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=== Array CGH === | === Array CGH === | ||
[[Image:4ArrayCGH.png|thumb|300px|<b>図４ アレイCGH</b><br>比較ゲノムハイブリダイゼーション法( | [[Image:4ArrayCGH.png|thumb|300px|<b>図４ アレイCGH</b><br>比較ゲノムハイブリダイゼーション法(Comparative Genomic Hybridization: CGH)は全ゲノムを対象にDNAコピー数変化を調べるための効率的な方法。<br />Agilent社ウェッブページより一部改変引用。]] | ||
Array CGHとは、[[wikipedia:JA:オリゴヌクレオチド|オリゴヌクレオチド]]あるいは[[wikipedia:JA:プラズミド|プラズミド]]DNAにクローン化したヒトゲノムの一部（プローブ）をチップ上に配置したアレイを基盤とする。コピー数変化を調べたい検体DNAと対照とするDNAをそれぞれ異なる波長の[[wikipedia:JA:蛍光色素|蛍光色素]]で標識をする。標識した２つのDNAを同量混合させ、[[wikipedia:JA:アレイ|アレイ]]上のプローブと競合的に[[wikipedia:JA:ハイブリダイズ|ハイブリダイズ]]させる。プローブに結合した検体DNAと対照DNAの蛍光シグナルの強度の比から検体DNAと対照DNAコピー数の比を算出することができる。具体的には、両試料でコピー数が等しい場合は同等のシグナル強度を示し、片方の試料に染色体の欠失あるいは重複があれば異なったシグナル強度を示す。（図４） | Array CGHとは、[[wikipedia:JA:オリゴヌクレオチド|オリゴヌクレオチド]]あるいは[[wikipedia:JA:プラズミド|プラズミド]]DNAにクローン化したヒトゲノムの一部（プローブ）をチップ上に配置したアレイを基盤とする。コピー数変化を調べたい検体DNAと対照とするDNAをそれぞれ異なる波長の[[wikipedia:JA:蛍光色素|蛍光色素]]で標識をする。標識した２つのDNAを同量混合させ、[[wikipedia:JA:アレイ|アレイ]]上のプローブと競合的に[[wikipedia:JA:ハイブリダイズ|ハイブリダイズ]]させる。プローブに結合した検体DNAと対照DNAの蛍光シグナルの強度の比から検体DNAと対照DNAコピー数の比を算出することができる。具体的には、両試料でコピー数が等しい場合は同等のシグナル強度を示し、片方の試料に染色体の欠失あるいは重複があれば異なったシグナル強度を示す。（図４） | ||
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===定量PCR法=== | ===定量PCR法=== | ||
Quantitative real time | Quantitative real time polymerase chain reaction: qPCR | ||
これは標的とするゲノム領域のCNVをスクリーニングするのに最も一般的に使用される方法の一つである。標的とする遺伝子（領域）に対してプライマーを設計し、蛍光色素をとりこませながら[[wikipedia:JA:PCR|PCR]]で増幅させ、PCR産物の増幅効率を測定する。 テンプレートの量に応じて増幅効率が異なるのを利用して、DNAの定量（コピー数解析）が可能である。 | これは標的とするゲノム領域のCNVをスクリーニングするのに最も一般的に使用される方法の一つである。標的とする遺伝子（領域）に対してプライマーを設計し、蛍光色素をとりこませながら[[wikipedia:JA:PCR|PCR]]で増幅させ、PCR産物の増幅効率を測定する。 テンプレートの量に応じて増幅効率が異なるのを利用して、DNAの定量（コピー数解析）が可能である。 | ||
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正常人に認めるCNVsは[http://projects.tcag.ca/variation/ Toronto Database of Genomic Variants]や[http://humanparalogy.gs.washington.edu/structuralvariation/ Human Structural Variation Database] に登録・一般公開されている。また、臨床学的な情報を含む染色体異常は[https://decipher.sanger.ac.uk/ DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources)]、[http://umcecaruca01.extern.umcn.nl:8080/ecaruca/ecaruca.jsp/ ECARUCA (European Cytogenetics Association Reigister of Unbalanced Chromosome Aberrations)]、[https://www.iscaconsortium.org/ ISCA(The International Standards for Cytogenomic Arrays (ISCA) Consortium)]などで検索可能である。 | 正常人に認めるCNVsは[http://projects.tcag.ca/variation/ Toronto Database of Genomic Variants]や[http://humanparalogy.gs.washington.edu/structuralvariation/ Human Structural Variation Database] に登録・一般公開されている。また、臨床学的な情報を含む染色体異常は[https://decipher.sanger.ac.uk/ DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources)]、[http://umcecaruca01.extern.umcn.nl:8080/ecaruca/ecaruca.jsp/ ECARUCA (European Cytogenetics Association Reigister of Unbalanced Chromosome Aberrations)]、[https://www.iscaconsortium.org/ ISCA(The International Standards for Cytogenomic Arrays (ISCA) Consortium)]などで検索可能である。 | ||
表１. | 表１. CNVと疾患関連性の代表例と分子メカニズム<ref name="ref15"><pubmed>18160035</pubmed></ref> <ref name="ref16"><pubmed>16444292</pubmed></ref> | ||
（統一の為、なるべく日本語にして頂ければと思います） | （統一の為、なるべく日本語にして頂ければと思います） | ||