「アルゴノート」の版間の差分

{{box|text=　アルゴノートは、PAZドメインやPIWIドメインなど特徴的なドメインから成るタンパク質で、20-30塩基長の小分子RNAを介して標的とする遺伝子の転写産物（ガイドRNA）に結合しRNA誘導型サイレンシング複合体（RNA-induced silencing complex, RISC）を形成し、遺伝子の発現を抑制する。多くの生物はアルゴノートを複数持ち、発現する組織の違いによってAGOサブファミリーとPIWIサブファミリーに分類される。AGOサブファミリーは全ての組織で発現する一方、PIWIサブファミリーは生殖組織特異的に発現する。AGOサブファミリーと結合して機能する小分子RNAとしては、マイクロRNA（microRNA, miRNA）やsmall interfering RNA（siRNA）がある。PIWIサブファミリーに結合する小分子RNAは、PIWI-interacting RNA（piRNA）と称される。アルゴノートの機能は生体の恒常性維持に必須で、その機能欠損は、知的障害、がん、不妊などの原因となる。}}

　[[シロイヌナズナ]]（''Arabidopsis thaliana''）の、ある変異体の表現型がアオイガイ（''Argonauta argo''）に似ていたことから、この遺伝子は[[アルゴノート1]]（[[Argonaute 1]], [[AGO1]]）と名付けられた<ref name=Bohmert1998><pubmed>9427751</pubmed></ref> [1]。AGO1は植物に限らず多くの生物で保存されている（'''表'''）。AGO1は、[[マイクロRNA]]（[[microRNA]], [[miRNA]]）と特異的に結合し、[[RNA誘導型サイレンシング複合体]]（[[RNA-induced silencing complex]], [[RISC]]）を形成する<ref name=Kim2009><pubmed>19165215</pubmed></ref><ref name=Guo2010><pubmed>20703300</pubmed></ref><ref name=Bartel2018><pubmed>29570994</pubmed></ref>  [2-4]。RISC内のmiRNAは、高い配列相補性を示す内在性の[[伝令RNA]]（[[mRNA]]）と対合することによってAGO1を標的mRNAに運び、mRNAの不安定化や[[翻訳]]阻害を促進することで、タンパク質合成を抑制する<ref name=Bartel2018><pubmed>29570994</pubmed></ref><ref name=Guo2010><pubmed>20703300</pubmed></ref><ref name=Kim2009><pubmed>19165215</pubmed></ref> [2-4]（'''図2'''）。

　[[ショウジョウバエ]]の[[RNA干渉]]（[[RNA interference]], [[RNAi]]）の中核因子として同定されたアルゴノートは、ショウジョウバエのAGO1や[[線虫]]（''Caenorhabditis elegans''）の[[RDE1]]（AGO1ホモログ）と高い相同性を示したことから、[[アルゴノート2]]（[[AGO2]]）と名付けられた<ref name=Hammond2001><pubmed>11498593</pubmed></ref> [5]。AGO2は、RNA干渉において機能する小分子RNAである[[small interfering RNA]]（[[siRNA]]）とRISCを形成する<ref name=Liu2004><pubmed>15284456</pubmed></ref><ref name=Meister2004><pubmed>15260970</pubmed></ref><ref name=Miyoshi2005><pubmed>16287716</pubmed></ref>[6-8]（'''図2'''）。RISC内のsiRNAは、高い配列相補性を示すRNAと対合することによってAGO2を標的RNA（mRNAに限らない）に運び、それを切断することで遺伝子発現や機能を抑制する<ref name=Liu2004><pubmed>15284456</pubmed></ref><ref name=Meister2004><pubmed>15260970</pubmed></ref><ref name=Miyoshi2005><pubmed>16287716</pubmed></ref> [6-8]。

　ショウジョウバエの雄の[[生殖幹細胞]]維持に必須な因子として同定された[[P-element wimpy testis]]（[[Piwi]]）は、配列相同性からアルゴノートのパラログであると報告された<ref name=Cox1998><pubmed>9851978</pubmed></ref>[9]。ショウジョウバエはPiwiパラログを3つ持ち、Piwi以外の２つは[[Aubergine]]、[[アルゴノート3]]（[[AGO3]]）と名付けられている<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref><ref name=Yamashiro2018><pubmed>29281264</pubmed></ref> [10, 11]（'''表'''）。Piwi同様、Aubergine、AGO3の発現も生殖組織に限られており、全身に発現するAGO1やAGO2と区別するために、PIWIサブファミリーと呼ばれる<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref><ref name=Yamashiro2018><pubmed>29281264</pubmed></ref> [10, 11]。PIWIサブファミリーのガイドRNAは、PIWI-interacting RNA（piRNA）と称される<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref><ref name=Yamashiro2018><pubmed>29281264</pubmed></ref> [10, 11]。piRNAの多くはトランスポゾンと高い配列相補性を示す。PIWIサブファミリーは、標的トランスポゾンの転写産物（RNA）を細胞質で切断する、あるいは[[核]]でトランスポゾンの転写を阻害することによってその発現を抑制する<ref name=Liu2004><pubmed>15284456</pubmed></ref><ref name=Meister2004><pubmed>15260970</pubmed></ref><ref name=Miyoshi2005><pubmed>16287716</pubmed></ref>[6-8]。

