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転写制御因子 (ソースを閲覧)

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<font size="+1">[http://researchmap.jp/read0193859 室山 優子]、[http://researchmap.jp/tetsuichirosaito 斎藤 哲一郎]</font><br>
<font size="+1">[http://researchmap.jp/read0193859 室山 優子]、[http://researchmap.jp/tetsuichirosaito 斎藤 哲一郎]</font><br>
''千葉大学大学院 医学研究院''<br>
''千葉大学大学院 医学研究院''<br>
DOI [[XXXX]]/XXXX　原稿受付日：2013年11月8日　原稿完成日：2013年月日<br>
DOI：<selfdoi />　原稿受付日：2013年11月8日　原稿完成日：2014年1月20日<br>
担当編集委員：[http://researchmap.jp/noriko1128 大隅 典子]（東北大学 大学院医学系研究科 附属創生応用医学研究センター [[脳神経]]科学コアセンター 発生発達神経科学分野）<br>
担当編集委員：[http://researchmap.jp/noriko1128 大隅 典子]（東北大学 大学院医学系研究科 附属創生応用医学研究センター [[脳神経]]科学コアセンター 発生発達神経科学分野）<br>
</div>
</div>


英：transcriptional regulator, transcription regulatory factor
英：transcription factor, transcriptional regulator, transcription regulatory factor　独：Transkriptionsfaktor　仏：facteur de transcription


同義語：転写調節因子
同義語：転写調節因子、転写因子


　転写制御因子は、[[wikipedia:ja:ゲノム|ゲノム]] [[wikipedia:ja:DNA|DNA]]上の特定の塩基配列に結合し、[[wikipedia:ja:RNAポリメラーゼ|RNAポリメラーゼ]]による[[wikipedia:ja:転写|転写]]を促進あるいは抑制するタンパク質の一群である<ref name=ref1> Tetsuichiro Saito<br>Transcription factor. Encyclopedia of Neuroscience<br> Springer-Verlag Gmbh Berlin Heidelberg: 2009</ref>。DNAに結合するドメインと他のタンパク質などと相互作用し転写制御に関わるドメインを有する。構造上の特徴により、いくつかのファミリーに分類される<ref name=ref1 />。転写制御因子は[[リン酸化]]などの様々な調節を受け、個体発生から脳高次機能までの多くの過程を制御する<ref name=ref2><pubmed>11823631</pubmed></ref><ref name=ref3><pubmed>23498934</pubmed></ref>。転写制御因子をコードすると推測される遺伝子は、[[wikipedia:ja:ヒト|ヒト]]ゲノムにおいて約2000個存在する<ref><pubmed>15193307</pubmed></ref><ref><pubmed>19274049</pubmed></ref>。
{{box|text=　転写制御因子は、[[wikipedia:ja:ゲノム|ゲノム]] [[wikipedia:ja:DNA|DNA]]上の特定の塩基配列に結合し、[[wikipedia:ja:RNAポリメラーゼ|RNAポリメラーゼ]]による[[wikipedia:ja:転写|転写]]を促進あるいは抑制するタンパク質の一群である<ref name=ref1> Tetsuichiro Saito<br>Transcription factor. Encyclopedia of Neuroscience<br> Springer-Verlag Gmbh Berlin Heidelberg: 2009</ref>。DNAに結合するドメインと他のタンパク質などと相互作用し転写制御に関わるドメインを有する。構造上の特徴により、いくつかのファミリーに分類される<ref name=ref1 />。転写制御因子は[[リン酸化]]などの様々な調節を受け、個体発生から脳高次機能までの多くの過程を制御する<ref name=ref2><pubmed>11823631</pubmed></ref><ref name=ref3><pubmed>23498934</pubmed></ref>。転写制御因子をコードすると推測される遺伝子は、[[wikipedia:ja:ヒト|ヒト]]ゲノムにおいて約2000個存在する<ref><pubmed>15193307</pubmed></ref><ref><pubmed>19274049</pubmed></ref>。}}


