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転写制御因子 (ソースを閲覧)

2013年11月24日 (日) 11:00時点における版

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→‎転写制御配列
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| Name = Homeobox domain
| Name = Homeobox domain
| image =1ahd.pdb
| image =1ahd.pdb
| width =  
| width = 250
| caption = [[DNA]]結合に結合した[[ショウジョウバエ]]''[[Antennapedia]]'' のホメオドメイン。<ref name="pmid7903398"><pubmed>7903398</pubmed></ref>
| caption = [[DNA]]に結合に結合したホメオドメイン型転写因子[[ショウジョウバエ]]''[[Antennapedia]]'' 。{{PDB2|1ahd}}による<ref name="pmid7903398"><pubmed>7903398</pubmed></ref>。
| Pfam = PF00046
| Pfam = PF00046
| Pfam_clan = CL0123
| Pfam_clan = CL0123
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| PDB = {{PDB2|1ahd}}, {{PDB2|1akh}}, {{PDB2|1apl}}, {{PDB2|1au7}}, {{PDB2|1b72}}, {{PDB2|1b8i}}, {{PDB2|1bw5}}, {{PDB2|1cqt}}, {{PDB2|1du0}}, {{PDB2|1du6}}, {{PDB2|1e3o}}, {{PDB2|1enh}}, {{PDB2|1f43}}, {{PDB2|1fjl}}, {{PDB2|1ftt}}, {{PDB2|1ftz}}, {{PDB2|1gt0}}, {{PDB2|1hdd}}, {{PDB2|1hdp}}, {{PDB2|1hf0}}, {{PDB2|1hom}}, {{PDB2|1ic8}}, {{PDB2|1ig7}}, {{PDB2|1jgg}}, {{PDB2|1k61}}, {{PDB2|1kz2}}, {{PDB2|1le8}}, {{PDB2|1lfb}}, {{PDB2|1lfu}}, {{PDB2|1mh3}}, {{PDB2|1mh4}}, {{PDB2|1mnm}}, {{PDB2|1nk2}}, {{PDB2|1nk3}}, {{PDB2|1o4x}}, {{PDB2|1ocp}}, {{PDB2|1oct}}, {{PDB2|1p7i}}, {{PDB2|1p7j}}, {{PDB2|1pog}}, {{PDB2|1puf}}, {{PDB2|1qry}}, {{PDB2|1s7e}}, {{PDB2|1san}}, {{PDB2|1uhs}}, {{PDB2|1vnd}}, {{PDB2|1wi3}}, {{PDB2|1x2m}}, {{PDB2|1x2n}}, {{PDB2|1yrn}}, {{PDB2|1yz8}}, {{PDB2|1zq3}}, {{PDB2|1ztr}}, {{PDB2|2cqx}}, {{PDB2|2cra}}, {{PDB2|2cue}}, {{PDB2|2cuf}}, {{PDB2|2dmq}}, {{PDB2|2e1o}}, {{PDB2|2ecb}}, {{PDB2|2ecc}}, {{PDB2|2h8r}}, {{PDB2|2hdd}}, {{PDB2|2hi3}}, {{PDB2|2hoa}}, {{PDB2|2jwt}}, {{PDB2|2lfb}}, {{PDB2|2p81}}, {{PDB2|2r5y}}, {{PDB2|2r5z}}, {{PDB2|3hdd}}, {{PDB2|9ant}}
| PDB = {{PDB2|1ahd}}, {{PDB2|1akh}}, {{PDB2|1apl}}, {{PDB2|1au7}}, {{PDB2|1b72}}, {{PDB2|1b8i}}, {{PDB2|1bw5}}, {{PDB2|1cqt}}, {{PDB2|1du0}}, {{PDB2|1du6}}, {{PDB2|1e3o}}, {{PDB2|1enh}}, {{PDB2|1f43}}, {{PDB2|1fjl}}, {{PDB2|1ftt}}, {{PDB2|1ftz}}, {{PDB2|1gt0}}, {{PDB2|1hdd}}, {{PDB2|1hdp}}, {{PDB2|1hf0}}, {{PDB2|1hom}}, {{PDB2|1ic8}}, {{PDB2|1ig7}}, {{PDB2|1jgg}}, {{PDB2|1k61}}, {{PDB2|1kz2}}, {{PDB2|1le8}}, {{PDB2|1lfb}}, {{PDB2|1lfu}}, {{PDB2|1mh3}}, {{PDB2|1mh4}}, {{PDB2|1mnm}}, {{PDB2|1nk2}}, {{PDB2|1nk3}}, {{PDB2|1o4x}}, {{PDB