　アルゴノートを持つ[[細菌]]も存在する。細菌のアルゴノートの中には、小分子RNAではなく、小分子DNAをガイドとするものがある。また、RNAを標的とするものと、DNAを標的とするものがある<ref name=Lisitskaya2018><pubmed>30514832</pubmed></ref>[12]。

　ショウジョウバエは5種類のアルゴノートを持ち、AGO1とAGO2はAGOサブファミリーに、Piwi、Aubergine、AGO3はPIWIサブファミリーに分類される<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref><ref name=Yamashiro2018><pubmed>29281264</pubmed></ref><ref name=Williams2002><pubmed>12011447</pubmed></ref>[10, 11, 13]。ヒトは8種類のアルゴノートを持つが<ref name=Sasaki2003><pubmed>12906857</pubmed></ref><ref name=Hutvagner2008><pubmed>18073770</pubmed></ref>[14, 15]、そのうちの4つ（AGO1、AGO2、AGO3、[[AGO4]]）はAGOサブファミリーに、残りの４つ（[[PIWIL1]]/[[HIWI]]、[[PIWIL2]]/[[HILI]]、[[PIWIL3]]、[[PIWIL4]]/[[HIWI2]]）はPIWIサブファミリーに属する<ref name=Hutvagner2008><pubmed>18073770</pubmed></ref><ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref> [10, 15] 。マウスは、４つのAGO（AGO1、AGO2、AGO3、AGO4）と、３つのPIWI（PIWIL1/MIWI、PIWIL2/MILI、PIWIL4/MIWI2）を持つ<ref name=Hutvagner2008><pubmed>18073770</pubmed></ref><ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref>[10, 15]。マウスのPIWIは全て雄特異的であることを特徴とする。

　線虫は27種類のアルゴノートを持ち、そのうちの5つはAGOサブファミリーに、3つはPIWIサブファミリーに属する。残りのアルゴノートは線虫特異的で[[Worm-specific Argonaute]] ([[WAGO]])と称される<ref name=Ketting2021><pubmed>33992161</pubmed></ref>[16]。

　全てのアルゴノートは、N、PAZ、MID、PIWIという4つの主要ドメインと、2つのリンカー（Linker-1とLinker-2）を持つ<ref name=Hutvagner2008><pubmed>18073770</pubmed></ref><ref name=Nakanishi2022><pubmed>35736234</pubmed></ref> [15, 17] （'''図1'''）。

　NドメインはRISC形成に寄与する。PAZドメインはガイド（小分子）RNAの3’末端に、MIDドメインは5’末端に結合する。PIWIドメインは[[RNaseH]]様構造をとっており、アルゴノートが標的RNAを切断するための[[エンドヌクレアーゼ]]活性（スライサー活性ともいう）を担う<ref name=Nakanishi2022><pubmed>35736234</pubmed></ref><ref name=Song2004><pubmed>15284453</pubmed></ref> [17, 18]。その活性中心に相当する[[アスパラギン酸]]-[[グルタミン酸]]-アスパラギン酸-[[ヒスチジン]]（Asp-Glu-Asp-His）の４つのアミノ酸を変異させると、RNA切断活性を示さなくなる。但し、ヒトのAGO3はこの４つのアミノ酸を持つにもかかわらず、エンドヌクレアーゼ活性を示さない。

　最初に立体構造が解明されたアルゴノートは、[[超高熱古細菌]]（''Pyrococcus furiosus''）のAGOである<ref name=Song2004><pubmed>15284453</pubmed></ref> [18]。ヒトの４種類全てのAGOと、ショウジョウバエPiwi、[[カイコ]]（''Bombyx mori''）Piwiホモログ（Siwi）の立体構造も既に解かれている<ref name=Matsumoto2016><pubmed>27693359</pubmed></ref><ref name=Nakanishi2022><pubmed>35736234</pubmed></ref><ref name=Yamaguchi2020><pubmed>31913276</pubmed></ref> [17, 19, 20]。

