「ディファレンシャルディスプレイ」の版間の差分

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== 利点と不利点 ==
== 利点と不利点 ==


 本法は、単一ゲル上で多数の試料のバンド分布を同時に比較できることから効率良く遺伝子発現量の差が検出できるため、組織や細胞が発現する遺伝子とその発現量の解析、つまりtranscription imageの研究分野に急速に普及した。ただし、任意プライマーを用いてPCR反応を行うことから再現性が高いとは言えず、また、高感度であるが故にPCRの条件設定を厳密に行わないと擬陽性のバンドも出やすい。そのため、2000年代半ばには、高速かつ高感度で大量解析可能な[[DNAアレイ]](DNAチップ)、RNA-seq、定量的[[wikipedia:ja:リアルタイムPCR|リアルタイムPCR]]リアルタイムPCR(RT-PCR)などの技術の登場によってその相対的重要性は低下している<ref>英語版WikipediaのDifferential displayの項目。http://en.wikipedia.org/wiki/Differential_display</ref>。しかしながら、DNAアレイに比較して、DD法はコスト面、所要時間で未だ有利であり、出発材料が少量でも解析を行えるという利点も有する。また通常のDNAアレイと異なり、DD法では新規遺伝子の検出が可能であることなどの利点もあることから、今後も多くの分野で適用が期待される。    
 本法は、単一ゲル上で多数の試料のバンド分布を同時に比較できることから効率良く遺伝子発現量の差が検出できるため、組織や細胞が発現する遺伝子とその発現量の解析、つまりtranscription imageの研究分野に急速に普及した。ただし、任意プライマーを用いてPCR反応を行うことから再現性が高いとは言えず、また、高感度であるが故にPCRの条件設定を厳密に行わないと擬陽性のバンドも出やすい。そのため、2000年代半ばには、高速かつ高感度で大量解析可能な[[DNAアレイ]](DNAチップ)、RNA-seq、定量的[[wikipedia:ja:リアルタイムPCR|リアルタイムPCR]]リアルタイムPCR(RT-PCR)などの技術の登場によってその相対的重要性は低下している<ref>英語版WikipediaのDifferential displayの項目。http://en.wikipedia.org/wiki/Differential_display</ref>。しかしながら、DNAアレイに比較して、ディファレンシャルディスプレイ法はコスト面、所要時間で未だ有利であり、出発材料が少量でも解析を行えるという利点も有する。また通常のDNAアレイと異なり、ディファレンシャルディスプレイ法では新規遺伝子の検出が可能であることなどの利点もあることから、今後も多くの分野で適用が期待される。    


 なお、蛋白質ディファレンシャルディスプレイ法という手法もある<ref>'''XXXXXXX''' <br>YYYYYYYYY<br>蛋白質をみるー構造と挙動(長谷俊治、高尾敏文、高木淳一編)化学同人: 2009 pp. NN-NN</ref>。これは、複数種の特定の細胞試料間で蛋白質の構成成分の違いを分析する方法であり、一般的には二次元[[wikipedia:Gel_electrophoresis|ゲル電気泳動]]で各細胞の蛋白質を分離し、そのパターンの差を比較する方法である。
 なお、蛋白質ディファレンシャルディスプレイ法という手法もある<ref>'''XXXXXXX''' <br>YYYYYYYYY<br>蛋白質をみるー構造と挙動(長谷俊治、高尾敏文、高木淳一編)化学同人: 2009 pp. NN-NN</ref>。これは、複数種の特定の細胞試料間で蛋白質の構成成分の違いを分析する方法であり、一般的には二次元[[wikipedia:Gel_electrophoresis|ゲル電気泳動]]で各細胞の蛋白質を分離し、そのパターンの差を比較する方法である。
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 以下、通常のRNA試料を対象としたディファレンシャルディスプレイ法について説明する[[Image:Differentialdisplay.png|thumb|400px|ディファレンシャルディスプレイ法]]。
 以下、通常のRNA試料を対象としたディファレンシャルディスプレイ法について説明する[[Image:Differentialdisplay.png|thumb|400px|ディファレンシャルディスプレイ法]]。


 細胞中で発現したmRNAすべてを[[wikipedia:ja:逆転写|逆転写]]しcDNAを得た後、これを[[wikipedia:ja:鋳型|鋳型]]にして複数の混合プライマーを用いたPCRを行う。ここで、特異性を持たせずできるだけ多くの種類の遺伝子を増幅するよう設定した複数のプライマーを用いることにより、非常に多数のバンドが得られる。1つの細胞で発現する約15,000種類の遺伝子すべての発現を網羅して探索するために、4種類のアンカープライマーと20種類の混成プライマー(10mer)を用いてPCRを行う。得られたバンドの強弱を遺伝子発現の強度の指標とし、特定の物質添加の有無などさまざまな操作・環境の違いによりその細胞のどの遺伝子が変化しているかを見出す。
 細胞中で発現したmRNAすべてを[[wikipedia:ja:逆転写|逆転写]]しcDNAを得た後、これを鋳型にして複数の混合プライマーを用いたPCRを行う。ここで、特異性を持たせずできるだけ多くの種類の遺伝子を増幅するよう設定した複数のプライマーを用いることにより、非常に多数のバンドが得られる。1つの細胞で発現する約15,000種類の遺伝子すべての発現を網羅して探索するために、4種類のアンカープライマーと20種類の混成プライマー(10mer)を用いてPCRを行う。得られたバンドの強弱を遺伝子発現の強度の指標とし、特定の物質添加の有無などさまざまな操作・環境の違いによりその細胞のどの遺伝子が変化しているかを見出す。


# アンカープライマーによるmRNAの選択的逆転写(第1鎖合成)  
# アンカープライマーによるmRNAの選択的逆転写(第1鎖合成)