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Masahitoyamagata (トーク | 投稿記録) 細編集の要約なし |
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==scRNA-seqの実際== | ==scRNA-seqの実際== | ||
ここでは主流になっている10x Genomics社のChromiumを用いた方法とSMART-seq2などを用いた方法に共通する方法の実際について俯瞰する。scRNA-seqの利用には、4つのステップがある(図2)<ref><pubmed>30089861</pubmed></ref>。1)個体や組織を採集し、そこから細胞あるいは細胞核を個別にすること。2)ChromiumやSMART-seq2などによる個々の細胞からのライブラリーの作製とNGS。3)前処理(preprocessing、得られた配列の整理)。4)ダウンストリーム解析(生物学的な情報を得るコンピューター生物学)。これらのうち、2)の段階については、上に記述したように市販の機器や試薬を利用する機会が多くなっているので、そのためのマニュアル等が参考になるはずである。 | ここでは主流になっている10x Genomics社のChromiumを用いた方法とSMART-seq2などを用いた方法に共通する方法の実際について俯瞰する。scRNA-seqの利用には、4つのステップがある(図2)<ref><pubmed>30089861</pubmed></ref>。1)個体や組織を採集し、そこから細胞あるいは細胞核を個別にすること。2)ChromiumやSMART-seq2などによる個々の細胞からのライブラリーの作製とNGS。3)前処理(preprocessing、得られた配列の整理)。4)ダウンストリーム解析(生物学的な情報を得るコンピューター生物学)。これらのうち、2)の段階については、上に記述したように市販の機器や試薬を利用する機会が多くなっているので、そのためのマニュアル等が参考になるはずである。 | ||
[[ファイル: | [[ファイル: | ||
[[ファイル:ScRNAseqFig2b.jpg|サムネイル|250px|'''図2.scRNA-seqの実際のステップ '''<br>細胞の単離、ライブラリ作製とNGS、データの前処理から次元圧縮、ダウンストリーム解析。図の一部は2016 DBCLS TogoTV、あるいはR-studio/Seuratを用いて10x Genomics社のPBMCデータ([https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets]から執筆者が作製。]] | |||
===組織からの細胞、細胞核の分離=== | ===組織からの細胞、細胞核の分離=== |