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まずモルフォゲンを遠くに伝えるための方策としては、モルフォゲンが細胞間隙を浸潤・拡散していくほかに、モルフォゲンが細胞内を通過して拡散する「トランスサイトーシス（transcytosis）」の経路が知られている（図3）28-33。ショウジョウバエの羽の原基（wing disc）における分泌因子dppの拡散様式は、この原則に従うことが知られている。一方、拡散を抑制する作用の１つとしては、たんぱく質の分解やエンドサイトーシスによる細胞内への取り込みが挙げられる。タンパク質は一般に一定時間が過ぎると分解されるため、同時に産生されたたんぱく質の分子数（量）は時間とともに徐々に減少する。

細胞外マトリックスたんぱく質のうち、主なものはヘパラン硫酸プロテオグリカン（HSPG; heparin sulfate proteoglycan）と総称される糖タンパク質で、このうちグリピカンやシンデカンがモルフォゲン産生細胞の周辺部に分布してモルフォゲンに結合し、モルフォゲンの拡散を助け、あるいは抑制して濃度勾配の維持に関与すると示唆されている30。例えばGlypican-3（GPC3）はShhやWntに結合することが示されているが、Wntシグナルを増強する一方で、Shhシグナルを弱化する34,35。特にShhはGPC3の糖鎖に結合してエンドサイトーシスによって細胞内に取り込まれ、リソソームによる分解系に送り込まれる34。逆に、GPC3のノックアウトマウスではShhシグナルの異常亢進を起こしている。

一方、他のグリピカンについては、ショウジョウバエを用いた実験から別のメカニズムが提唱されている。GPC4やGPC6のショウジョウバエホモログDally-like（Dlp）は、同じくHhやWg（Wntのショウジョウバエホモログ）に結合し、エンドサイトーシスによって細胞内に取り込む36が、Hhは分解されずトランスサイトーシスされ、Wgは分解形に送り込まれる37。このように、グリピカンなどの細胞外マトリックスタンパク質によるシグナル分子への結合、細胞内への取り込み、拡散・分解のシステムはシグナル分子特異的である。

エンドサイトーシスによるモルフォゲンの取り込みに関してはゼブラフィッシュにおけるリアルタイムイメージングによっても示されている。このように、細胞がモルフォゲン分子を取り込んで分解する様子は、分子を積極的に排除することを意味し、湧き出したモルフォゲンが流し台で排出される様子に例えることができるので、「source-sink model（湧き出しと排水モデル）」と呼ばれる27,30,38。以上のように、拡散と分解のバランスが組織内におけるモルフォゲンの濃度勾配を調節していると言える。