　アルゴノートには、細胞質で機能するものと核で機能するものがある。いずれの場合も、ガイド（小分子）RNAとの結合、つまりRISC形成は細胞質で起こる<ref name=Kim2009><pubmed>19165215</pubmed></ref><ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref>[2, 10]。RISCとなったアルゴノートの細胞内局在は、アルゴノートが[[核局在シグナル]]（nuclear localization signal, NLS）を持つか、持たないかによって決まる。NLSを持たないアルゴノートは、細胞質で標的RNAを切断するか、RNAの不安定化や翻訳阻害を促進することによって標的RNAからのタンパク質合成を阻害する。NLSを持つアルゴノートは核で標的遺伝子の転写を阻害する。

　ショウジョウバエのAGO1はエンドヌクレアーゼ活性を持つが、miRNAの中央部分（5’末端から9-12番目）の標的RNAへの対合性が不完全なため、標的RNAを切断することができない。よって、[[GW182]]などの補因子と協調して目的を達成する<ref name=Gregory2005><pubmed>16271387</pubmed></ref><ref name=Jonas2015><pubmed>26077373</pubmed></ref> [21, 22]。GW182はポリA鎖短縮化などに関わる因子をAGO1の反応場にリクルートする。

　哺乳動物のAGOは、核に局在し、転写後レベルで標的遺伝子の発現を抑制する場合もある<ref name=Sarshad2018><pubmed>30146314</pubmed></ref> [23]。分裂酵母（''Schizosaccharomyces pombe''）のAGO1は、核内で[[ヘテロクロマチン]]を誘導することによって標的遺伝子の発現を転写レベルで抑制する<ref name=Onishi2021><pubmed>34347367</pubmed></ref> [24]。

　ショウジョウバエAubergineに代表されるNLSを持たないPIWIサブファミリーは、RISC形成後も細胞質に局在し、piRNAを介して結合した[[トランスポゾン]]mRNAをエンドヌクレアーゼ活性依存的に切断することによってトランスポゾンの発現を抑制する。その分子機序はAGO2の分子機序とよく似ている。AGO2によって切断されたRNA断片は細胞質で分解される運命にあるが、Aubergineによって切断されたRNA断片からはpiRNAが生成されAGO3と結合する<ref name=Brennecke2007><pubmed>17346786</pubmed></ref><ref name=DeFazio2011><pubmed>22020280</pubmed></ref><ref name=Gunawardane2007><pubmed>17322028</pubmed></ref> [25-27]。これらpiRNAはトランスポゾンmRNAから生成されるため、AGO3はトランスポゾンのアンチセンス方向の転写産物を切断する。アンチセンス転写産物RNA断片から生成されたpiRNAはAubergineと結合する。

　このAubergineとAGO3による反応は相互に連続して起こり、piRNAを増幅させるためpiRNA増幅機構と呼ばれる。また、その様相からピンポン機構としても知られる。AGO2と異なり、AubergineとAGO3は切断後もRNA断片を保持し続ける。しかし、このままではpiRNA増幅が停滞してしまうため、[[Vasa]]などの[[RNAヘリカーゼ]]が、頃を見計らってエネルギーを消費しつつPIWIからRNA断片を解離する<ref name=Nishida2015><pubmed>25558067</pubmed></ref><ref name=Xiol2014><pubmed>24910301</pubmed></ref> [28, 29]。

　ショウジョウバエ生殖系体細胞では、[[脳腫瘍抑制因子]][[L(3)mbt]]がpiRNA増幅因子の発現を抑制しているためpiRNAを増幅しない<ref name=Sumiyoshi2016><pubmed>27474440</pubmed></ref> [30]。マウス[[MILI]]は、トランスポゾンのアンチセンスRNAを切断することによってMIWI2に結合するpiRNAを産生する<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref> [10]。これによってMIWI2はトランスポゾンのmRNAを標的とすることが可能になる。

　マウスMIWI2やショウジョウバエPiwiに代表されるNLSを持つPIWIは、細胞質でRISCとなった後に核に移行し、転写中のRNA、つまり遺伝子ゲノムに結合した状態にあるRNAに結合して、そのゲノム領域のDNAやヒストンの[[メチル化]]を介してヘテロクロマチンを誘導する<ref name=Onishi2021><pubmed>34347367</pubmed></ref> [24]。この機構には、DNAメチル化酵素やヒストンメチル化酵素など多くの補因子が関わる。

