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シンタキシンは、約250から300アミノ酸からなる膜タンパク質である（膜貫通ドメインを欠くアイソフォーム11を除く）。非常にαへリックに富む複数のドメインがリンカーでつながれた構造をしている（図2）。カルボキシ末端の一箇所の膜貫通ドメイン（アイソフォーム7は二箇所）が膜に埋め込まれ、分子の大部分を細胞質に向けて存在している。 | |||
アイソフォーム6、8、10以外のシンタキシンは、アミノ末端に[[Munc-18]]との結合に関わる約20アミノ酸からなるNペプチドモチーフをもつ（後述）<ref><pubmed>21139055</pubmed></ref>。 | アイソフォーム6、8、10以外のシンタキシンは、アミノ末端に[[Munc-18]]との結合に関わる約20アミノ酸からなるNペプチドモチーフをもつ（後述）<ref><pubmed>21139055</pubmed></ref>。 | ||