==転写制御因子とは==
==転写制御因子とは==
33行目: 33行目:
　転写抑制因子の[[neuron-restrictive silencer factor]]/[[RE1-silencing transcription factor]]（[[NRSF]]/[[REST]]）は、サイレンサー中の塩基配列[[neural restrictive silencer element]]/[[repressor element 1]]（[[NRSE]]/[[RE1]]）に結合し、コリプレッサーを介したヒストン脱アセチル化酵素やヒストンメチル基転移酵素の作用により、神経細胞で働く''[[superior cervical ganglia 10]]（[[SCG10]]）'' などの遺伝子の転写を非神経細胞で抑える<ref><pubmed>16150588</pubmed></ref>。
　転写抑制因子の[[neuron-restrictive silencer factor]]/[[RE1-silencing transcription factor]]（[[NRSF]]/[[REST]]）は、サイレンサー中の塩基配列[[neural restrictive silencer element]]/[[repressor element 1]]（[[NRSE]]/[[RE1]]）に結合し、コリプレッサーを介したヒストン脱アセチル化酵素やヒストンメチル基転移酵素の作用により、神経細胞で働く''[[superior cervical ganglia 10]]（[[SCG10]]）'' などの遺伝子の転写を非神経細胞で抑える<ref><pubmed>16150588</pubmed></ref>。


　[[Cyclin dependent kinase 8]]（[[CDK8]]）などのコリプレッサーは、転写制御因子をリン酸化し分解を促進したり、基本転写因子をリン酸化し転写開始前複合体の形成を阻害する<ref name=ref5 /><ref name=ref17 />。
　[[サイクリン依存性タンパク質キナーゼ8]] [[Cyclin dependent kinase 8]]（[[CDK8]]）などのコリプレッサーは、転写制御因子をリン酸化し分解を促進したり、基本転写因子をリン酸化し転写開始前複合体の形成を阻害する<ref name=ref5 /><ref name=ref17 />。


==転写制御配列==
==転写制御配列==
41行目: 41行目:


　ENCODEプロジェクトなどにより、ゲノムのかなりの領域が転写されることが明らかとなった<ref><pubmed>22955616</pubmed></ref>。エンハンサー部位で合成される[[enhancer RNA]]（[[eRNA]]）などの[[非翻訳RNA]]が転写に関わることが示唆されている<ref><pubmed>23273978</pubmed></ref><ref><pubmed>20887892</pubmed></ref>。
　ENCODEプロジェクトなどにより、ゲノムのかなりの領域が転写されることが明らかとなった<ref><pubmed>22955616</pubmed></ref>。エンハンサー部位で合成される[[enhancer RNA]]（[[eRNA]]）などの[[非翻訳RNA]]が転写に関わることが示唆されている<ref><pubmed>23273978</pubmed></ref><ref><pubmed>20887892</pubmed></ref>。
{{Infobox protein family
| Symbol = Homeobox
| Name = Homeobox domain
| image =1AHD.pdb
| width = 250
| caption = [[DNA]]に結合に結合したホメオドメイン型転写因子[[ショウジョウバエ]]''[[Antennapedia]]'' 。{{PDB2|1ahd}}による<ref name="pmid7903398"><pubmed>7903398</pubmed></ref>。
| Pfam = PF00046
| Pfam_clan = CL0123
| InterPro = IPR001356
| SMART = SM00389
| PROSITE = PS50071
| SCOP = 1ahd
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| PDB = {{PDB2|1ahd}}, {{PDB2|1akh}}, {{PDB2|1apl}}, {{PDB2|1au7}}, {{PDB2|1b72}}, {{PDB2|1b8i}}, {{PDB2|1bw5}}, {{PDB2|1cqt}}, {{PDB2|1du0}}, {{PDB2|1du6}}, {{PDB2|1e3o}}, {{PDB2|1enh}}, {{PDB2|1f43}}, {{PDB2|1fjl}}, {{PDB2|1ftt}}, {{PDB2|1ftz}}, {{PDB2|1gt0}}, {{PDB2|1hdd}}, {{PDB2|1hdp}}, {{PDB2|1hf0}}, {{PDB2|1hom}}, {{PDB2|1ic8}}, {{PDB2|1ig7}}, {{PDB2|1jgg}}, {{PDB2|1k61}}, {{PDB2|1kz2}}, {{PDB2|1le8}}, {{PDB2|1lfb}}, {{PDB2|1lfu}}, {{PDB2|1mh3}}, {{PDB2|1mh4}}, {{PDB2|1mnm}}, {{PDB2|1nk2}}, {{PDB2|1nk3}}, {{PDB2|1o4x}}, {{PDB2|1ocp}}, {{PDB2|1oct}}, {{PDB2|1p7i}}, {{PDB2|1p7j}}, {{PDB2|1pog}}, {{PDB2|1puf}}, {{PDB2|1qry}}, {{PDB2|1s7e}}, {{PDB2|1san}}, {{PDB2|1uhs}}, {{PDB2|1vnd}}, {{PDB2|1wi3}}, {{PDB2|1x2m}}, {{PDB2|1x2n}}, {{PDB2|1yrn}}, {{PDB2|1yz8}}, {{PDB2|1zq3}}, {{PDB2|1ztr}}, {{PDB2|2cqx}}, {{PDB2|2cra}}, {{PDB2|2cue}}, {{PDB2|2cuf}}, {{PDB2|2dmq}}, {{PDB2|2e1o}}, {{PDB2|2ecb}}, {{PDB2|2ecc}}, {{PDB2|2h8r}}, {{PDB2|2hdd}}, {{PDB2|2hi3}}, {{PDB2|2hoa}}, {{PDB2|2jwt}}, {{PDB2|2lfb}}, {{PDB2|2p81}}, {{PDB2|2r5y}}, {{PDB2|2r5z}}, {{PDB2|3hdd}}, {{PDB2|9ant}}
}}
{{Infobox protein family
| Symbol = zf-C2H2
| Name = Zinc finger, C2H2 type
| image = 1ZAA.pdb
| width = 250
| caption =  DNA結合に結合したZinc finger型転写因子[[ZIF268]]。{{PDB2|1zaa}}による<ref><pubmed>2028256</pubmed></ref>。
| Pfam = PF00096
| Pfam_clan = CL0361
| InterPro = IPR007087
| SMART =
| PROSITE = PS00028
| MEROPS =
| SCOP =
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
}}
{{Pfam_box
| Symbol = bHLH
| Name = basic helix-loop-helix DNA-binding domain
| image = 1MDY.pdb
| width = 250
| caption = DNAに結合したbHLH型転写因子MyoD。{{PDB2|1mdy}}による<ref><pubmed> 8181063 </pubmed></ref>。
| Pfam = PF00010
| InterPro = IPR001092
| SMART= SM00353
| PROSITE = PDOC00038
| SCOP = 1mdy
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| PDB = {{PDB2|1a0a}}, {{PDB2|1am9}}, {{PDB2|1an2}}, {{PDB2|1an4}}, {{PDB2|1hlo}}, {{PDB2|1mdy}}, {{PDB2|1nkp}}, {{PDB2|1nlw}}, {{PDB2|1r05}}, {{PDB2|1ukl}}, {{PDB2|2ql2}}
}}
{{Pfam_box
| Symbol = bZIP_1
| Name = bZIP transcription factor
| image = 1DH3.pdb
| width =250
| caption =DNAに結合したbasic-Leucin Zipper型転写因子[[CREB]]。{{PDB2|1DH3}}による<ref><pubmed>10952992</pubmed></ref>。
| Pfam= PF00170
| InterPro= IPR011616
| SMART=
| PROSITE=PDOC00036
| SCOP = 1ysa
| TCDB =
| OPM family=
| OPM protein=
| PDB=
{{PDB3|1dh3}}A:285-339  {{PDB3|1t2k}}D:336-395  {{PDB3|1s9k}}E:257-308
{{PDB3|1jun}}B:276-313  {{PDB3|1jnm}}A:254-313  {{PDB3|1a02}}J:257-308
{{PDB3|1swi}}B:249-278  {{PDB3|1ce9}}A:251-279  {{PDB3|1uo0}}A:249-279
{{PDB3|1rb5}}B:249-279  {{PDB3|1unw}}B:249-279  {{PDB3|1vzl}}B:249-279
{{PDB3|1unt}}A:249-279  {{PDB3|1zim}}C:249-279  {{PDB3|1w5j}}D:249-279
{{PDB3|1zij}}A:249-279  {{PDB3|1rb6}}A:249-279  {{PDB3|2zta}}A:249-279
{{PDB3|1uo5}}B:249-279  {{PDB3|1rb1}}C:249-279  {{PDB3|1gcl}}C:249-279
{{PDB3|1w5g}}B:249-279  {{PDB3|1w5i}}A:249-279  {{PDB3|1uo1}}A:249-279
{{PDB3|1unu}}B:249-279  {{PDB3|1gcm}}A:249-279  {{PDB3|1rb4}}C:249-279
{{PDB3|1uo2}}B:249-279  {{PDB3|1ysa}}D:226-279  {{PDB3|1unz}}B:249-279
{{PDB3|1w5k}}D:249-279  {{PDB3|1ij1}}A:249-279  {{PDB3|1zta}} :247-279
{{PDB3|1ij0}}A:249-279  {{PDB3|1uo3}}A:249-279  {{PDB3|1w5h}}A:249-279
{{PDB3|1ij2}}A:249-279  {{PDB3|1dgc}}A:227-279  {{PDB3|1w5l}}B:249-279
{{PDB3|1uny}}A:249-279  {{PDB3|2b1f}}B:251-279  {{PDB3|2bni}}B:249-279
{{PDB3|1zil}}A:249-278  {{PDB3|1zii}}A:249-279  {{PDB3|1unv}}B:249-279
{{PDB3|1zik}}B:249-278  {{PDB3|1unx}}A:249-279  {{PDB3|1ij3}}B:249-279
{{PDB3|1uo4}}A:249-279  {{PDB3|1kql}}B:255-279  {{PDB3|2dgc}}A:229-277
{{PDB3|1piq}}A:249-279  {{PDB3|2b22}}A:251-279  {{PDB3|1lvx}}A:265-294
{{PDB3|1gd2}}H:74-137    {{PDB3|1ci6}}A:280-339
}}
{{Pfam_box
| Symbol = PF00505
| Name = HMG (high mobility group) box
| image = 2LEF.pdb
| width = 250
| caption = DNAに結合したHMGボックスドメインタンパク質[[Lymphoid enhancer-binding factor 1|LEF1]]。{{PDB2|2LEF}}による<ref><pubmed>7651541</pubmed></ref>。
| Pfam = PF00505
| InterPro = IPR009071
| SMART=
| PROSITE=
| SCOP = 1hsm
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| PDB = {{PDB2|1aab}}, {{PDB2|1cg7}}, {{PDB2|1ckt}}, {{PDB2|1e7j}}, {{PDB2|1gt0}}, {{PDB2|1hme}}, {{PDB2|1hmf}}, {{PDB2|1hry}}, {{PDB2|1hrz}}, {{PDB2|1hsm}}, {{PDB2|1hsn}}, {{PDB2|1i11}}, {{PDB2|1j3x}}, {{PDB2|1j46}}, {{PDB2|1j47}}, {{PDB2|1j5n}}, {{PDB2|1k99}}, {{PDB2|1lwm}}, {{PDB2|1nhm}}, {{PDB2|1nhn}}, {{PDB2|1o4x}}, {{PDB2|1qrv}}, {{PDB2|1s9m}}, {{PDB2|1sx9}}, {{PDB2|1v64}}, {{PDB2|1wgf}}, {{PDB2|1wxl}}, {{PDB2|2crj}}, {{PDB2|2cs1}}, {{PDB2|2lef}}
}}