　ヒトAGO2やショウジョウバエAGO1は、miRNAに配列相補的な内在性遺伝子を抑制することにより、個体発生や[[分化]]、生体[[恒常性]]を制御する。線虫のRDE1（AGO1ホモログ）やショウジョウバエのAGO2は、miRNAではなく、[[ウイルス]]など外来性核酸から生成されたsiRNAと結合し、ウイルス由来のRNAなどを切断して感染から身を守る、つまり一種の免疫機構として機能する<ref name=Kim2009><pubmed>19165215</pubmed></ref><ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref> [2, 10]。線虫のRDE1やショウジョウバエのAGO2はトランスポゾン由来のsiRNAとも結合する<ref name=Kawamura2008><pubmed>18463636</pubmed></ref><ref name=Tabara1999><pubmed>10535731</pubmed></ref> [31, 32]。ショウジョウバエや線虫などの下等動物では、miRNA機構とRNA干渉（siRNA機構）が独立して存在するが、ヒトなどの高等動物ではsiRNA機構が存在しない。

　PIWIは生殖組織においてトランスポゾンの発現を抑制し、トランスポゾン転移によるDNA損傷から生殖ゲノムを保護する<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref><ref name=Yamashiro2018><pubmed>29281264</pubmed></ref> [10, 11]。PIWIやpiRNAの機能が破綻すると、[[卵子]]や[[精子]]の形成不全が起こり、最終的には不妊（不稔）へと至る。万が一、不妊を回避できたとしても、高い確率で異常な遺伝子を子孫に受け継ぐことになる。ショウジョウバエのPIWIサブファミリーであるPiwi、Aubergine、AGO3は、いずれもpiRNAと結合し、トランスポゾンの発現を抑制する。各々のPIWIサブファミリーに結合するpiRNAは異なる特徴を示す。また各々のPIWIサブファミリーの作用点（細胞内局在など）が異なるため<ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref><ref name=Yamashiro2018><pubmed>29281264</pubmed></ref> [10, 11]、いずれのPIWIサブファミリーを欠失しても不妊（不稔）となる<ref name=Cox1998><pubmed>9851978</pubmed></ref><ref name=Harris2001><pubmed>11526087</pubmed></ref><ref name=Li2009><pubmed>19395009</pubmed></ref> [9, 33, 34]。PIWIサブファミリー間の機能的な代償がないことは、マウスでも示されている<ref name=Siomi2009><pubmed>19303759</pubmed></ref><ref name=Siomi2011><pubmed>21427766</pubmed></ref> [10, 35]。

　[[プラナリア]]もPIWIを持ち、piRNAとRISCを形成してトランスポゾンの発現を抑制する<ref name=Shibata2016><pubmed>27165555</pubmed></ref> [36]。その機能は体性幹細胞維持に必須で再生に欠かせない。

　[[アメフラシ]]の神経細胞では、piRNA機構が[[記憶]]の維持に重要な役割を果たす<ref name=Rajasethupathy2012><pubmed>22541438</pubmed></ref> [37]。脳腫瘍抑制因子L(3)mbtを欠損したショウジョウバエ脳では、Piwiを含むPIWIサブファミリーやpiRNA増幅因子、piRNAが異所的に発現するが、Piwiの発現を強制的に抑制すると腫瘍化が解除される<ref name=Janic2010><pubmed>21205669</pubmed></ref> [38]。

　アルゴノートの機能は、リン酸化などの翻訳後修飾によって調節される<ref name=Shen2013><pubmed>23636329</pubmed></ref><ref name=Han2020><pubmed>33184234</pubmed></ref><ref name=Nishida2020><pubmed>32914505</pubmed></ref> [39-41]。AGOのユビキチン化は、標的RNA依存的miRNA分解（target-directed miRNA degradation, TDMD）に関わる<ref name=Han2020><pubmed>33184234</pubmed></ref> [40]。

　ヒトの4種類のAGOと結合するmiRNAは高い割合で重複するため、AGOサブファミリー間の機能に重複があると推察された<ref name=Hafner2010><pubmed>20371350</pubmed></ref> [42]。しかし、例えばAGO3の機能喪失は、[[知的障害]]を発症することが報告されており、AGOサブファミリー間の機能的代償は部分的であるといえる。ヒトのAGO1およびAGO3遺伝子を含むゲノム領域の欠失は、神経[[認知障害]]、[[発達遅延]]、知的障害、[[骨年齢]]遅延等に関与する可能性が示唆されている<ref name=Tokita2015><pubmed>25271087</pubmed></ref> [43]。また、ヒトのAGO1遺伝子の変異は、[[自閉症スペクトラム障害]]や知的障害に関連することが示唆されている<ref name=Schalk2022><pubmed>34930816</pubmed></ref> [44]。miRNAの機能と、[[がん]]などの疾患との相関に関しては多くの報告がある<ref name=Iorio2012><pubmed>22351564</pubmed></ref> [45]。PIWIとpiRNAの機能欠損は[[不妊症]]を導く<ref name=Wang2022><pubmed>35403682</pubmed></ref> [46]。