「コピー数変化」の版間の差分
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英語名:copy number variations: CNVs | 英語名:copy number variations: CNVs | ||
同義語:コピー数変動 | 同義語:コピー数変動 | ||
類義語:コピー数多型、コピー数変異 | 類義語:コピー数多型、コピー数変異 | ||
コピー数変化とは、染色体上の1kb以上にわたるゲノムDNAが、通常2コピーのところ、1コピー以下(欠失)、あるいは3コピー以上(重複)となっている現象をいう。ヒトゲノム中の12%にわたる領域に見いだされる。集団中に多型的に存在する場合、疾患の原因となる場合などがある。 | |||
コピー数変化とは、染色体上の1kb以上にわたるゲノムDNAが、通常2コピーのところ、1コピー以下(欠失)、あるいは3コピー以上(重複)となっている現象をいう。ヒトゲノム中の12% | |||
==コピー数変化とは== | ==コピー数変化とは== | ||
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NEHJは、二本鎖DNA内の修復過程において、ゲノムの一部が欠失した状態で、両断端が連結された結果、ゲノム領域の一部が欠失する場合である(図2)。この場合、断端に相同領域の存在を要しない。<br> | NEHJは、二本鎖DNA内の修復過程において、ゲノムの一部が欠失した状態で、両断端が連結された結果、ゲノム領域の一部が欠失する場合である(図2)。この場合、断端に相同領域の存在を要しない。<br> | ||
FoSTeSは、DNA複製途中で、DNA複製フォークが、微小な相同性(2-5塩基)を持つ離れた配列に乗り換えることによって、その間のゲノムが欠失する現象である(図3)。<br> | FoSTeSは、DNA複製途中で、DNA複製フォークが、微小な相同性(2-5塩基)を持つ離れた配列に乗り換えることによって、その間のゲノムが欠失する現象である(図3)。<br> | ||
NAHRは、異なった個体において独立に新たな欠失、重複が類似のゲノム領域に生じうるのに対して、NEHJやFoSTeSでは、特に生じやすい場所が存在する訳ではないため、同一の場所の欠失、重複が別個体に生じることはまれであるという違いがある。<br> | |||
== CNVの検出方法 == | == CNVの検出方法 == | ||
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== CNVの検索方法 == | == CNVの検索方法 == | ||
正常人に認めるCNVsは[http://projects.tcag.ca/variation/ Toronto Database of Genomic Variants]や[http://humanparalogy.gs.washington.edu/structuralvariation/ Human Structural Variation Database] に登録・一般公開されている。また、臨床学的な情報を含む染色体異常は[https://decipher.sanger.ac.uk/ DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources)]、[http://umcecaruca01.extern.umcn.nl:8080/ecaruca/ ECARUCA (European Cytogenetics Association Reigister of Unbalanced Chromosome Aberrations)]、[https://www.iscaconsortium.org/ ISCA(The International Standards for Cytogenomic Arrays (ISCA) Consortium)]などで検索可能である。 | 正常人に認めるCNVsは[http://projects.tcag.ca/variation/ Toronto Database of Genomic Variants]や[http://humanparalogy.gs.washington.edu/structuralvariation/ Human Structural Variation Database] に登録・一般公開されている。また、臨床学的な情報を含む染色体異常は[https://decipher.sanger.ac.uk/ DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources)]、[http://umcecaruca01.extern.umcn.nl:8080/ecaruca/ecaruca.jsp/ ECARUCA (European Cytogenetics Association Reigister of Unbalanced Chromosome Aberrations)]、[https://www.iscaconsortium.org/ ISCA(The International Standards for Cytogenomic Arrays (ISCA) Consortium)]などで検索可能である。 | ||
表1. CNVと疾患関連性の代表例と分子メカニズム<ref name="ref15"><pubmed>18160035</pubmed></ref> <ref name="ref16"><pubmed>16444292</pubmed></ref> | 表1. CNVと疾患関連性の代表例と分子メカニズム<ref name="ref15"><pubmed>18160035</pubmed></ref> <ref name="ref16"><pubmed>16444292</pubmed></ref> | ||
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| colspan="2" | 疾患の例<ref name="ref15"><pubmed>18160035</pubmed></ref> <ref name="ref16"><pubmed>16444292</pubmed></ref> | | colspan="2" | 疾患の例<ref name="ref15"><pubmed>18160035</pubmed></ref> <ref name="ref16"><pubmed>16444292</pubmed></ref> | ||
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| rowspan="2" | ① | | rowspan="2" | ① 遺伝子量依存的遺伝子(dose-sensitive gene) | ||
| rowspan="2" | [[Image:コピー数変化表1.png|350px]] | | rowspan="2" | [[Image:コピー数変化表1.png|350px]] | ||
| [[Charcot-Marie-Tooth病]](CMT病1A型) | | [[Charcot-Marie-Tooth病]](CMT病1A型) | ||
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== 参考文献 == | == 参考文献 == | ||
<references /> | <references /> | ||
<br> (執筆者:深井綾子、松本直通 担当編集委員:加藤忠史) | |||