==構造==  
==構造==  
　転写活性化因子の転写活性化ドメインは、コアクチベーターなどのタンパク質と結合し、[[酸性アミノ酸]]、もしくは[[グルタミン酸]]、[[プロリン]]のいずれかに富む領域などに分類される。転写抑制因子の転写抑制ドメインには、[[トリプトファン]]、[[アルギニン]]、プロリンからなる[[WRPWドメイン]]や、[[芳香族アミノ酸]]と[[疎水性アミノ酸]]からなる[[engrailed homology 1]]（[[eRNA]]）ドメインなどがあり、コリプレッサーとの結合に必須である<ref><pubmed>18254933</pubmed></ref><ref><pubmed>16309560</pubmed></ref>。[[ジンクフィンガー]]型因子などは、リガンドと結合するドメインも有する。
　転写活性化因子の転写活性化ドメインは、コアクチベーターなどのタンパク質と結合し、[[酸性アミノ酸]]、もしくは[[グルタミン酸]]、[[プロリン]]のいずれかに富む領域などに分類される。転写抑制因子の転写抑制ドメインには、[[トリプトファン]]、[[アルギニン]]、プロリンからなる[[WRPWドメイン]]や、[[芳香族アミノ酸]]と[[疎水性アミノ酸]]からなる[[engrailed homology 1]]（[[EH1]]）ドメインなどがあり、コリプレッサーとの結合に必須である<ref><pubmed>18254933</pubmed></ref><ref><pubmed>16309560</pubmed></ref>。[[ジンクフィンガー]]型因子などは、リガンドと結合するドメインも有する。