2|1ocp}}, {{PDB2|1oct}}, {{PDB2|1p7i}}, {{PDB2|1p7j}}, {{PDB2|1pog}}, {{PDB2|1puf}}, {{PDB2|1qry}}, {{PDB2|1s7e}}, {{PDB2|1san}}, {{PDB2|1uhs}}, {{PDB2|1vnd}}, {{PDB2|1wi3}}, {{PDB2|1x2m}}, {{PDB2|1x2n}}, {{PDB2|1yrn}}, {{PDB2|1yz8}}, {{PDB2|1zq3}}, {{PDB2|1ztr}}, {{PDB2|2cqx}}, {{PDB2|2cra}}, {{PDB2|2cue}}, {{PDB2|2cuf}}, {{PDB2|2dmq}}, {{PDB2|2e1o}}, {{PDB2|2ecb}}, {{PDB2|2ecc}}, {{PDB2|2h8r}}, {{PDB2|2hdd}}, {{PDB2|2hi3}}, {{PDB2|2hoa}}, {{PDB2|2jwt}}, {{PDB2|2lfb}}, {{PDB2|2p81}}, {{PDB2|2r5y}}, {{PDB2|2r5z}}, {{PDB2|3hdd}}, {{PDB2|9ant}}
}}
}}
{{Infobox protein family
| Symbol = zf-C2H2
| Name = Zinc finger, C2H2 type
| image = 1zaa.pdb
| width = 250
| caption =  DNA結合に結合したZinc finger型転写因子[[ZIF268]]。{{PDB2|1zaa}}による<ref><pubmed>2028256</pubmed></ref>。
| Pfam = PF00096
| Pfam_clan = CL0361
| InterPro = IPR007087
| SMART =
| PROSITE = PS00028
| MEROPS =
| SCOP =
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
}}
{{Pfam_box
| Symbol = bHLH
| Name = basic helix-loop-helix DNA-binding domain
| image = 1mdy.pdb
| width = 250
| caption = DNAに結合したbHLH型転写因子MyoD。{{PDB2|1mdy}}による<ref><pubmed> 8181063 </pubmed></ref>。
| Pfam = PF00010
| InterPro = IPR001092
| SMART= SM00353
| PROSITE = PDOC00038
| SCOP = 1mdy
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| PDB = {{PDB2|1a0a}}, {{PDB2|1am9}}, {{PDB2|1an2}}, {{PDB2|1an4}}, {{PDB2|1hlo}}, {{PDB2|1mdy}}, {{PDB2|1nkp}}, {{PDB2|1nlw}}, {{PDB2|1r05}}, {{PDB2|1ukl}}, {{PDB2|2ql2}}
}}
{{Pfam_box
| Symbol = bZIP_1
| Name = bZIP transcription factor
| image = 1DH3.pdb
| width =250
| caption =DNAに結合したbasic-Leucin Zipper型転写因子[[CREB]]。{{PDB2|1DH3}}による<ref><pubmed>10952992</pubmed></ref>。
| Pfam= PF00170
| InterPro= IPR011616
| SMART=
| PROSITE=PDOC00036
| SCOP = 1ysa
| TCDB =
| OPM family=
| OPM protein=
| PDB=
{{PDB3|1dh3}}A:285-339  {{PDB3|1t2k}}D:336-395  {{PDB3|1s9k}}E:257-308
{{PDB3|1jun}}B:276-313  {{PDB3|1jnm}}A:254-313  {{PDB3|1a02}}J:257-308
{{PDB3|1swi}}B:249-278  {{PDB3|1ce9}}A:251-279  {{PDB3|1uo0}}A:249-279
{{PDB3|1rb5}}B:249-279  {{PDB3|1unw}}B:249-279  {{PDB3|1vzl}}B:249-279
{{PDB3|1unt}}A:249-279  {{PDB3|1zim}}C:249-279  {{PDB3|1w5j}}D:249-279
{{PDB3|1zij}}A:249-279  {{PDB3|1rb6}}A:249-279  {{PDB3|2zta}}A:249-279
{{PDB3|1uo5}}B:249-279  {{PDB3|1rb1}}C:249-279  {{PDB3|1gcl}}C:249-279
{{PDB3|1w5g}}B:249-279  {{PDB3|1w5i}}A:249-279  {{PDB3|1uo1}}A:249-279
