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「神経型PASドメインタンパク質」の版間の差分
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=== N末端領域 === | === N末端領域 === | ||
この領域はメンバー間で多様性が高く、特定の機能は一概には言えないが、転写活性化ドメインの一部や他のタンパク質との相互作用部位を含むことがある。 | この領域はメンバー間で多様性が高く、特定の機能は一概には言えないが、転写活性化ドメインの一部や他のタンパク質との相互作用部位を含むことがある。 | ||
=== basic Helix-Loop- | === basic Helix-Loop-Helixドメイン === | ||
約50アミノ酸からなり、2つの機能的部分に分けられる（図２）。 | 約50アミノ酸からなり、2つの機能的部分に分けられる（図２）。 | ||
==== | ==== 塩基性領域==== | ||
ドメインのN末端側に位置し、正電荷を持つアミノ酸（リジン、アルギニンなど）に富む。DNAへの直接的な結合を担い、標的遺伝子のプロモーターやエンハンサー領域に存在する特定のコンセンサス配列、主にE-boxと呼ばれる「CANNTG」（NPASファミリーの場合は特にCACGTGが多い）を認識する<ref name=Murre1989><pubmed>2503252</pubmed></ref><ref name=Yutzey1992><pubmed>1329039</pubmed></ref>（Murre et al., 1989; Yutzey & Konieczny 1992）。 | ドメインのN末端側に位置し、正電荷を持つアミノ酸（リジン、アルギニンなど）に富む。DNAへの直接的な結合を担い、標的遺伝子のプロモーターやエンハンサー領域に存在する特定のコンセンサス配列、主にE-boxと呼ばれる「CANNTG」（NPASファミリーの場合は特にCACGTGが多い）を認識する<ref name=Murre1989><pubmed>2503252</pubmed></ref><ref name=Yutzey1992><pubmed>1329039</pubmed></ref>（Murre et al., 1989; Yutzey & Konieczny 1992）。 | ||
==== | ==== HLH領域==== | ||
2つのαヘリックスが柔軟なループ構造で連結された構造。この領域はタンパク質の二量体形成に不可欠である。class I bHLH-PASスーパーファミリーに属するNPASファミリーはそれぞれ、機能的なDNA結合のためにclass II bHLH-PASスーパーファミリーに属するARNT（別名HIF1β）/ARNT2、または、その神経系特異的ホモログであるARNTL（ARNT-like 1、別名BMAL1）/BMAL2と、特異的にヘテロ二量体を形成する<ref name=Swanson1993><pubmed>8287061</pubmed></ref><ref name=Hirose1996><pubmed>8657146</pubmed></ref><ref name=Wu2016><pubmed>noPMID</pubmed></ref>（Swanson & Bradfield, 1993; Hirose et al., 1996; Wu et al., 2016）。 | 2つのαヘリックスが柔軟なループ構造で連結された構造。この領域はタンパク質の二量体形成に不可欠である。class I bHLH-PASスーパーファミリーに属するNPASファミリーはそれぞれ、機能的なDNA結合のためにclass II bHLH-PASスーパーファミリーに属するARNT（別名HIF1β）/ARNT2、または、その神経系特異的ホモログであるARNTL（ARNT-like 1、別名BMAL1）/BMAL2と、特異的にヘテロ二量体を形成する<ref name=Swanson1993><pubmed>8287061</pubmed></ref><ref name=Hirose1996><pubmed>8657146</pubmed></ref><ref name=Wu2016><pubmed>noPMID</pubmed></ref>（Swanson & Bradfield, 1993; Hirose et al., 1996; Wu et al., 2016）。 | ||
=== | === PASドメイン === | ||
bHLHドメインのC末端側に隣接して、約70アミノ酸からなるPASリピートが2つ（PAS-AとPAS-B）存在する。これらはβシートとαヘリックスからなる特徴的なフォールド構造を形成し、以下の多様な機能を持つ<ref name=Taylor1999><pubmed>10357859</pubmed></ref><ref name=Kewley2004><pubmed>14643885</pubmed></ref>（Taylor & Zhulin, 1999; Kewley et al., 2004）（図２）。 | bHLHドメインのC末端側に隣接して、約70アミノ酸からなるPASリピートが2つ（PAS-AとPAS-B）存在する。これらはβシートとαヘリックスからなる特徴的なフォールド構造を形成し、以下の多様な機能を持つ<ref name=Taylor1999><pubmed>10357859</pubmed></ref><ref name=Kewley2004><pubmed>14643885</pubmed></ref>（Taylor & Zhulin, 1999; Kewley et al., 2004）（図２）。 | ||