　転写制御因子の構造については、[http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do Protein Data Bank]や[http://pfam.sanger.ac.uk/ Pfam]などのデータベースで[[検索]]できる。
　転写制御因子の構造については、[http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do Protein Data Bank]や[http://pfam.sanger.ac.uk/ Pfam]などのデータベースで[[検索]]できる。


===DNA結合ドメインによる分類===
===DNA結合ドメインによる分類===
　転写制御因子は、DNA結合ドメインの構造モチーフに基づき、[[ホメオドメイン]]、ジンクフィンガー、塩基性[[へリックス・ループ・へリックス]]などのファミリーに分けられる。
　転写制御因子は、DNA結合ドメインの構造モチーフに基づき、[[ホメオドメイン]]、ジンクフィンガー、[[塩基性へリックス・ループ・へリックス]]などのファミリーに分けられる。


====ホメオドメイン====
====ホメオドメイン====
[[homeodomain]]
[[homeodomain]]


　[[ホメオボックス]]がコードする約60個のアミノ酸配列である。[[ショウジョウバエ]]の体節形成の研究で発見され、[[ヒト]]を含む高等動物までホモログ間でよく保存されている<ref><pubmed>11470884</pubmed></ref>。[[へリックス・ターン・へリックス構造]]をとり、2番目のヘリックスがDNAの主溝に入り込んで結合する。アミノ酸配列の類似性やホメオドメインの外のモチーフから、さらにサブファミリーに分けられる。ホメオドメインが結合するコンセンサス配列の代表としてATTAが知られ、サブファミリーにより認識配列が異なる<ref><pubmed>18585359</pubmed></ref>。
　[[ホメオボックス]]がコードする約60個のアミノ酸配列である。[[ショウジョウバエ]]の[[体節]]形成の研究で発見され、[[ヒト]]を含む高等動物までホモログ間でよく保存されている<ref><pubmed>11470884</pubmed></ref>。[[へリックス・ターン・へリックス構造]]をとり、2番目のヘリックスがDNAの主溝に入り込んで結合する。アミノ酸配列の類似性やホメオドメインの外のモチーフから、さらにサブファミリーに分けられる。ホメオドメインが結合するコンセンサス配列の代表としてATTAが知られ、サブファミリーにより認識配列が異なる<ref><pubmed>18585359</pubmed></ref>。


====ジンクフィンガー====
====ジンクフィンガー====
zinc finger
zinc finger


　[[GATAファミリー]]の因子などに見られる構造で、[[wikipedia:ja:亜鉛|亜鉛]]イオンに2個の[[システイン]]と2個のヒスチジンが配位結合するC2H2タイプや、4個のシステインが配位結合するC4タイプなどがある<ref><pubmed>18253864</pubmed></ref>。亜鉛に配位したシステインあるいはヒスチジン残基に挟まれたアミノ酸領域が指状のループをつくる。[[ステロイドホルモン]]受容体などの[[核内受容体]]は、リガンドと直接結合すると核内に入り転写制御能を発揮するようになる<ref><pubmed>20813267</pubmed></ref><ref><pubmed>20850017</pubmed></ref>。コンセンサス配列にはGATAファミリーの因子が結合するGATAなどがある。
　[[GATAファミリー]]の因子などに見られる構造で、[[wikipedia:ja:亜鉛|亜鉛]]イオンに2個の[[システイン]]と2個のヒスチジンが配位結合するC2H2タイプや、4個のシステインが配位結合するC4タイプなどがある<ref><pubmed>18253864</pubmed></ref>。亜鉛に配位した[[システイン]]あるいは[[ヒスチジン]]残基に挟まれたアミノ酸領域が指状のループをつくる。[[ステロイドホルモン]]受容体などの[[核内受容体]]は、リガンドと直接結合すると核内に入り転写制御能を発揮するようになる<ref><pubmed>20813267</pubmed></ref><ref><pubmed>20850017</pubmed></ref>。コンセンサス配列にはGATAファミリーの因子が結合するGATAなどがある。


