D-X-V | ||