{{PDB3|1unu}}B:249-279  {{PDB3|1gcm}}A:249-279  {{PDB3|1rb4}}C:249-279
{{PDB3|1uo2}}B:249-279  {{PDB3|1ysa}}D:226-279  {{PDB3|1unz}}B:249-279
{{PDB3|1w5k}}D:249-279  {{PDB3|1ij1}}A:249-279  {{PDB3|1zta}} :247-279
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{{PDB3|1ij2}}A:249-279  {{PDB3|1dgc}}A:227-279  {{PDB3|1w5l}}B:249-279
{{PDB3|1uny}}A:249-279  {{PDB3|2b1f}}B:251-279  {{PDB3|2bni}}B:249-279
{{PDB3|1zil}}A:249-278  {{PDB3|1zii}}A:249-279  {{PDB3|1unv}}B:249-279
{{PDB3|1zik}}B:249-278  {{PDB3|1unx}}A:249-279  {{PDB3|1ij3}}B:249-279
{{PDB3|1uo4}}A:249-279  {{PDB3|1kql}}B:255-279  {{PDB3|2dgc}}A:229-277
{{PDB3|1piq}}A:249-279  {{PDB3|2b22}}A:251-279  {{PDB3|1lvx}}A:265-294
{{PDB3|1gd2}}H:74-137    {{PDB3|1ci6}}A:280-339
}}
{{Pfam_box
| Symbol = PF00505
| Name = HMG (high mobility group) box
| image = 2LEF.pdb
| width = 250
| caption = DNAに結合したHMGボックスドメインタンパク質[[Lymphoid enhancer-binding factor 1|LEF1]]。{{PDB2|2LEF}}による<ref><pubmed>7651541</pubmed></ref>。
| Pfam = PF00505
| InterPro = IPR009071
| SMART=
| PROSITE=
| SCOP = 1hsm
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| PDB = {{PDB2|1aab}}, {{PDB2|1cg7}}, {{PDB2|1ckt}}, {{PDB2|1e7j}}, {{PDB2|1gt0}}, {{PDB2|1hme}}, {{PDB2|1hmf}}, {{PDB2|1hry}}, {{PDB2|1hrz}}, {{PDB2|1hsm}}, {{PDB2|1hsn}}, {{PDB2|1i11}}, {{PDB2|1j3x}}, {{PDB2|1j46}}, {{PDB2|1j47}}, {{PDB2|1j5n}}, {{PDB2|1k99}}, {{PDB2|1lwm}}, {{PDB2|1nhm}}, {{PDB2|1nhn}}, {{PDB2|1o4x}}, {{PDB2|1qrv}}, {{PDB2|1s9m}}, {{PDB2|1sx9}}, {{PDB2|1v64}}, {{PDB2|1wgf}}, {{PDB2|1wxl}}, {{PDB2|2crj}}, {{PDB2|2cs1}}, {{PDB2|2lef}}
}}
==構造==  
==構造==  
　転写活性化因子の転写活性化ドメインは、コアクチベーターなどのタンパク質と結合し、[[酸性アミノ酸]]、もしくは[[グルタミン酸]]、[[プロリン]]のいずれかに富む領域などに分類される。転写抑制因子の転写抑制ドメインには、[[トリプトファン]]、[[アルギニン]]、プロリンからなる[[WRPWドメイン]]や、[[芳香族アミノ酸]]と[[疎水性アミノ酸]]からなる[[engrailed homology 1]]（[[eRNA]]）ドメインなどがあり、コリプレッサーとの結合に必須である<ref><pubmed>18254933</pubmed></ref><ref><pubmed>16309560</pubmed></ref>。[[ジンクフィンガー]]型因子などは、リガンドと結合するドメインも有する。
　転写活性化因子の転写活性化ドメインは、コアクチベーターなどのタンパク質と結合し、[[酸性アミノ酸]]、もしくは[[グルタミン酸]]、[[プロリン]]のいずれかに富む領域などに分類される。転写抑制因子の転写抑制ドメインには、[[トリプトファン]]、[[アルギニン]]、プロリンからなる[[WRPWドメイン]]や、[[芳香族アミノ酸]]と[[疎水性アミノ酸]]からなる[[engrailed homology 1]]（[[eRNA]]）ドメインなどがあり、コリプレッサーとの結合に必須である<ref><pubmed>18254933</pubmed></ref><ref><pubmed>16309560</pubmed></ref>。[[ジンクフィンガー]]型因子などは、リガンドと結合するドメインも有する。
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