====塩基性へリックス・ループ・へリックス====
====塩基性へリックス・ループ・へリックス====
basic helix-loop-helix、bHLH
basic helix-loop-helix、bHLH
   
   
　[[mammalian achaete-scute homolog 1]]/[[achaete-scute complex homolog 1]]（[[Mash1]]/[[Ascl1]]）や[[mammalian atonal homolog 1]]/[[atonal homolog 1]]（[[Math1]]/[[Atoh1]]）などの神経[[分化]]を開始させるプロニューラル因子などに見られる<ref name=ref10><pubmed>12094208</pubmed></ref>。[[transcription factor 3]]（[[E12]]/[[Tcf3]]）タンパク質などのへリックス・ループ・へリックスドメインとヘテロ[[wikipedia:ja:二量体|二量体]]を形成し、DNAに結合する。コンセンサス配列として、プロニューラル因子などの転写活性化因子が結合する[[E box]] (CANNTG) と、[[hairy, Enhancer of split 1]]（[[Hes1]]）などの転写抑制因子が結合する[[N box]] ([[CACNAG]]) などが知られている<ref name=ref11><pubmed>17329370</pubmed></ref>。
　[[mammalian achaete-scute homolog 1|Mammalian achaete-scute homolog 1]]/[[achaete-scute complex homolog 1]]（[[Mash1]]/[[Ascl1]]）や[[mammalian atonal homolog 1]]/[[atonal homolog 1]]（[[Math1]]/[[Atoh1]]）などの神経[[分化]]を開始させるプロニューラル因子などに見られる<ref name=ref10><pubmed>12094208</pubmed></ref>。[[transcription factor 3]]（[[E12]]/[[Tcf3]]）タンパク質などのへリックス・ループ・へリックスドメインとヘテロ[[wikipedia:ja:二量体|二量体]]を形成し、DNAに結合する。コンセンサス配列として、プロニューラル因子などの転写活性化因子が結合する[[E box]] (CANNTG) と、[[hairy, Enhancer of split 1]]（[[Hes1]]）などの転写抑制因子が結合する[[N box]] ([[CACNAG]]) などが知られている<ref name=ref11><pubmed>17329370</pubmed></ref>。


====ロイシンジッパー====
====ロイシンジッパー====
leucine zipper
leucine zipper


　c-FosやMycなどに見られ、7アミノ酸ごとに[[ロイシン]]が配置された[[コイルドコイル]]と呼ばれる構造を取る。同様の構造を持つ因子とコイルドコイル間でヘテロ二量体を形成し、コイルドコイルのN端側に存在する塩基性アミノ酸に富む領域でDNAに結合する。コンセンサス配列には[[cAMP-responsive element-binding protein]]（[[CREB]]）が結合する[[サイクリックAMP応答配列]]（TGACGTCA）などがある<ref name=ref18><pubmed>20223527</pubmed></ref>。
　c-FosやMycなどに見られ、7アミノ酸ごとに[[ロイシン]]が配置された[[コイルドコイル]]と呼ばれる構造を取る。同様の構造を持つ因子とコイルドコイル間でヘテロ二量体を形成し、コイルドコイルのN端側に存在する塩基性アミノ酸に富む領域でDNAに結合する。コンセンサス配列には[[サイクリックAMP応答配列結合タンパク質]] [[cAMP-responsive element-binding protein]]（[[CREB]]）が結合する[[サイクリックAMP応答配列]]（TGACGTCA）などがある<ref name=ref18><pubmed>20223527</pubmed></ref>。


