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=== クローン解析（モザイク解析） ===
　一部の細胞もしくは[[細胞系譜]]のみに変異をもたらすことにより、致死性の変異の表現型を調べたり、特異的な遺伝子機能を解析したりすることができる<ref name=ref01 />。例えば、個体全体を変異体にした場合に脳が形成されないような場合でも、特定の神経細胞のみに変異をもたらすことで遺伝子の細胞自律的な機能を調べることができる。個体内で細胞ごとに遺伝型が異なりモザイク的になるので、モザイク解析とも呼ばれる。クローン解析の歴史は古く発生学の研究に大きな貢献をした。

　以前はX線などを用いたが、現在では組換え酵素flippase（FLP）とその標的配列（flippase recognition target、[[FRT]]）を利用して体細胞組換えを誘発することでクローンを作成するのが一般的である<ref name=ref01 /> <ref name=ref09 />。さらに[[MARCM法|MARCM(Mosaic analysis with a repressible cell marker)法]]と呼ばれる手法は、変異体クローンのみにおいてGFP等のマーカーを発現させることにより、その細胞形態を可視化することを可能にする<ref name=ref09 />。クローン解析は、変異体の解析のみならず、神経細胞の形態（特に[[軸索]]や樹状突起の配線パターン）を解析するのにも有効である<ref name=ref09 />。最近では、[[Brainbow法]]と組み合わせることで、多数のクローンを異なった色で可視化する手法も開発されている<ref name=ref09 />。