====HMG（high mobility group）ボックス ====
====HMG（high mobility group）ボックス ====
　クロマチンから0.35M[[wikipedia:ja:塩化ナトリウム|塩化ナトリウム]]によって抽出され、[[wikipedia:ja:電気泳動|電気泳動]]で高い移動度を示すタンパク質のDNA結合領域で見つかった。約80アミノ酸からなり、三つの&alpha;へリックスを形成する<ref><pubmed>23153957</pubmed></ref>。特に、[[wikipedia:ja:性決定遺伝子|性決定遺伝子]]''[[wikipedia:ja:Sry|Sry]] ''がコードするタンパク質と高い相同性を持つ因子は[[Soxファミリー]]と呼ばれる。コンセンサス配列にはSoxファミリーの結合するT(A/T)(A/T)CAAGなどがある。
　クロマチンから0.35 M[[wikipedia:ja:塩化ナトリウム|塩化ナトリウム]]によって抽出され、[[wikipedia:ja:電気泳動|電気泳動]]で高い移動度を示すタンパク質のDNA結合領域で見つかった。約80アミノ酸からなり、三つの&alpha;へリックスを形成する<ref><pubmed>23153957</pubmed></ref>。特に、[[wikipedia:ja:性決定遺伝子|性決定遺伝子]]''[[wikipedia:ja:Sry|Sry]] ''がコードするタンパク質と高い相同性を持つ因子は[[Soxファミリー]]と呼ばれる。コンセンサス配列にはSoxファミリーの結合するT(A/T)(A/T)CAAGなどがある。


{| class="wikitable" style="text-align:center"
{| class="wikitable" style="text-align:center"
109行目: 211行目:
| [[Gli1]], [[NRSF]]/[[REST]], [[Zif268]], [[Krox20]], [[Fezl]]
| [[Gli1]], [[NRSF]]/[[REST]], [[Zif268]], [[Krox20]], [[Fezl]]
|-
|-
| [[kruppel-like]]
| [[krüppel-like]]
| [[Klf4]]
| [[Klf4]]
|-
|-
115行目: 217行目:
| [[Gata2]], [[Gata3]]
| [[Gata2]], [[Gata3]]
|-
|-
| [[nuclear hormone receptor]]
| [[核内受容体]]
| [[RAR&alpha;1]], [[RXR]]
| [[RAR&alpha;1]], [[RXR]]
|-
|-
125行目: 227行目:
| [[Per1]], [[Clk]]
| [[Per1]], [[Clk]]
|-
|-
| [[bHLH-leucine zipper]]
| [[bHLH-ロイシンジッパー]]
| [[Myc]], [[MycN]]/[[N-Myc]]
| [[Myc]], [[MycN]]/[[N-Myc]]
|-
|-
194行目: 296行目:
　ホメオボックス遺伝子の''[[distal-less homeobox 1]]（[[Dlx1]]）'' と''[[Dlx2]]'' は、[[大脳基底核原基]]由来の細胞で発現し、大脳の[[GABA作動性]]神経細胞の産生に必須である<ref><pubmed>19428236</pubmed></ref>。
　ホメオボックス遺伝子の''[[distal-less homeobox 1]]（[[Dlx1]]）'' と''[[Dlx2]]'' は、[[大脳基底核原基]]由来の細胞で発現し、大脳の[[GABA作動性]]神経細胞の産生に必須である<ref><pubmed>19428236</pubmed></ref>。


　HMGボックス型因子のSox2は、プロニューラル因子と拮抗的に働き、神経分化を抑制する<ref name=ref15><pubmed>16139372</pubmed></ref>。また、Sox9やSox10はオリゴデンドロサイトの前駆細胞で発現し、オリゴデンドロサイトの分化を促進するとともに、[[ミエリン塩基性タンパク質]]などの遺伝子の転写を活性化する<ref name=ref15 />。
　HMGボックス型因子のSox2は、プロニューラル因子と拮抗的に働き、神経分化を抑制する<ref name=ref152><pubmed>16139372</pubmed></ref>。また、Sox9やSox10はオリゴデンドロサイトの前駆細胞で発現し、オリゴデンドロサイトの分化を促進するとともに、[[ミエリン塩基性タンパク質]]などの遺伝子の転写を活性化する<ref name=ref152 />。
　　　
　　　
===軸索伸長、細胞極性===
===軸索伸長、細胞極性===
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　脊髄交連神経の軸索投射は、Bar型やLIM型 のホメオドメイン型因子によって制御される。Barh1 とBarh2の下流では、''[[LIM homeobox 2]]（[[Lhx2]]）'' を介した''[[Rb-inhibiting gene 1]]/[[roundabout homolog 3]]（[[Rig1]]/[[Robo3]]）''の転写調節とともに、''Lhx2''を介さない''Neuropilin2''の転写調節が行われる<ref name=ref14 />。
　脊髄交連神経の軸索投射は、Bar型やLIM型 のホメオドメイン型因子によって制御される。Barh1 とBarh2の下流では、''[[LIM homeobox 2]]（[[Lhx2]]）'' を介した''[[Rb-inhibiting gene 1]]/[[roundabout homolog 3]]（[[Rig1]]/[[Robo3]]）''の転写調節とともに、''Lhx2''を介さない''Neuropilin2''の転写調節が行われる<ref name=ref14 />。


　運動神経や感覚神経では、軸索が標的筋肉の近傍に到着すると、''[[polyomavirus enhancer activator 3]]（[[Pea3]]）'' や''[[ets-related protein 81]]（[[Er81]]）'' などの[[Etsファミリー遺伝子]]の転写が誘導され、軸索の枝分かれが制御される<ref name=ref13/>。また、[[フォークヘッド型因子]]の[[forkhead box O]]（[[FoxO]]）は、''[[p21 protein-activated kinase 1]]（[[Pak1]）'' などの細胞極性を制御する遺伝子の転写を調節し、神経細胞の形態制御に関わる<ref><pubmed>21982366</pubmed></ref>。
　運動神経や感覚神経では、軸索が標的筋肉の近傍に到着すると、''[[polyomavirus enhancer activator 3]]（[[Pea3]]）'' や''[[ets-related protein 81]]（[[Er81]]）'' などの[[Etsファミリー遺伝子]]の転写が誘導され、軸索の枝分かれが制御される<ref name=ref13/>。また、[[フォークヘッド型因子]]の[[forkhead box O]]（[[FoxO]]）は、''[[p21 protein-activated kinase 1]]（[[Pak1]]）'' などの細胞極性を制御する遺伝子の転写を調節し、神経細胞の形態制御に関わる<ref><pubmed>21982366</pubmed></ref>。


===高次機能===
===高次機能===
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　[[低酸素]]状態では、塩基性へリックス・ループ・へリックス型因子の[[hypoxia inducible factor 1 &alpha;]]（[[HIF-1&alpha;]]）が安定化され、HIF-1&beta;とヘテロ二量体を形成して[[血管新生]]や[[解糖系]]に関わる遺伝子群の転写を活性化する<ref><pubmed>14643885</pubmed></ref>。
　[[低酸素]]状態では、塩基性へリックス・ループ・へリックス型因子の[[hypoxia inducible factor 1 &alpha;]]（[[HIF-1&alpha;]]）が安定化され、HIF-1&beta;とヘテロ二量体を形成して[[血管新生]]や[[解糖系]]に関わる遺伝子群の転写を活性化する<ref><pubmed>14643885</pubmed></ref>。


　[[時計遺伝子]]''[[Period]]''は塩基性へリックス・ループ・へリックス型因子をコードし、光刺激により誘導される。''Period''の転写は他の塩基性へリックス・ループ・へリックス型因子の[[brain and muscle Arnt-like 1]]（[[Clock]]と[[Bmal1]]）により調節されており、これらの因子がネガティブフィードバックループを形成し、約24時間周期で発現が変動する<ref><pubmed>22483041</pubmed></ref>。
　[[時計遺伝子]]''[[Period]]''は塩基性へリックス・ループ・へリックス型因子をコードし、光刺激により誘導される。''Period''の転写は他の塩基性へリックス・ループ・へリックス型因子の[[Clock]]と[[brain and muscle Arnt-like 1]]（[[Bmal1]]）により調節されており、これらの因子がネガティブフィードバックループを形成し、約24時間周期で発現が変動する<ref><pubmed>22483041</pubmed></ref>。


==病理==
==病理==
　ヒトの疾患の原因となる転写制御因子の変異は[http://www.gene-regulation.com Pfam]や[http://www.omim.org/search/advanced/geneMap OMIM Morbid Map]などのデータベースなどで調べられる。
　ヒトの疾患の原因となる転写制御因子の変異は[http://www.biobase-international.com/gene-regulation TRANSFAC]や[http://www.omim.org/search/advanced/geneMap OMIM Morbid Map]などのデータベースなどで調べられる。


==転写制御因子データベース ==
==転写制御因子データベース ==
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== 関連項目  ==
== 関連項目  ==
*[[プロモーター]]
*[[エンハンサー]]
*[[エンハンサー]]


== 参考文献 ==
== 参考文献 ==
<references/>
<references/>
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